togo MCP

TogoMCP:RDF门户的MCP服务器

一 MCP（模型上下文协议） 服务器，允许AI助手（Claude等）通过SPARQL访问生物和生物医学RDF数据库 RDF门户，以及选定的REST API（NCBI E-utilities、UniProt、ChEMBL、PDB、Reactome、Rhea、MeSH等）。

快速入门：远程服务器（无需安装）

您可以直接使用托管的TogoMCP服务器，无需进行本地设置。\ 看 https://togomcp.rdfportal.org/ 用于连接说明。

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本地安装

先决条件

• Python>=3.11
• 紫外线 包管理器

1.安装 uv

# macOS/Linux
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

# Windows (PowerShell)
powershell -ExecutionPolicy ByPass -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

2.克隆并安装

git clone https://github.com/dbcls/togomcp.git
cd togomcp
uv sync

3.设置NCBI API密钥（对于NCBI工具是必需的）

获取您的NCBI API密钥 并将其导出：

export NCBI_API_KEY="your-key-here"

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配置

克劳德桌面版

编辑您的Claude Desktop配置文件：

• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• 视窗: ~\AppData\Roaming\Claude\claude_desktop_config.json

{
    "mcpServers": {
        "togomcp": {
            "command": "/path/to/uv",
            "args": [
                "--directory",
                "/path/to/togomcp",
                "run",
                "togo-mcp-local"
            ],
            "env": {
                "NCBI_API_KEY": "your-key-here"
            }
        }
    }
}

小贴士：运行 which uv （macOS/Linux）或 where uv （Windows）查找到的完整路径 uv.

管理模式

替换 togo-mcp-local 随着 togo-mcp-admin 还可以启用用于生成新MIE（元数据互操作性交换）文件的工具，这对添加新数据库支持的贡献者很有用。

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码头工人

A. Dockerfile 提供用于容器化部署。

推荐： docker compose

compose.yaml 定义两个服务-- togomcp-main （端口8000）和 togomcp-test （端口8001）--因此您可以从同一映像并行运行生产和暂存端点。

cp .env.example .env                                # then fill in NCBI_API_KEY
docker build -t localhost/togo-mcp:latest .         # build main image (tag in .env)
docker compose up -d togomcp-main                   # start main endpoint

常见操作：

docker compose logs -f togomcp-main                 # tail logs
docker compose down                                 # stop and remove all services
docker compose down togomcp-test                    # stop and remove just one
docker compose up -d togomcp-test                   # after rebuilding, recreates with new image

通过以下方式覆盖图像标签和主机端口 .env --看 .env.example 查看完整列表。使用 docker compose up -d --force-recreate 如果compose没有拾取重建的图像，以及 docker image prune -f 清理悬空层。

简单： docker run

对于没有组合的单个容器：

docker build -t togo-mcp .
docker run -e NCBI_API_KEY="your-key-here" -p 8000:8000 togo-mcp

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工具调用日志记录（可选）

TogoMCP可以将每个MCP工具调用记录为每个调用一行JSON（时间戳， 工具名称、参数、状态、elapsed_ms、会话/请求/客户端ID、传输、， 客户端IP）。SPARQL调用丰富了端点URL、HTTP代码、行/字节 查询的SHA-256。可用于基准测试、MIE迭代、， 以及重建多工具序列。

On/off是一个单一的环境变量: TOGOMCP_QUERY_LOG未设置/为空=已禁用 （默认为零开销）。设置为可写文件路径以启用。 输出用途 RotatingFileHandler （50 MB×10，~500 MB上限）。

码头工人

compose.yaml 绑定支架 ./logs （以及 ./logs-test)在主机上 /var/log/togomcp 在每个集装箱内通过 TOGOMCP_QUERY_LOG / TOGOMCP_QUERY_LOG_TEST 从 .env.选择加入：

echo 'TOGOMCP_QUERY_LOG=/var/log/togomcp/togomcp.jsonl' >> .env
mkdir -p logs
docker compose up -d togomcp-main
tail -f logs/togomcp.jsonl

env变量中的路径是 集装箱侧 路径；捆绑架使 在以下位置可见同一文件 ./logs/togomcp.jsonl 在你的主机上。离开var unset会一直注销——不需要进行组合更改。

克劳德桌面（本地stdio）

添加 TOGOMCP_QUERY_LOG 到 env 旁边的街区 NCBI_API_KEY.使用 绝对路径（生成进程的cwd是不可预测的），并确保 父目录存在：

"env": {
    "NCBI_API_KEY": "your-key-here",
    "TOGOMCP_QUERY_LOG": "/Users/you/togomcp-logs/togomcp.jsonl"
}

然后 mkdir -p ~/togomcp-logs 一次并完全重新启动Claude Desktop。

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可用数据库和工具

TogoMCP公开了用于查询以下内容的工具（通过SPARQL或REST API）：

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示例提示

连接后，您可以向您的AI助手询问以下问题：

• *“在UniProt中查找与阿尔茨海默病相关的所有人类蛋白质。”*
• *“在ChEMBL数据库上运行SPARQL查询，以查找靶向EGFR的化合物。”*
• *“在PubMed上搜索有关CRISPR碱基编辑的最新论文。”*
• *“反应组中涉及TP53基因的途径是什么？”*

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目录结构

togomcp/
├── togo_mcp/               # Main Python package
│   ├── server.py           # MCP server entry point
│   ├── main.py             # Core logic and tool registration
│   ├── admin.py            # Admin-mode tools (MIE generation)
│   ├── api_tools.py        # REST API integrations (ChEMBL, PDB, Reactome, etc.)
│   ├── ncbi_tools.py       # NCBI E-utilities tools
│   ├── rdf_portal.py       # RDF Portal / SPARQL tools
│   ├── togoid.py           # TogoID identifier conversion tools
│   └── data/               # Bundled data files (included in wheel)
│       ├── mie/            # MIE files (YAML, one per database)
│       ├── docs/           # Developer documentation
│       └── resources/      # Static resources (endpoints.csv, prompts, etc.)
├── benchmark/              # Benchmarking scripts and results
├── scripts/                # Utility/maintenance scripts
├── workflows/              # Example workflow prompts
├── Dockerfile              # Docker build configuration
├── pyproject.toml          # Python project metadata and entry points
└── uv.lock                 # Locked dependency versions (uv)

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贡献

欢迎投稿！要添加对新数据库的支持，请参阅 togo_mcp/data/mie/ 目录和用于生成MIE文件的管理模式工具。请在GitHub上打开问题或拉取请求。

参考

金城，A.R.，山本，Y.，布斯塔曼特·拉里特，S.，拉布拉多Gayo，J.-E.，&藤泽，T.（2026）。TogoMCP：通过模式引导的LLM和模型上下文协议对生命科学知识图进行自然语言查询。 *bioRxiv*. https://doi.org/10.64898/2026.03.19.713030

许可证

该项目根据 MIT许可证.