Biogrid MCP Server

BioGRID MCP服务器

这是一个模型上下文协议（MCP）端点服务器，可以解锁BioGRID的2×10⁷ 为任何LLM或自主代理提供精心策划的遗传和物理相互作用，以访问BioGRID API。该存储库为您的代理堆栈提供了工具，可以从原始基因符号到支持发布的交互网络、TSV边缘列表，并随时分析统计数据——所有这些都是通过模式验证的JSON调用完成的。这些工具可以自我描述输入/输出，因此代理可以自己发现、验证和纠正调用。

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工具

1. get_interactions：检索涉及一个基因的每个BioGRID相互作用。
2. get_neighbors：轻量级包装器，为单个基因返回一级伴侣。
3. export_edge_list：为一组基因生成TSV/CSV边缘列表，为Cytoscape或图形工具做好准备。
4. search_genes：模糊搜索BioGRID的基因表，查找模糊的符号/别名。
5. interaction_stats：基因列表的快速网络摘要（计数、度分布、物理/遗传比率）。

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资源模板

1. biogrid://edge-list/{gene1，gene2，…}：基因集的TSV边列表（与export_edge_list相同，但可缓存和共享）
2. biogrid://interaction/{biogrid_id}：让代理引用一个交互作为证据，而不解析整个TSV。
3. biogrid://gene/{gene_symbol}：模型在引入基因时可以引用的快速“知识卡”。
4. biogrid://publications/｛pubmed_id｝：启用引用感知答案或RAG管道，而不会影响NCBI。
5. biogrid://dataset/{dataset_id}：批量下载特定的BioGRID数据集版本（tar/zip）。

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示例用例

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快速安装

1.克隆和安装

git clone https://github.com//biogrid-mcp-server.git
cd biogrid-mcp-server
npm install

2.设置BioGRID API密钥

https://webservice.thebiogrid.org/ 这是免费的学术用途。

   export BIOGRID_API_KEY=YOUR_KEY_HERE

3.运行服务器

stdio模式最适合本地LLM

npm run start

HTTP模式-在端口上为远程代理公开（选择任何空闲端口）：

npm run start:http -- --port 3335

您应该看到类似以下内容：

[BIOGRID-MCP] server ready – manifest at /.well-known/mcp/manifest.json

5.工具调用示例

{
  "name": "get_neighbors",
  "arguments": {
    "gene_symbol": "TP53",
    "species": 9606,
    "type": "genetic",
    "limit": 250
  }
}

9606代表“人类”这一物种。 您将获得的样品

{
  "query": {"gene":"TP53","species":9606,"type":"genetic"},
  "neighbors": [
    {
      "partner": "MDM2",
      "biogridId": "111",
      "experimentalSystem": "Dosage Rescue",
      "pubmedIds": [12345]
    }
    /* … */
  ],
  "meta": {
    "total": 187,
    "timestamp": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SSZ",
    "biogrid_version": "4.4.229"
  }
}

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跨多个MCP服务器的工作流示例

1. 变体分诊：

搜索基因→ get_interactions→ 根据遗传证据过滤→ 按PubMed支持对合作伙伴进行排名。

1. 模块构建：

get_neighbors（种子基因）→ export_edge_list→ 输入GRAPH-MCP进行聚类→ overlay_表达式。

1. 跨数据库富集：

搜索基因→ STRING-MCP获取_功能丰富→ 反应组MCP通路覆盖。

马上就来：http://github.com/kleonai/bio-mcp-servers查看Biology MCP服务器列表和使用指南。

发展指南

• src/api.ts–围绕BioGRID/交互/和/基因/端点的薄axios包装
• src/parsers.ts–转换TSV➞ 键入对象
• src/tools.ts–声明工具模式和处理程序
• src/server.ts–连接MCP传输（stdio+express）
• 在src/analytics.ts中添加新的分析（例如中心性、聚类）

先决条件

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该服务器由开发https://kleonlab.com/