Pdbe MCP Servers

PDBe MCP服务器

一组模型上下文协议（MCP）服务器，提供对欧洲蛋白质数据库（PDBe）API的无缝访问，以及 PDBe图形数据库该服务器将PDBe的全面结构生物学数据作为MCP工具公开，使其能够与Claude Desktop和其他AI驱动的应用程序直接集成。

先决条件

• Python 3.10+ -服务器运行时需要
• 紫外线 -快速Python包管理器和依赖解析器
• Node.js （可选）-用于使用MCP Inspector开发工具

安装

快速开始

1. 克隆并导航到存储库：

   git clone https://github.com/PDBeurope/PDBe-MCP-Servers.git
   cd pdbe-mcp-server

1. 创建虚拟环境：

   uv venv

1. 使用紫外线进行安装：

   uv pip install .

开发安装

对于贡献或开发工作：

uv pip install -e ".[dev]"

用法

启动服务器

根据您的需求在两种服务器类型之间进行选择：

PDBe API服务器

提供对核心PDBe REST API端点的访问：

uv run pdbe-mcp-server --server-type pdbe_api_server --transport sse

PDBe图形数据库服务器

支持复杂的关系查询和网络分析：

uv run pdbe-mcp-server --server-type pdbe_graph_server --transport sse

服务器将在以下时间启动 http://localhost:8000/sse 默认情况下。

开发和测试

探索可用的工具并测试API响应：

npx @modelcontextprotocol/inspector

MCP检查器提供了一个交互式界面，用于在与应用程序集成之前浏览工具、测试查询和验证响应。

Claude桌面集成

配置

1. 找到您的Claude Desktop配置文件：

- macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json - 视窗: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json - Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

1. 添加PDBe MCP服务器配置：

   {
     "mcpServers": {
       "PDBe API": {
         "command": "/usr/local/bin/uv",
         "args": [
           "run",
           "--directory",
           "/path/to/your/pdbe-mcp-server",
           "pdbe-mcp-server",
           "--server-type",
           "pdbe_api_server"
         ]
       },
       "PDBe Graph": {
         "command": "/usr/local/bin/uv",
         "args": [
           "run",
           "--directory",
           "/path/to/your/pdbe-mcp-server",
           "pdbe-mcp-server",
           "--server-type",
           "pdbe_graph_server"
         ]
       }
     }
   }

1. 重新启动克劳德桌面 加载新配置。

在Claude中使用

配置后，您可以在Claude对话中直接访问PDBe工具：

• 搜索蛋白质结构：“查找UniProt登录P12345的结构”
• 探索分子相互作用：“显示此蛋白质的配体结合位点”

这些工具将出现在Claude的“搜索和工具”界面中，您可以根据需要启用或禁用它们。

服务器配置

运输选项

• SSE（服务器发送事件）: --transport sse -最适合基于web的客户端和开发
• 标准输入输出：默认模式-最适合直接客户端集成，如Claude Desktop

服务器类型

• pdbe_api_server：核心PDBe REST API访问，使用基本结构数据
• pdbe_graph_server：了解更多关于PDBe图形数据库的信息，并生成Cypher查询以访问复杂的关系和交互。

故障排除

常见问题

“找不到命令”错误：

• 确保 uv 已安装并位于您的PATH中
• 验证到的完整路径 uv 在您的Claude Desktop配置中

Claude中缺少的工具：

• 配置更改后重新启动Claude Desktop
• 检查Claude Desktop日志中的MCP服务器错误
• 验证配置文件中的JSON语法

资源

• 模型上下文协议 -MCP官方文件和规范
• PDBe API文档 -完整的API参考和示例
• PDBe图形数据库 -高级查询和关系映射
• 克劳德桌面 -下载和设置说明

许可证

此项目根据Apache许可证2.0版获得许可-请参阅 许可证 文件以获取详细信息。

支持

对于问题、错误报告或功能请求：

• 问题：使用 追踪器
• PDBe帮助台：访问 PDBe帮助和支持 页面