银河克劳德技能
克劳德与他人互动的技能 银河 生物信息学平台，无需安装MCP服务器。
这些是什么？
这些是基于markdown的技能文件，教Claude如何通过直接API调用与Galaxy服务器交互。无需特殊安装，只需在Claude对话中参考技能文件即可！
可用技能
🐍 galaxy-bioblend.md（推荐）
使用官方 生物混合物 用于干净、可维护的Galaxy交互的Python库。
要求：
- Python 3
pip install bioblend
最适合：
- 熟悉Python的开发人员
- 需要错误处理的复杂工作流程
- 当你想要可读、可维护的代码时
🌐 galaxy.md（零依赖）
对Galaxy API交互使用原始curl命令。
要求：
- 只需curl（预装在大多数系统上）
最适合：
- 最小环境
- 快速一次性操作
- 没有Python访问权限的系统
🧬 基因图谱.md（RNA-seq分析）
使用LFC相关性绘制不同基因组注释版本之间的基因标识符。
要求：
- Python 3与pandas、numpy、scipy
- matplotlib（可选，用于绘图）
最适合：
- 使用不同注释比较不同研究中的DEG结果
- 验证已发表的RNA-seq发现的可重复性
- 解决注释版本之间的基因ID不匹配问题
包括：
- 独立脚本：
scripts/gene_mapping.py - 基于LFC的映射、验证和可视化功能
快速开始
1.设置凭据（安全）
建议：使用安装脚本
./setup-credentials.sh这将安全地将您的Galaxy URL和API密钥存储在 ~/.galaxy-credentials 拥有适当的权限。
手动设置：
export GALAXY_URL="https://usegalaxy.org"
export GALAXY_API_KEY="your_api_key_here"从以下位置获取API密钥：用户→ 偏好设置→ 在Galaxy实例中管理API密钥。
⚠️ 重要提示： 永远不要将API密钥提交给git！看 安全.md 最佳实践。
2.安装依赖项（用于BioBlend技能）
pip install bioblend3.与Claude一起使用
选项A：在您的工作目录中直接引用
# Copy the skill to your project
cp galaxy-bioblend.md ~/my-project/
# Use with Claude
cd ~/my-project
claude "Using galaxy-bioblend.md, connect to Galaxy and list my histories"选项B：按路径引用
claude "Using /path/to/galaxy-bioblend.md, help me run FastQC on my FASTQ file"选项C：安装到技能目录
# Create skills directory (if not exists)
mkdir -p ~/.claude/skills
# Copy skills
cp galaxy*.md ~/.claude/skills/
# Reference by name
claude "Using galaxy-bioblend skill, show me my Galaxy histories"你能做什么？
这两项技能都提供了完整的Galaxy API覆盖范围：
- 连接管理：连接到任何Galaxy实例，测试凭据
- 历史操作：创建、列出和管理历史记录
- 数据集管理：上传、下载、查看数据集详细信息
- 工具执行：搜索工具、查看参数、运行分析
- 工作流操作：列出、导入、调用和监视工作流
- 作业跟踪：监控作业状态和进度
- IWC集成：从中搜索和导入工作流 星际工作流程委员会
示例用法
示例1：FASTQ文件的质量检查
claude "Using galaxy-bioblend.md, I have a FASTQ file at /data/reads.fastq.gz.
Please upload it to Galaxy and run FastQC on it."克劳德将：
- 连接到您的Galaxy实例
- 创建新历史记录
- 上传文件
- 查找并运行FastQC
- 监控作业完成情况
- 报告结果
示例2：导入并运行IWC工作流
claude "Using galaxy-bioblend.md, find a ChIP-seq workflow in IWC,
import it, and help me run it on my datasets."示例3：监视器正在运行的作业
claude "Using galaxy-bioblend.md, show me the status of all my running jobs."示例4：在注释版本之间绘制基因ID图
claude "Using gene-mapping.md, I have DEG results from a paper (paper_degs.csv) and
my own analysis (my_degs.csv). The gene IDs don't match because we used different
genome annotations. Help me map them using LFC correlation."或者直接使用独立脚本：
python scripts/gene_mapping.py \
--source paper_degs.csv \
--target my_degs.csv \
--output mapping.csv \
--plot validation.png学习资源
这两种技能都包括参考 银河培训网络，它提供：
- 特定领域分析教程（基因组学、蛋白质组学、气候科学等）
- 工具选择和参数的最佳实践
- 使用示例数据完成分析流程
- 故障排除指南
当你向Claude询问具体分析时，它会推荐相关的GTN教程！
比较：MCP服务器与技能
| 功能 | MCP服务器 | Claude技能 |
|---|---|---|
| 安装 | uvx galaxy-mcp +config | 复制markdown文件 |
| 依赖关系 | Python、MCP运行时 | 无（curl）或仅BioBlend |
| 安装复杂性 | 中等（配置文件） | 低（仅环境变量） |
| 集成 | 原生Claude桌面 | 适用于Claude运行的任何地方 |
| 维护 | 通过pip自动更新 | 手动文件更新 |
| 最适合 | 普通Galaxy用户 | 偶尔使用，便携 |
如果您经常在Claude Desktop中使用Galaxy，请考虑 MCP服务器。为了偶尔使用或最大限度地便携，请使用这些技能！
安全
您的Galaxy API密钥是敏感的！请阅读我们的 安全最佳实践 导游。
快速提示：
- ✅ 使用
./setup-credentials.sh安全地存储凭据 - ✅ 将凭据存储在
~/.galaxy-credentials拥有600个权限 - ✅ 将凭据文件添加到
.gitignore - ❌ 永远不要将API密钥提交到git
- ❌ 永远不要共享您的API密钥
贡献
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相关项目
许可证
MIT许可证-请参阅 许可证 详细信息文件
支持
- 银河帮助: https://help.galaxyproject.org/
- 银河API文档: https://docs.galaxyproject.org/en/master/api/
- BioBlend文档: https://bioblend.readthedocs.io/
- 问题：报告此存储库的问题跟踪器上的问题
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备注：创建这些技能是为了提供Galaxy MCP服务器的免安装替代方案。它们通过直接的API调用提供相同的功能，Claude可以通过bash命令执行这些调用。