afcycdesign MCP

AfCycDesign MCP服务器

基于AlphaFold的环肽设计和Docker结构预测

MCP（模型上下文协议）服务器提供13种用于环肽计算设计的工具：

• 从序列预测环肽的三维结构
• 给定循环骨干结构（固定骨干）的设计顺序
• 环肽结构和序列的从头幻觉
• 为靶蛋白设计环肽结合剂
• 预测环肽靶蛋白复合物结构
• 监控和管理长时间运行的GPU作业

Docker 快速入门

方法1：从GitHub中提取预构建映像

最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。

# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/afcycdesign_mcp:latest

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add afcycdesign -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` --gpus all --ipc=host -v `pwd`:`pwd` -v ~/.macromnex/cache/model/alphafold2/params:/app/params:ro ghcr.io/macromnex/afcycdesign_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 ` pwd 展开到当前工作目录。AF2型号参数（~5.3 GB）必须存在于 ~/.macromnex/cache/model/alphafold2/params/`.

要求：

• 支持GPU的Docker(nvidia-docker 或带有NVIDIA运行时的Docker）
• 已安装克劳德代码
• AlphaFold2模型参数已下载至 ~/.macromnex/cache/model/alphafold2/params/

就是这样！AfCycDesign MCP服务器现在可以在Claude Code中使用。

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方法2：在本地构建Docker镜像

自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。

# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/afcycdesign_mcp.git
cd afcycdesign_mcp

# Build the Docker image
docker build -t afcycdesign_mcp:latest .

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add afcycdesign -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` --gpus all --ipc=host -v `pwd`:`pwd` -v ~/.macromnex/cache/model/alphafold2/params:/app/params:ro afcycdesign_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。

要求：

• 支持GPU的Docker
• 已安装克劳德代码
• Git（克隆存储库）
• AlphaFold2模型参数已下载至 ~/.macromnex/cache/model/alphafold2/params/

关于Docker标志：

• -i --Claude Code的交互模式
• --rm --退出后自动移除容器
• ` --user id -u:id -g ` --以当前用户身份运行容器，因此输出文件归您所有（不是root）
• --gpus all --授予对所有可用GPU的访问权限
• --ipc=host --使用主机IPC命名空间以获得更好的性能
• -v ~/.macromnex/cache/model/alphafold2/params:/app/params:ro --装载AlphaFold2模型参数（只读）
• ` -v pwd:pwd ` --装载您的项目目录，以便容器可以访问您的数据

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验证安装

添加MCP服务器后，您可以验证它是否正常工作：

# List registered MCP servers
claude mcp list

# You should see 'afcycdesign' in the output

在Claude Code中，您现在可以使用所有13个AfCycDesign工具：

设计工具：

• submit_structure_prediction --从序列预测三维结构
• submit_fixbb_design --固定骨干序列设计
• submit_hallucination --从头产生环肽
• submit_binder_design --设计靶蛋白的结合剂
• submit_complex_prediction --预测肽靶复合物结构

作业管理：

• get_job_status, get_job_result, get_job_log, list_jobs, get_queue_info, cancel_job, resubmit_job

公用设施：

• validate_pdb_file, get_server_info

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后续步骤

• 详细文件：参见 detail.md 有关以下内容的全面指南：

- 可用的MCP工具和参数 - 本地Python环境设置（Docker的替代方案） - 带有完整参数引用的脚本使用示例 - 示例工作流和用例

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使用示例

注册后，您可以直接在Claude Code中使用AfCycDesign工具。以下是一些常见的工作流程：

示例1：结构预测

I have a cyclic peptide with sequence GFNYGPFGSC. Can you predict its 3D structure using submit_structure_prediction and save the results to /path/to/results/?

示例2：新幻觉

Generate a novel 12-residue cyclic peptide using submit_hallucination, excluding cysteine. Save the output to /path/to/output/.

示例3：粘合剂设计

I have a target protein PDB at /path/to/target.pdb. Can you design a 14-residue cyclic peptide binder using submit_binder_design targeting chain A?

示例4：复杂结构预测

Predict how the cyclic peptide FSDLWKLLPEN binds to the target protein in /path/to/4HFZ.pdb chain A using submit_complex_prediction.

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故障排除

找不到Docker？

docker --version  # Install Docker if missing

GPU无法访问？

• 确保安装了NVIDIA Docker运行时
• 与核对 docker run --gpus all ubuntu nvidia-smi

未找到克劳德代码？

# Install Claude Code
npm install -g @anthropic-ai/claude-code

AF2参数缺失？

# Verify params are downloaded
ls ~/.macromnex/cache/model/alphafold2/params/
# Should contain params_model_*_ptm.npz and params_model_*_multimer_v3.npz

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许可证

麻省理工学院