MutComputeX MCP服务器提供蛋白质突变推荐和似然估计两种分析工具,适用于蛋白质建模和分析。
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pip install loguru sniffio biopython scipy numpy requests pandas tensorflow==2.15.0 black==2...
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OakVar MCP Server是一个通过Model Context Protocol (MCP)将OakVar的基因组变异分析功能暴露给AI助手的服务。
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pip install oakvar oakvar-mcp
一个结合AI技能与外部工具访问的开源生物信息学框架,用于基因组分析。
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ONT QC MCP服务是一个轻量级的QC/EDA工具集,用于处理Oxford Nanopore的FASTQ和BAM/CRAM输入数据,提供机器可读的摘要信息,适用于教育和实际工作流程。
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pip install -e .
通过MCP协议提供泛基因组数据的灵活访问和自然语言交互,支持实时查询和可视化分析。
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PepFlowww MCP 是一个基于统计方法的快速环肽计算分析工具,提供肽属性计算、序列生成和药物相似性评估等功能,适用于药物发现和肽设计。
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pip install joblib lmdb easydict
Protein Hunter MCP是一个基于Model Context Protocol (MCP)的服务器,提供蛋白质设计和分析功能,支持多种蛋白质设计工具和参数配置,适用于生物信息学研究和AI辅助蛋白质设计。
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uv run postinstall.py
通过模型上下文协议查询CPTAC蛋白质组学数据的服务器,适用于癌症研究数据分析。
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pip install cptac pandas numpy scipy mcp
一个用于查询和下载RCSB蛋白质数据银行信息的MCP服务器工具,适用于生物信息学研究和结构生物学分析。
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pip install -e .
rnamotif MCP是一个用于RNA二级结构搜索和分析的工具,支持tRNA、IRE、假结和发夹等多种RNA基序的搜索,并提供批量处理和结果格式化功能。
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pip install fastmcp loguru click pandas numpy tqdm
Rosetta MCP是一个基于Docker的分子建模服务,提供蛋白质结构优化、突变稳定性分析、蛋白质-蛋白质对接等7项核心功能,适用于生物信息学和药物研发领域。
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Snakemake Web API 提供了远程执行Snakemake封装器和完整工作流的强大端点,适用于将基于Snakemake的生物信息学流程集成到大型系统或应用中。
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ToppGene MCP服务器为AI助手提供直接访问ToppGene Suite的功能,用于基因功能富集分析,支持基因列表输入并返回统计排名通路、疾病、表型等注释结果,同时生成TSV文件供下游分析使用。
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python -m venv .venv
该项目利用生成式AI模型和模型上下文协议(MCP)自动化设计和优化生物信息学工作流,提升FAIR数据原则的遵循性。
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