模拟鼠标MCP服务器-便携包
此便携式软件包包含将模拟鼠标MCP服务器部署到Dedalus所需的一切。此包可以直接复制到您的 SimulatedMouseMCP 存储库。
概述
模拟小鼠MCP服务器为研究人员提供了使用真实GRCm39基因组数据在计算机上运行小鼠模拟和实验的能力。它实现了模型上下文协议（MCP），允许AI模型访问虚拟鼠标实验室功能。
包含的文件
核心文件
pyproject.toml-具有依赖关系的项目配置main.py-Dedalus期望的切入点requirements.txt-必需的Python包README.md-此文件deploy.sh-自动部署脚本
源代码
src/main.py-MCP服务器实现virtual_mouse_lab.py-核心虚拟鼠标实验室功能main_api.py-API模型和定义- 用于基因组处理和模拟的附加核心文件
数据和模型模块
model/-机器学习模型和预测算法data/-鼠标数据的统一数据模型genome/-基因组处理工具behavior/-行为模拟模块blood_work/-血液工作模拟模块phenotype/-表型分析模块sequencing/-排序实用程序
配置和文件
config/.env.example-环境配置模板docs/virtual-mouse-lab.md-详细文件mcp_config.json-MCP服务器配置tests/test_server.py-测试验证脚本
部署说明
- 将整个目录复制到您的
SimulatedMouseMCP仓库 - 确保你有
dedalus已安装CLI - 更新中的包名称
pyproject.toml如有需要 - 跑
./deploy.sh并按照提示进行操作 - 将使用您提供的名称部署服务器
测试
要在部署前验证包是否正常工作，请执行以下操作：
# Test the server can be loaded
python -c "import sys; from src.main import main; sys.argv = ['main', '--test']; main()"
# Run the test suite
PYTHONPATH=. python tests/test_server.py可用的MCP工具
list_simulations()-列出所有已完成的模拟run_simulation()-使用参数运行鼠标模拟get_simulation_results()-获取已完成模拟的结果get_mouse_genotype_info()-获取有关小鼠基因型的信息list_available_treatments()-列出可用的治疗方法
主要特点
- 虚拟小鼠模拟：创建具有特定基因型的合成小鼠
- 治疗实验：应用各种治疗方法（药物、饮食等）
- 行为分析：模拟开放式现场测试等行为测试
- 生物标志物生成：生成逼真的血液检查和生物标志物数据
- 基因组整合：使用真实的GRCm39基因组数据提高准确性
- 表型双胞胎一代：创造出与真实小鼠表型非常相似的合成小鼠