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bioelectricity researcher

MCP Server

Noeron是一款基于Google Gemini 3的AI研究伴侣,实时连接播客内容与学术文献,帮助用户深入理解科学内容,避免重复的认知劳动。

工具数

0

提示词数

0

GitHub Stars

0

资源数

0
TypeScript实时分析数据分析

安装说明

本站只整理中文说明和来源信息,不托管安装包,也不代用户安装。

作者 / 组织

beckpiscopo

提供方

beckpiscopo

最后核验

2026/5/17 20:21

运行时

Python

快速接入

先看主来源和安装命令,再打开仓库或文档;下面只保留这个条目的关键接入事实。

命令预览

python scripts/build_vector_store.py

详细介绍

Noeron:科学播客的人工智能研究伴侣

播客与论文之间的认识论桥梁

一款基于人工智能的研究伴侣,使用谷歌Gemini 3实时将播客内容与学术文献联系起来。专为双子座3黑客马拉松而设计,旨在展示人工智能如何在不重复数千名听众的认知劳动的情况下,使深度科学变得触手可及。

![Gemini 3](https://ai.google.dev/gemini-api/docs/gemini-3) ![License: MIT](LICENSE)

问题

科学播客的听众会遇到未充分理解的说法,并希望更深入地理解,但阅读密集的学术论文非常困难。目前的解决方案迫使每个听众独立地重复相同的研究工作,这是对认知劳动的巨大浪费。

例子: 当Michael Levin在Lex Fridman#325上说“生物电模式控制形态发生”时,有什么论文支持这一点?哪些实验证明了这一点?我在哪里可以了解更多?

解决方案:理解基础设施

Noeron创造 认识论桥梁 -将非正式播客解释与正式科学文献联系起来。一个人的深度合成成为数千名听众的可重用基础设施,就像物理基础设施为许多用户服务一样。

诺能做什么

  • 实时研究流:在收听播客时实时显示相关论文
  • 上下文卡片:人工智能生成的摘要,将具体主张与支持性研究联系起来
  • 深潜探索:探索带有证据线索、支持文件和相关概念的索赔
  • 带有思维痕迹的AI聊天:与实时显示其推理过程的AI聊天
  • AI图像生成:生成科学可视化 /visualize/image 命令
  • 迷你播客:生成NotebookLM风格的两个主持人讨论任何索赔
  • 滑道生成:为任何索赔创建带有视觉幻灯片的人工智能生成演示文稿
  • 研究笔记本:保存和组织声明、论文、片段和人工智能见解
  • 知识制图:用分类集群可视化研究领域
  • 测验模式:测试你对播客内容的理解
  • 移动优先设计:响应式用户界面经过优化,适合随时随地收听

把它想象成有一个研究助理,他已经阅读了播客嘉宾引用的每一篇论文。

为什么选择双子座3?

Noeron展示了Gemini 3在科学推理方面的独特能力:

  1. 长上下文窗口(1M令牌)

- 加载整个播客记录+150+生物电论文 - 在多小时的面试中保持背景

  1. 上下文缓存

- 一次处理论文语料库,查询数千次 - 在播客播放期间启用实时响应

  1. 思维水平增强推理

- 检测自然语言中微妙的科学主张 - 在相互矛盾的发现中综合证据 - 生成准确的上下文卡,不会产生幻觉

  1. 多模式理解

- 分析论文中的实验数据 - 处理来自YouTube采访的视频时间戳 - 从图表和可视化中提取见解

  1. 结构化输出生成

- 创建带有适当引用的上下文卡片 - 构建知识图谱,将索赔与证据联系起来 - 维护所有信息的来源跟踪

演示

演示视频 -观看Noeron的表演

演示的主要功能:

  • 实时研究流显示莱文讲话时的论文
  • 用证据线索深入研究“生物电模式”主张
  • 具有实时思维痕迹的AI聊天
  • 解释复杂概念的迷你播客生成
  • 显示研究领域覆盖范围的知识制图
  • 移动响应式聆听体验

自己试试: 现场演示 (需要Gemini API密钥)

黑客马拉松提交

适用于: Gemini 3全球黑客马拉松\ 类别: 教育与科学素养\ Gemini 3集成: 使用上下文缓存、多模态分析和具有思维水平的结构化输出的核心推理引擎

影响潜值

目标市场: 深度科学播客生态系统每月有1000万至3000万听众\ 问题已解决: 消除了数千名学习者重复的研究工作\ 可扩展性: 一个合成→ 许多用户(基础设施模型)

主要特点

1.实时研究流

与播客播放同步的实时论文推荐。

# As podcast plays, Noeron identifies claims and surfaces papers
process_podcast_segment(
    transcript_window="I think bioelectric patterns...",
    timestamp="00:45:23"
)
# Returns: Relevant papers with specific sections highlighted

2.AI驱动的上下文卡

Gemini 3检测索赔,检索支持性研究,并生成可扫描的摘要。

# Two-pass Gemini approach:
# Pass 1: Detect claims with context tags
claims = detect_claims(transcript_segment, use_gemini=True)
# Example: "Bioelectric patterns control morphogenesis"
#          Tags: [organism: planaria, mechanism: gap_junctions]

# Pass 2: Generate research queries and retrieve papers
for claim in claims:
    papers = rag_search(claim.generate_query())
    context_card = create_context_card(claim, papers)

上下文卡输出:

{
  "claim": "Bioelectric patterns control morphogenesis",
  "timestamp": "00:45:23",
  "supporting_evidence": [
    {
      "paper_id": "levin_2014_bioelectric",
      "relevance": "Primary experimental validation",
      "key_finding": "Ion channel manipulation altered planarian head shape"
    }
  ],
  "summary": "Planarian experiments show bioelectric signals determine body structure",
  "confidence": "high"
}

3.研究线程可视化

追踪科学理解是如何随着时间的推移而演变的。

build_research_thread(
    topic="bioelectric morphogenesis",
    year_range=(1993, 2025)
)
# Shows: Initial observations → Experimental validation → 
#        Molecular mechanisms → Current applications

4.跨集合成

在多个播客中找到共同的主题。

synthesize_episodes([
    "lex_fridman_325",
    "sean_carroll_203", 
    "jim_rutt_165"
])
# Gemini 3 identifies: recurring themes, evolving ideas, 
#                     contradictions explained over time

5.思维痕迹互动问答

与已阅读播客记录和所有参考论文的人工智能聊天。通过SSE流媒体实时查看Gemini 3的推理过程。

answer_question(
    question="How do gap junctions enable collective intelligence?",
    context=["transcript", "papers", "figures"]
)
# Uses Gemini 3's enhanced reasoning to synthesize answer
# Shows thinking traces: "Let me consider the bioelectric signaling..."

6.人工智能图像生成

直接在聊天中生成科学可视化。

# Explicit commands
/visualize cell membrane voltage gradients
/image planarian regeneration process

# Natural language
"Show me a diagram of bioelectric pattern formation"

7.迷你播客生成

生成NotebookLM风格的两个主持人讨论任何索赔。

generate_mini_podcast(
    claim_id="claim_123",
    episode_id="lex_325",
    style="educational"
)
# Returns: 3-5 minute audio with ALEX and SAM discussing the claim
# Uses Gemini 3 for script + Gemini 2.5 TTS for multi-speaker audio

8.滑道生成

使用人工智能生成的视觉效果为任何索赔创建演示幻灯片。

generate_slide_deck(
    claim_id="claim_123",
    episode_id="lex_325",
    style="presenter"  # or "detailed"
)
# Returns: PDF with 5-12 slides, thumbnail previews, shareable link
# Uses Gemini 3 for content + Imagen for slide visuals

两种风格:

  • 主持人 (5-7张幻灯片):清晰的视觉效果,包含现场演示的关键点
  • 详细的 (8-12张幻灯片):无需旁白即可分享的综合幻灯片

特征:

  • 4个阶段的进度指标(规划→ 内容→ 视觉效果→ 装配)
  • 缩略图旋转木马,点击展开灯箱
  • 社区共享切换
  • 在页面刷新过程中保持不变

9.研究笔记本

使用书签保存和组织您的研究之旅:

  • 带有证据线索的索赔
  • 带有亮点的论文片段
  • 人工智能生成的见解和图像
  • 插曲时刻

10.知识制图

使用分类集群可视化研究景观:

  • GMM聚类中的8-12个“研究领域”
  • 查看每集涵盖哪些地区
  • 跟踪您的探索进度
  • 发现新的探索领域

建筑

数据管道

Podcasts/Interviews
       ↓
[AssemblyAI Transcription]
       ↓
[Speaker Diarization]
       ↓
[Window Segmentation] (60s chunks with 10s overlap)
       ↓
[Gemini 3: Claim Detection] ← thinking_level='medium'
       ↓
[RAG: Paper Retrieval] ← Supabase pgvector + Gemini embeddings
       ↓
[Gemini 3: Context Synthesis] ← thinking_level='high', context_caching
       ↓
[Context Card Registry]
       ↓
[User Interface]

Gemini 3集成点

# 1. Claim Detection (with thinking)
model = genai.GenerativeModel('gemini-3-flash-preview')
claims = model.generate_content(
    f"Detect scientific claims in: {transcript}",
    generation_config=genai.GenerationConfig(
        thinking_level='medium',
        response_mime_type='application/json'
    )
)

# 2. Context Card Generation (with cached corpus)
cache = genai.caching.CachedContent.create(
    model='gemini-3-pro-preview',
    contents=bioelectricity_papers,  # 150+ papers
    ttl=datetime.timedelta(hours=1)
)

context_card = model.generate_content(
    f"Synthesize evidence for: {claim}",
    cached_content=cache,
    generation_config=genai.GenerationConfig(
        thinking_level='high'
    )
)

# 3. Multimodal Figure Analysis
response = model.generate_content([
    "Extract experimental protocol from this figure:",
    {'mime_type': 'image/jpeg', 'data': figure_bytes}
])

矢量搜索管道

Papers (150+ on bioelectricity)
       ↓
[GROBID: PDF → Structured JSON]
       ↓
[Section Detection: Methods, Results, Discussion]
       ↓
[Chunking] (400 tokens, 50 token overlap, tiktoken)
       ↓
[Embedding: Gemini text-embedding-004] (768 dimensions)
       ↓
[Supabase pgvector] (production) / [ChromaDB] (local dev)
       ↓
[RAG Search] ← Query from Gemini claim detection

安装

先决条件

  • Python 3.10+
  • 紫外线 (Python包管理器)
  • Node.js 18+,带pnpm
  • Google Gemini API密钥(免费获得一个)
  • Supabase项目(用于生产)或当地发展模式
  • AssemblyAI API密钥(用于生成转录本,可选)
  • ffmpeg(用于音频处理,可选)

快速开始

# Clone repository
git clone https://github.com/beckpiscopo/bioelectricity_researcher
cd bioelectricity_researcher

# Install Python dependencies with uv
uv sync

# Set up environment variables
cp .env.example .env
# Edit .env with your API keys:
# - GEMINI_API_KEY (required for all AI features)
# - SUPABASE_URL and SUPABASE_SERVICE_KEY (for production)
# - ASSEMBLYAI_API_KEY (for transcript generation)

BYOK(自带钥匙)

用户必须提供自己的Gemini API密钥才能使用人工智能功能。应用程序重定向到设置页面(/settings)在首次使用时,用户可以输入他们的API密钥。密钥安全地存储在浏览器的本地存储中。

首次通过魔术链接登录的用户在继续之前会被提示设置显示名称。

构建矢量存储

# Process papers into vector database
python scripts/build_vector_store.py

# Verify corpus
python scripts/validate_corpus.py

生成上下文卡

# Process a podcast episode
python scripts/fetch_assemblyai_transcript.py \
  --youtube-url "https://youtube.com/watch?v=..." \
  --paper-id lex_325 \
  --title "Lex Fridman #325"

# Generate context cards for all segments
python scripts/run_context_card_builder_batch.py \
  --podcast-id lex_325 \
  --episode-title "Lex Fridman #325" \
  --use-gemini \
  --redo

运行应用程序

# Start the backend HTTP server
uv run python -m src.bioelectricity_research.http_server

# In another terminal, start the Next.js frontend
cd frontend
pnpm install
pnpm dev

访问 http://localhost:3000

环境变量

变量必填描述
GEMINI_API_KEY谷歌Gemini API人工智能功能密钥
SUPABASE_URL生产Supabase项目URL
SUPABASE_SERVICE_KEY生产供应链服务角色关键
USE_SUPABASE设置为 false 用于本地开发(默认值: true)
ASSEMBLYAI_API_KEY可选用于生成新成绩单

当前语料库

论文

  • 150+篇论文 生物电、形态发生、再生
  • 日期范围: 1993-2025(迈克尔·莱文的全集)
  • 话题: 间隙连接、离子通道、模式形成、异种机器人、集体智能

播客/访谈

  • 莱克斯·弗里德曼#325(迈克尔·莱文)-完整一集的索赔
  • 万物理论(迈克尔·莱文)-预览集
  • 其他剧集正在筹备中

处理统计数据

  • 块总数: ~15,000
  • 平均块大小: 400个代币
  • 嵌入模型: Gemini文本嵌入-004(768维)
  • 分类集群: 通过GMM聚类得到8-12个研究领域
  • 储存: Supabase pgvector(生产)/ChromaDB(本地)

UI/UX设计

四个交互层

  1. 被动倾听

- 时间戳同步的上下文卡会自动出现 - 播客流不会中断

  1. 主动提问

- 后续问题的聊天界面 - 双子座3个理由超过成绩单+论文

  1. 精心策划的探索

- 按主题浏览研究主题 - 复杂性的逐步披露

  1. 主要来源

- 直接链接到论文 - 突出显示的相关章节

设计理念

  • 移动优先: 专为播客收听场景而设计
  • 渐进式披露: 显示简单摘要,隐藏复杂性
  • 来源追踪: 始终明确引用来源
  • 最小认知负荷: 10-15字可扫描摘要

项目结构

bioelectricity-research-mcp-v2/
├── agents/                         # Gemini-powered reasoning agents
│   └── verification_agent.py       # Claim verification logic
├── data/
│   ├── papers_collection.json      # Metadata for all papers
│   ├── cleaned_papers/             # Processed, chunkable JSON
│   ├── grobid_fulltext/            # Raw GROBID extraction
│   ├── vectorstore/                # ChromaDB persistence (local mode)
│   ├── context_card_registry.json  # Generated context cards
│   ├── episodes.json               # Episode metadata
│   ├── episode_summaries.json      # AI-generated summaries
│   ├── window_segments.json        # Transcript temporal windows
│   └── knowledge_graph/            # Entity-relation extractions
├── scripts/
│   ├── build_vector_store.py       # Chunk and embed papers
│   ├── build_taxonomy_clusters.py  # GMM clustering for knowledge cartography
│   ├── fetch_assemblyai_transcript.py
│   ├── context_card_builder.py     # Gemini claim → RAG → card
│   ├── generate_episode_summaries.py
│   ├── supabase_client.py          # Database client
│   └── migrate_to_supabase_full.py # Data migration
├── src/
│   ├── bioelectricity_research/
│   │   ├── server.py               # FastMCP server + MCP tools
│   │   ├── http_server.py          # REST API adapter
│   │   ├── context_builder.py      # Layered chat context system
│   │   ├── vector_store.py         # ChromaDB/Supabase pgvector
│   │   └── storage.py              # Paper CRUD operations
│   ├── chunking_papers.py          # Tiktoken-based chunking
│   └── embeddings.py               # Gemini embedding utilities
├── frontend/                       # Next.js application
│   ├── app/
│   │   ├── page.tsx                # Landing page
│   │   ├── library/page.tsx        # Episode library
│   │   ├── episode/[id]/page.tsx   # Episode player
│   │   ├── notebook/[id]/page.tsx  # Notebook view
│   │   └── api/                    # API proxy routes
│   ├── components/
│   │   ├── listening-view.tsx      # Podcast player with live research
│   │   ├── deep-exploration-view.tsx # Claim deep dive
│   │   ├── episode-overview.tsx    # Episode summary + clusters
│   │   ├── notebook-view.tsx       # Research notebook
│   │   ├── mini-podcast-player.tsx # AI podcast player
│   │   ├── taxonomy-bubble-map.tsx # Knowledge cartography
│   │   ├── quiz-mode.tsx           # Interactive quizzes
│   │   ├── ai-chat/                # AI chat components
│   │   └── mobile/                 # Mobile-optimized components
│   ├── hooks/
│   │   └── use-ai-chat.ts          # Chat state management
│   └── lib/
│       ├── supabase.ts             # Supabase client + types
│       └── chat-types.ts           # TypeScript interfaces
├── supabase/
│   ├── migrations/                 # Database schema migrations
│   └── schema.sql                  # Full schema reference
├── cache/                          # Runtime caches
│   └── generated_podcasts.json     # Mini podcast cache
├── tests/
└── docs/
    ├── ARCHITECTURE.md             # System architecture
    ├── pipeline.md                 # Data flow documentation
    ├── TAXONOMY_CLUSTERS.md        # Clustering system guide
    └── DEPLOYMENT.md               # Deployment instructions

测试

# Run unit tests
pytest tests/

# Validate context card quality
python scripts/validate_context_card_registry.py

# Test RAG search accuracy
python tests/test_rag_accuracy.py

未来路线图

第二阶段(黑客马拉松后)

  • \[\]YouTube视频集成(视觉时间戳)
  • \[\]扩展到其他生物电研究人员
  • \[\]引文网络可视化
  • \[\]黑曜石出口

第三阶段(产品愿景)

  • \[\]多播客支持(Huberman、Carroll、Rutt)
  • \[\]社区贡献的背景卡片
  • \[\]移动应用程序(iOS/Android)
  • \[\]YouTube浏览器扩展

第四阶段(规模)

  • \[\]超越生物电
  • \[\]任何科学播客的平台
  • \[\]成为“深度学习的基础设施”

影响指标

对于研究人员:

  • 节省时间:每次论文查找2-4小时→ 30 秒
  • 可访问性:使前沿研究易于理解

对于播客听众:

  • 深度科学播客每月有1000万至3000万听众
  • 每个上下文卡被数千人使用(基础设施效应)

科学传播:

  • 弥合可访问性和严格性之间的差距
  • 无需学术把关,即可实现更深入的参与

双子座3竞争优势

该项目展示了Gemini 3在科学推理方面的优势:

  1. 与GPT-4相比:更好地理解论文语料库的长上下文
  2. vs.克劳德:上下文卡的输出更加结构化
  3. 与双子座2.5相比:增强推理消除幻觉
  4. 双子座3独有:上下文缓存使这在经济上可行

成本效益:

  • 无缓存:每1000次查询50美元以上
  • 使用Gemini 3缓存:每1000个查询2美元(减少25倍)

文档

贡献

该项目目前处于黑客马拉松模式,但欢迎在2026年2月9日之后捐款!

许可证

MIT许可证-请参阅 许可证 详情

致谢

  • 迈克尔·莱文 -用于开创性的生物电研究
  • 谷歌DeepMind -对于Gemini 3 API
  • 组装AI -用于播客转录
  • 语义学者 -用于纸质元数据

联系

贝克·皮斯科波

______________________________________________________________________

为Gemini 3全球黑客马拉松精心打造

“认识论基础设施:一个人的深刻理解成为数千人可重复使用的知识。”

目录标签

目录标签

TypeScript实时分析数据分析AI研究本地部署科学播客学术文献知识图谱

接入字段

传输方式(transport,传输协议)

stdio

鉴权方式(authType,认证方式)

token

运行时(runtime,运行环境)

Python

工具数量(toolCount,工具数)

0

资源数量(resourceCount,资源数)

0

提示词数量(promptCount,提示词数)

0

权限和风险

stdiotoken部署方式未说明

接入前请确认传输方式、认证方式和部署位置,并根据实际工具能力限制访问范围。

安装前确认

不要直接授予不必要的文件、网络或账号权限;先核对安装命令和配置内容。

来源信息

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