Token导航 LogoToken导航TokenDH.com
中转站排行榜
Smartapi MCP logo
AI代理stdio官方级别未说明来源级核验

Smartapi MCP

MCP Server

SmartAPI MCP Server 是一个为SmartAPI注册表中的API创建MCP（模型上下文协议）服务器的工具，专注于生物信息学和生命科学API的集成与交互。

工具数

0

提示词数

0

GitHub Stars

1

资源数

0
API集成PythonClaude生物信息学Claude DesktopClaude

安装说明

本站只整理中文说明和来源信息，不托管安装包，也不代用户安装。

GitHub

作者 / 组织

biothings

提供方

biothings

最后核验

2026/5/17 20:22

快速接入

先看主来源和安装命令，再打开仓库或文档；下面只保留这个条目的关键接入事实。

命令预览

pip install smartapi-mcp

详细介绍

SmartAPI MCP服务器

为SmartAPI注册表中注册的一个或多个API创建MCP（模型上下文协议）服务器。

![Test](https://github.com/biothings/smartapi-mcp/actions/workflows/test.yml) ](https://badge.fury.io/py/smartapi-mcp) ](https://pypi.org/project/smartapi-mcp/) ![License](https://opensource.org/licenses/Apache-2.0)

概述

SmartAPI MCP服务器支持MCP兼容客户端与SmartAPI注册表中注册的API之间的集成。这允许通过标准化的MCP协议与生物信息学和生命科学API进行无缝发现和交互。

建在 AWS实验室OpenAPI MCP服务器，该项目将MCP支持扩展到SmartAPI注册表中可用的广泛API集合，特别关注生物信息学和生命科学API。

需求

  • Python 3.10或更高版本
  • SmartAPI注册表的网络访问(https://smart-api.info)
  • 依赖关系： awslabs_openapi_mcp_server>=0.2.12

特性

  • 🔍 SmartAPI集成：与SmartAPI注册表直接集成，用于API发现
  • 🏗️ MCP协议支持：完整的MCP（模型上下文协议）服务器实现
  • 🔄 异步架构：采用现代Python异步/等待模式构建，实现高性能
  • 📖 OpenAPI验证：自动OpenAPI规范解析和验证
  • 🛠️ CLI接口：易于使用的命令行界面，具有多种配置选项
  • 🧬 生物信息学焦点：用于生物信息学和生命科学的预先配置的API集合
  • 🎯 灵活的配置：支持环境变量、参数和配置文件
  • 🚀 多种运输方式：支持stdio和HTTP传输协议
  • 🧪 综合测试：具有99%代码覆盖率的完整测试套件

安装

来自PyPI（推荐）

pip install smartapi-mcp

来源

git clone https://github.com/biothings/smartapi-mcp.git
cd smartapi-mcp
pip install -e .

开发安装

git clone https://github.com/biothings/smartapi-mcp.git
cd smartapi-mcp
pip install -e ".[dev]"

与MCP客户端一起使用

与uvx一起使用（推荐）

uvx 是一个在隔离环境中运行Python应用程序的工具。这是为mcp客户端集成运行smartapi-mcp的推荐方法：

安装和基本使用

# Install uvx if you haven't already
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
# or with homebrew on macOS
brew install uv

# Run smartapi-mcp with uvx (automatically installs if needed)
uvx smartapi-mcp --api_set biothings_core

# Run with specific version
uvx smartapi-mcp@0.2.0 --api_set biothings_core

# Run with additional arguments
uvx smartapi-mcp --smartapi_id 59dce17363dce279d389100834e43648 --server_name "MyGene MCP Server"

与Claude Desktop一起使用

要在Claude Desktop中使用smartapi-mcp，请将以下配置添加到您的Claude Desktop配置文件中：

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json

视窗: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "smartapi-biothings-core": {
      "command": "uvx",
      "args": ["smartapi-mcp", "--api_set", "biothings_core", "--server_name", "BioThings Core APIs"]
    },
    "smartapi-mygene": {
      "command": "uvx",
      "args": ["smartapi-mcp", "--smartapi_id", "59dce17363dce279d389100834e43648", "--server_name", "MyGene.info API"]
    },
    "smartapi-myvariant": {
      "command": "uvx",
      "args": ["smartapi-mcp", "--smartapi_id", "09c8782d9f4027712e65b95424adba79", "--server_name", "MyVariant.info API"]
    }
  }
}

与其他MCP客户端一起使用

对于支持外部MCP服务器的其他MCP客户端，您通常可以通过以下方式进行配置：

  • 命令: uvx
  • 参数: ["smartapi-mcp", "--api_set", "biothings_core"] （或其他所需的论点）
  • 工作目录：可选，可以是任何目录
  • 环境变量：可选，请参见 环境变量 部分

MCP服务器配置示例

基础生物信息学设置

{
  "mcpServers": {
    "biothings-core": {
      "command": "uvx",
      "args": ["smartapi-mcp", "--api_set", "biothings_core"],
      "env": {
        "LOG_LEVEL": "INFO"
      }
    }
  }
}

高级Multi-API设置

{
  "mcpServers": {
    "biothings-comprehensive": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "smartapi-mcp",
        "--smartapi_ids",
        "59dce17363dce279d389100834e43648,09c8782d9f4027712e65b95424adba79,8f08d1446e0bb9c2b323713ce83e2bd3",
        "--server_name",
        "Comprehensive Bioinformatics APIs",
        "--log-level",
        "DEBUG"
      ]
    }
  }
}

开发/测试设置

{
  "mcpServers": {
    "smartapi-dev": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "smartapi-mcp",
        "--api_set",
        "biothings_test",
        "--log-level",
        "DEBUG"
      ],
      "env": {
        "SMARTAPI_LOG_LEVEL": "DEBUG"
      }
    }
  }
}

MCP配置的环境变量

您还可以在MCP客户端配置中使用环境变量：

{
  "mcpServers": {
    "smartapi-configured": {
      "command": "uvx",
      "args": ["smartapi-mcp"],
      "env": {
        "SMARTAPI_API_SET": "biothings_core",
        "SERVER_NAME": "BioThings Core MCP Server",
        "LOG_LEVEL": "INFO"
      }
    }
  }
}

MCP客户端的替代安装方法

在虚拟环境中使用pip

如果你不想使用uvx，你可以创建一个专用的虚拟环境：

# Create and activate virtual environment
python -m venv smartapi-mcp-env
source smartapi-mcp-env/bin/activate  # On Windows: smartapi-mcp-env\Scripts\activate

# Install smartapi-mcp
pip install smartapi-mcp

# Test the installation
smartapi-mcp --api_set biothings_core

然后配置MCP客户端以使用可执行文件的完整路径：

{
  "mcpServers": {
    "smartapi-biothings": {
      "command": "/path/to/smartapi-mcp-env/bin/smartapi-mcp",
      "args": ["--api_set", "biothings_core"]
    }
  }
}

使用全系统安装

# Install globally (not recommended for most users)
pip install smartapi-mcp

# Find the installation path
which smartapi-mcp

MCP客户端配置：

{
  "mcpServers": {
    "smartapi-biothings": {
      "command": "smartapi-mcp",
      "args": ["--api_set", "biothings_core"]
    }
  }
}

MCP客户端集成故障排除

服务器未启动

  1. 检查uvx安装:
   uvx --version
  1. 手动测试服务器:
   uvx smartapi-mcp --api_set biothings_core --log-level DEBUG
  1. 检查MCP客户端日志 有关特定错误消息

客户端中未显示工具

  1. 验证服务器是否正在运行 已注册工具：
   uvx smartapi-mcp --api_set biothings_core --log-level DEBUG 2>&1 | grep -i "tool"
  1. 检查API连接:
   curl -s https://mygene.info/v3/metadata | head -20
  1. 请尝试较小的API集 第一：
   uvx smartapi-mcp --smartapi_id 59dce17363dce279d389100834e43648

性能问题

  • 使用特定的SmartAPI ID，而不是大型API集
  • 仅启用您实际需要的API
  • 考虑使用HTTP传输来提高多个并发请求的性能：
  {
    "mcpServers": {
      "smartapi-http": {
        "command": "uvx",
        "args": ["smartapi-mcp", "--api_set", "biothings_core", "--transport", "http", "--port", "8001"]
      }
    }
  }

快速开始

命令行用法

从预定义的API集合开始（推荐）

# Use BioThings core APIs (MyGene, MyVariant, MyChem, MyDisease, MyGeneSet)
smartapi-mcp --api_set biothings_core

# Use all BioThings APIs (with some exclusions)
smartapi-mcp --api_set biothings_all

从特定的SmartAPI ID开始

# Single API
smartapi-mcp --smartapi_id 59dce17363dce279d389100834e43648

# Multiple APIs
smartapi-mcp --smartapi_ids "59dce17363dce279d389100834e43648,09c8782d9f4027712e65b95424adba79"

从HTTP传输（而不是stdio）开始

# HTTP mode on localhost:8000 (default)
smartapi-mcp --api_set biothings_core --transport http

# Custom host and port
smartapi-mcp --api_set biothings_core --transport http --host 0.0.0.0 --port 9000

高级选项

# Custom logging level
smartapi-mcp --api_set biothings_core --log-level DEBUG

# Custom server name
smartapi-mcp --api_set biothings_core --server_name "My Custom MCP Server"

# Query-based API discovery
smartapi-mcp --smartapi_q "tags.name=biothings"

# Exclude specific APIs
smartapi-mcp --api_set biothings_all --smartapi_exclude_ids "api_id_1,api_id_2"

Python API用法

import asyncio
from smartapi_mcp import (
    get_smartapi_ids,
    load_api_spec,
    get_mcp_server,
    get_merged_mcp_server,
    PREDEFINED_API_SETS
)

async def main():
    # Get SmartAPI IDs using a query
    smartapi_ids = await get_smartapi_ids("tags.name=biothings")
    print(f"Found {len(smartapi_ids)} APIs matching the query")

    # Load API specification for a specific SmartAPI
    api_spec = load_api_spec("59dce17363dce279d389100834e43648")  # MyGene.info
    print(f"Loaded API: {api_spec.get('info', {}).get('title', 'Unknown')}")

    # Create MCP server for a single API
    server = await get_mcp_server(
        smartapi_id="59dce17363dce279d389100834e43648",
        server_name="MyGene MCP Server"
    )

    # Create merged MCP server for multiple APIs (recommended approach)
    merged_server = await get_merged_mcp_server(
        api_set="biothings_core",  # Use predefined set
        server_name="BioThings Core MCP Server"
    )

    # Or with specific SmartAPI IDs
    merged_server = await get_merged_mcp_server(
        smartapi_ids=[
            "59dce17363dce279d389100834e43648",  # MyGene.info
            "09c8782d9f4027712e65b95424adba79",  # MyVariant.info
        ],
        server_name="Custom MCP Server"
    )

    # Show available predefined API sets
    print(f"Available API sets: {PREDEFINED_API_SETS}")

    # Run server with stdio transport (default for MCP)
    merged_server.run()

    # Or run with HTTP transport
    # merged_server.run(transport="http", host="localhost", port=8000)

if __name__ == "__main__":
    asyncio.run(main())

API示例

BioThings核心API

当你使用 --api_set biothings_core，您可以访问这些强大的生物信息学API：

  1. MyGene.info (59dce17363dce279d389100834e43648)：基因注释和信息
  2. MyVariant.info (09c8782d9f4027712e65b95424adba79)：变体注释和信息
  3. MyChem.info (8f08d1446e0bb9c2b323713ce83e2bd3)：化学和药物信息
  4. MyDisease.info (671b45c0301c8624abbd26ae78449ca2)：疾病信息和关联
  5. MyGeneSet.info (85139f4dccfcefa3ac3042372066916d)：收集、分享和保存基因

与MCP客户端一起使用

服务器运行后，MCP兼容的客户端可以发现并使用可用的工具。每个API端点都成为一个可用的MCP工具，具有：

  • 工具发现：客户端可以列出所有可用的API终结点
  • 参数验证：基于OpenAPI规范的自动参数验证
  • 丰富的描述：每个工具都包含API文档中的详细说明
  • 错误处理：对无效请求的正确错误响应

配置

服务器支持多种配置方式：

环境变量

# SmartAPI configuration
export SMARTAPI_ID="59dce17363dce279d389100834e43648"
export SMARTAPI_IDS="id1,id2,id3"
export SMARTAPI_Q="tags.name=biothings"
export SMARTAPI_API_SET="biothings_core"
export SMARTAPI_EXCLUDE_IDS="exclude_id1,exclude_id2"

# Server configuration
export SERVER_NAME="My SmartAPI MCP Server"
export TRANSPORT="http"
export HOST="localhost"
export PORT="8000"

# Then run without arguments
smartapi-mcp

命令行参数

所有配置都可以通过命令行参数提供（请参阅上面的快速入门部分）。

预定义的API集

以下预定义的API集合可用：

  • biothings_core：核心BioThings API（MyGene、MyVariant、MyChem、MyDisease、MyGeneSet）
  • biothings_test：核心API加SemmedDB（可用于测试）
  • biothings_all：所有BioThings API（出于稳定性考虑，有一些例外）

配置优先

  1. 命令行参数（最高优先级）
  2. 环境变量
  3. 默认值（最低优先级）

发展

建立开发环境

# Clone the repository
git clone https://github.com/biothings/smartapi-mcp.git
cd smartapi-mcp

# Install development dependencies
pip install -e ".[dev]"

运行测试

# Run all tests
pytest

# Run with coverage
pytest --cov=smartapi_mcp --cov-report=html

# Run specific test file
pytest tests/test_basic.py

代码质量

# Check and fix linting issues
ruff check .
ruff check . --fix

# Format code
ruff format .

构建包

# Build source and wheel distributions
python -m build

# Check the built package
twine check dist/*

发布到PyPI

手工出版

# Build the package
python -m build

# Upload to Test PyPI (optional)
twine upload --repository testpypi dist/*

# Upload to PyPI
twine upload dist/*

自动发布

此存储库包括用于自动测试和发布的GitHub Actions工作流：

  • 测试工作流程 (.github/workflows/test.yml)：对每个推送和拉取请求运行
  • 发布工作流 (.github/workflows/publish.yml)：发布时发布到PyPI

要发布新版本，请执行以下操作：

  1. 更新中的版本 pyproject.toml 和 smartapi_mcp/__init__.py
  2. 提交版本更改
  3. 创建并推送一个git标签： git tag v0.2.0 && git push origin v0.2.0
  4. 在GitHub上创建新版本
  5. 发布工作流将自动构建并上传到PyPI

手动工作流触发器

您还可以手动触发发布工作流以上传到Test-PyPI：

  1. 转到GitHub存储库中的Actions选项卡
  2. 选择“发布Python包”
  3. 点击“运行工作流”
  4. 选择“发布到测试PyPI”选项

贡献

我们欢迎捐款！请参阅我们的投稿指南以了解详细信息。

  1. 分叉存储库
  2. 创建要素分支(git checkout -b feature/amazing-feature)
  3. 进行更改
  4. 为您的更改添加测试
  5. 确保测试通过(pytest)
  6. 提交您的更改(git commit -m 'Add amazing feature')
  7. 推到分支(git push origin feature/amazing-feature)
  8. 打开拉取请求

故障排除

常见问题

未注册任何工具或资源

WARNING: No tools or resources were registered. This might indicate an issue with the API specification or authentication.

解决方案：这通常发生在以下情况：

  • SmartAPI ID无效或API已关闭
  • OpenAPI规范存在验证错误
  • 网络连接问题

尝试使用已知的工作API集： smartapi-mcp --api_set biothings_core

服务器无法启动

检查你的Python版本：需要Python 3.10+

python --version

验证安装:

pip show smartapi-mcp

HTTP模式连接问题

如果使用HTTP传输模式，客户端无法连接：

  • 检查端口是否可用： netstat -an | grep :8000
  • 尝试绑定到所有接口： --host 0.0.0.0
  • 检查防火墙设置

获取帮助

  1. 启用调试日志记录： --log-level DEBUG
  2. 检查
  3. 联系我们help@biothings.io

许可证

此项目根据Apache许可证2.0获得许可-请参阅 许可证 文件以获取详细信息。

相关项目

引用

如果您在研究或应用中使用SmartAPI MCP服务器，请引用：

SmartAPI MCP Server: Bridging Bioinformatics APIs with Model Context Protocol
BioThings Team. (2024). https://github.com/biothings/smartapi-mcp

支持

如有疑问和支持：

  • 📖 文档: 自述文件
  • 🐛 错误报告:
  • 💬 问题:
  • 📧 电子邮件: help@biothings.io

______________________________________________________________________

SmartAPI MCP服务器 由开发和维护 BioThings团队 斯克里普斯研究所。

目录标签

目录标签

API集成PythonClaude生物信息学本地部署协议服务器生命科学模型上下文协议

支持客户端

Claude DesktopClaude

接入字段

传输方式（transport，传输协议）

stdio

鉴权方式（authType，认证方式）

none

工具数量（toolCount，工具数）

0

资源数量（resourceCount，资源数）

0

提示词数量（promptCount，提示词数）

0

权限和风险

stdionone部署方式未说明

接入前请确认传输方式、认证方式和部署位置，并根据实际工具能力限制访问范围。

安装前确认

不要直接授予不必要的文件、网络或账号权限；先核对安装命令和配置内容。

来源信息

smartapi-mcp logo

MCP World

mcpworld.com

/detail/313130c84c58ea606a44aa641a4252bb

SmartAPI MCP Server 是一个为SmartAPI注册表中的API创建MCP（模型上下文协议）服务器的工具，专注于生物信息学和生命科学API的集成与交互。

继续浏览同类 MCP

更多AI代理 MCP（18,706）返回 MCP 目录

上一个 MCP

Smart 6e4195d8

全面解析Smart ThinkingMCP Server的核心功能、安装配置和实用案例。作为顶级Model Context Protocol服务器，Smart Thinking能让AI助手访问实时数据、执行操作，为您提供更智能的工作体验和自动化解决方案。

下一个 MCP

Smartcar MCP Server

An MCP server that exposes Smartcar's vehicle API as tools, enabling AI agents to query vehicle telemetry and send commands using natural language.