Automated Protein Interaction Labeler

全自动蛋白质相互作用标记仪

该项目通过使用大型语言模型（LLM）进行自动结构注释，探索了一种更智能的蛋白质复合物分析方法。我们的服务器处理PDB文件中的蛋白质结构，支持T细胞受体（TCR）和肽-MHC（pMHC）复合物相互作用，以自动识别链类型并生成定量标记。通过优化提示策略，我们的管道有效地减轻了LLM幻觉，确保了高可靠性。

核心能力

• ### 自动链识别：读取PDB文件中的标头进行链分类
• ### 综合交互分析：

- 氢键网络 - 盐桥 - 疏水作用力 - π-π堆积相互作用 - 接口SASA计算 - 捆绑角度测量

• ### 批处理：通过实时进度跟踪分析多个PDB文件
• ### 数据完整性：数据收集过程中的内置验证

需求

• Python 3.8+
• PyMOL（带Python API）
• 克劳德桌面
• MCP（模型上下文协议）服务器框架
• MCP服务器插件：pymol-MCP服务器、文件系统-MCP服务器

快速启动

安装

Pymol mcp服务器

有关更多详细信息和服务器，请单击此链接https://github.com/ChatMol/molecule-mcp

1. 转到Claude>设置>开发人员>编辑配置>Claude_desktop_Config.json，以包含以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/pymol_server.py"
      ]
     }
  }
}

1. 安装mcp并获取脚本

pip install "mcp[cli]" chatmol
which mcp

复制此路径以进行下一步，并将/path/to/mcp替换为mcp的路径。 4.获得分子mcp的路径。

git clone https://github.com/ChatMol/molecule-mcp.git
cd molecule-mcp
pwd

将显示分子mcp的路径。复制此路径以进行下一步，并将/path/to/molecule mcp替换为molecule mcp的路径。

文件系统mcp服务器

1. 下载Node.jshttps://nodejs.org/zh-cn

2.使用npx安装并运行服务器 3.转到Claude>设置>开发人员>编辑配置>Claude_desktop_Config.json，包括以下内容：

Mac/linux

{
  "mcpServers": {
    "filesystem": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@modelcontextprotocol/server-filesystem",
        "/Users/username/Desktop",
        "/Users/username/Downloads"
      ]
    }
  }
}

视窗

{
  "mcpServers": {
    "filesystem": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@modelcontextprotocol/server-filesystem",
        "C:\\Users\\username\\Desktop",
        "C:\\Users\\username\\Downloads"
      ]
    }
  }
}

注意：在配置文件中，Windows必须使用\\\\

配置后记得重新启动Claude。

用法

1. 使用本地值更新服务器配置中的文件路径。
2. 将服务器插入Claude。

   "TCR-pMHC-Analyzer": {
      "command": "path to mcp",
      "args": ["path to TCR-pMHC-Analyze server"]}

1. 输入PDB文件路径以开始处理。

User-input-surface 用户输入界面

示例结果

输入PDB文件地址后，Claude将尝试连接到您的本地PyMOL软件，找到您的PDB文件，并将其加载到PyMOL中。读取标题中的信息后，它将开始识别链类型并生成定量标签。

Screenshoot-of-the-operation-process

操作流程截图

注意：如果你的PyMOL和Claude在成功安装PyMOL-mcp服务器后仍然无法正确连接，你可以尝试将以下代码复制到PyMOL的命令行中。

import threading
try:
    import xmlrpc.server
    from pymol import cmd
    def start_server():
        server = xmlrpc.server.SimpleXMLRPCServer(("localhost", 9123), allow_none=True)
        server.register_function(lambda x: cmd.do(x), 'do')
        server.register_function(cmd.get_names, 'get_names')
        print("Remote control server started on port 9123.")
        server.serve_forever()
    thread = threading.Thread(target=start_server)
    thread.daemon = True
    thread.start()
    print("Server thread has been started.")
except Exception as e:
    print("Error starting the server:", e)

整个操作完成后，将在您的桌面上生成一个CSV文件，Claude还将在界面中组织和显示一些数据结果。您可以交叉引用以下.txt文件和CSV表中的数据，以确保所有数据的真实性。

Output-example

注意：请确保在操作过程中检查Claude是否正在将数据写入.txt文件。缺少.txt输出可能会导致CSV结果不可靠。

致谢

• 西安交通大学夏季本科生研究金
• SURF代码：SURF-2025-0465