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Chimerax MCP

ChimeraX MCP服务器是一个连接AI编程工具与UCSF ChimeraX的桥梁，允许用户通过自然语言交互加载、编辑、可视化和分析蛋白质结构。

MCP for bioinformatics course

本课程探讨模型上下文协议（MCP）在构建和集成生物信息学工作流AI代理中的实际应用，涵盖从基础概念到高级部署的多个实验。

Pymol AI MCP

PyMOL AI Assistant是一款通过自然语言或MCP协议控制PyMOL分子可视化软件的插件，支持多种LLM提供商和双语界面，适用于生物分子结构分析和科研可视化。

alphafold3 MCP

AlphaFold3 MCP服务器是一个基于Docker的AI蛋白质结构预测和变异分析工具，提供结构预测、批量变异处理、端到端预测管道、任务监控和配置验证等功能。

Automated Protein Interaction Labeler

该项目利用大型语言模型（LLMs）自动分析蛋白质结构，识别链类型并生成定量标记，适用于T细胞受体（TCR）和肽-MHC（pMHC）复合物相互作用研究。

Bioinformatics MCP Server

为AI代理提供基因搜索、蛋白质结构、临床变异、PubMed文献和DNA序列等生物信息学和生命科学数据处理服务。

Biomcp 7065826b

Heuris-BioMCP是一个为生命科学研究设计的生物信息学模型协议服务器，连接ChatGPT、Claude等MCP客户端与生物数据源，支持研究、转化工作流和生产审查。

ENA MCP

通过模型上下文协议（MCP）公开欧洲核苷酸档案（ENA）的REST服务子集，使AI代理能够以安全、结构化和可复现的方式与ENA进行程序化交互。

Galaxy Claude Skills

无需安装MCP服务器即可与Galaxy生物信息学平台交互的Markdown技能文件。

Hgnc MCP

提供HGNC基因命名数据的访问、解析和验证工具，包括MCP服务器集成AI助手功能。

Igvf Portal MCP

一个将IGVF数据门户API暴露为AI编码代理工具的MCP服务器，支持在代理会话中直接搜索、过滤、下载文件和生成报告。

MCP Nf Core

提供用于访问nf-core管道和模块工具的工具套件，包括创建管道、列出模块、创建模块和安装现有模块等功能。

Ncbi MCP Server

提供NCBI E-utilities和BLAST工具访问的模型上下文协议服务器，支持智能搜索、获取和分析NCBI数据库中的生物数据。

nucleotide archive MCP

一个用于搜索和访问欧洲核苷酸档案库（ENA）中RNA测序数据集的模型上下文协议（MCP）服务器，支持批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集的查找与下载。

Open Genes MCP Server

一个提供基因和衰老相关数据查询的MCP服务器，支持基因搜索、分类学工具、蛋白质工具、疾病工具和研究工具等功能。

pdb MCP

atomica-mcp是一个基于ATOMICA模型的服务器，为AI助手提供标准化的蛋白质结构分析和交互评分访问，特别适用于长寿相关蛋白质的序列到功能分析。

Plant Gene Copilot MCP Server

一个轻量级、开源的模型上下文协议前端，用于结构化的植物基因组学研究，提供基因查询、标识符规范化、多源注释检索和文献搜索等功能。

Relion MCP Server

一个MCP（模型上下文协议）服务器，允许AI代理通过自然语言驱动RELION 5.x进行冷冻电镜结构解析。

Smartapi MCP

SmartAPI MCP Server 是一个为SmartAPI注册表中的API创建MCP（模型上下文协议）服务器的工具，专注于生物信息学和生命科学API的集成与交互。

afcycdesign MCP

基于AlphaFold的环肽设计与结构预测工具，提供13种计算设计功能，包括序列设计、结构预测、结合蛋白设计等。