PDB MCP Server

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PDB MCP服务器

一种模型上下文协议（MCP）服务器，提供对蛋白质数据库（PDB）的访问，PDB是关于蛋白质、核酸和复杂组件的3D结构的全球信息库。

特性

工具

• 搜索结构：按关键字、蛋白质名称或PDB ID搜索PDB数据库中的蛋白质结构
• get_structure_info：获取特定PDB结构的详细信息
• download_structure：下载各种格式的结构坐标（PDB、mmCIF、mmTF、XML）
• 搜索_by_unibrot：查找与UniProt登录相关的PDB结构
• get_structure_quality：获取结构质量指标和验证数据

资源

• pdb://structure/{pdb_id}：PDB ID的完整结构信息
• pdb://coordinates/{pdb_id}：PDB格式的结构坐标
• pdb://mmcif/{pdb_id}：mmCIF格式的结构数据
• pdb://validation/{pdb_id}：结构验证数据和质量指标
• pdb://ligands/{pdb_id}：配体和结合位点信息
• pdb://search/{查询}：与查询匹配的结构的搜索结果

安装

npm install
npm run build

用法

使用克劳德桌面

添加到您的 claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

查询示例

1. 搜索胰岛素结构:

   Use the search_structures tool to find insulin protein structures

1. 获取特定结构的信息:

   Get detailed information about PDB structure 1ABC using get_structure_info

1. 下载结构坐标:

   Download the PDB file for structure 1ABC using download_structure

1. 寻找UniProt蛋白的结构:

   Find PDB structures for UniProt accession P01308 using search_by_uniprot

1. 检查结构质量:

   Get validation metrics for PDB structure 1ABC using get_structure_quality

1. 直接访问资源:

   Show me the resource pdb://structure/1abc

API集成

此服务器与以下设备集成：

• RCSB PDB REST API (https://data.rcsb.org/)：用于结构元数据和信息
• RCSB PDB搜索API (https://search.rcsb.org/)：用于高级搜索功能
• RCSB PDB文件下载 (https://files.rcsb.org/)：用于结构文件下载

结构数据格式

• 文件：原始蛋白质数据库格式
• 毫米CIF：大分子晶体学信息文件（新标准）
• mmTF：大分子传输格式（二进制，压缩）
• 可扩展置标语言：可扩展标记语言格式

质量指标

服务器提供各种结构质量指标：

• 分辨率（用于X射线晶体学）
• R-功和R-自由值
• Ramachandran图统计
• 冲突得分
• 轮状体异常值
• 模型验证得分

补充服务器

此PDB服务器适用于：

• UniProt MCP服务器：蛋白质序列和功能信息
• AlphaFold MCP服务器：用于预测蛋白质结构

这些共同提供了对蛋白质结构和功能数据的全面访问。

错误处理

该服务器包括强大的错误处理功能，用于：

• PDB ID无效
• 网络连接问题
• API速率限制
• 缺少结构文件
• 请求格式错误

发展

# Install dependencies
npm install

# Build the server
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

归因

该项目由 增强自然 🌐 网站： 增强自然

引用

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按如下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {Protein Data Bank (PDB) MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}