Pymol Visualization MCP Server

PyMOL可视化MCP服务器

基于模型上下文协议（MCP）架构的自动化蛋白质结构可视化工具。该服务器使Claude Desktop能够智能控制PyMOL软件，为用户提供一个交互式平台，用于生成高质量、可发布的蛋白质结构图像。

🎯 特性

• 基于模板的设计：单组分分析和多组分交互的标准化模板
• 专业渲染：自动应用出版物级渲染设置
• 错误处理：内置全面的错误检测和自动恢复机制
• 精准控制：支持跨链残基选择和原子级距离测量
• 自动分析:

- 单组分蛋白质中的关键残基可视化 - 自动蛋白质相互作用（PPI）识别 - 原子级距离测量和注释 - 专业级渲染优化

📋 系统要求

• python：3.8或更高
• PyMOL：最新版本
• 主控程序：1.0.0或更高版本
• 克劳德桌面版：最新版本
• PyMOL MCP服务器: ChatMol/分子mcp （需要单独设置）

🚀 安装

1.克隆存储库

git clone https://github.com/coasir/pymol-visualization-mcp-server.git
cd pymol-visualization-mcp-server

2.安装依赖项

pip install -r requirements.txt

3.设置PyMOL MCP服务器

重要：您需要从以下位置设置PyMOL MCP桥 ChatMol/分子mcp 第一：

1. 克隆分子mcp存储库：

   git clone https://github.com/ChatMol/molecule-mcp.git

1. 按照molecule mcp存储库中的安装说明进行操作

4.配置克劳德桌面

1. 打开克劳德桌面
2. 导航至 设置 → 开发者 → 编辑配置
3. 查找名为的文件 claude_desktop_config.json
4. 将两台服务器添加到您的配置中：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/PATH/TO/YOUR/MCP",
      "args": [
        "run",
        "/PATH/TO/molecule-mcp/pymol_server.py"
      ]
    },
    "pymol-visualization": {
      "command": "/PATH/TO/YOUR/PYTHON",
      "args": [
        "/PATH/TO/THIS/SERVER/804vis_en.py"
      ],
      "env": {}
    }
  }
}

1. 用实际路径替换路径：

- /PATH/TO/YOUR/MCP：MCP可执行文件的路径 - /PATH/TO/molecule-mcp/pymol_server.py：克隆分子mcp服务器的路径 - /PATH/TO/YOUR/PYTHON：Python解释器的路径 - /PATH/TO/THIS/SERVER/804vis_en.py：此可视化服务器的路径

1. 保存并重新启动Claude Desktop

💡 用法

先决条件：确保两个MCP服务器都已正确配置：

• pymol （来自分子mcp）-提供基本的PyMOL控制
• pymol-visualization （此项目）-提供高级可视化模板

步骤1：在远程模式下启动PyMOL

/PATH/TO/YOUR/PYMOL -R

步骤2：在Claude Desktop中使用模板

单组分分析

分析并突出显示单个蛋白质结构中的特定残基。

所需参数：

• Structure*：PDB ID或文件路径
• Key_residues*：指定残留物（例如。， 57,102 或 A:57,B:102)

可选参数：

• Distance_pairs：定义距离测量（例如。， 57:CA-102:CA)

多组分分析

分析受体-配体或蛋白质-蛋白质相互作用界面。

所需参数：

• Structure*：PDB ID或文件路径
• Components*：定义组件（例如。， receptor:A+B+C,ligand:E+D)

可选参数：

• Key_residues：指定残留物（例如。， A:57,B:102)
• Distance_pairs：定义距离测量（例如。， 57:CA-102:CA)

工作流概述

下图说明了在Claude Desktop中使用可视化模板的完整工作流程：

Workflow Diagram

📊 例子

单组分分析

• PDB ID：9def
• 关键残留物T99、H17、S142、D37
• 结果：在半透明的主干上用独特的颜色突出关键残留物

Single Component Example

多组分分析

• PDB ID：1bd2
• 组件：受体：A+B+C，配体：D+E
• 结果：用距离测量突出显示界面残留物

Multi Component Example

PD-L1粘合剂分析

• 组件：受体：A，配体：B
• 结果：蛋白质相互作用界面分析

PD-L1 Binder Example

📚 文档

• 安装指南
• 使用说明
• 故障排除

⚠️ 重要说明

• 关键残基最好不包含氨基酸字母（如T99）。虽然系统提供错误处理，但也有可能解析错误。
• 请记住在可视化工作流程的暂停点保存全局图像。
• 在开始可视化过程之前，确保PyMOL在远程模式下运行（-R标志）。

🔧 可用脚本

• server/804vis.py：中文版MCP服务器
• server/804vis_en.py：英文版MCP服务器

📄 许可证

此项目根据MIT许可证获得许可-请参阅 许可证 文件以获取详细信息。

🙏 致谢

• PyMOL分子可视化系统
• 模型上下文协议（MCP）框架
• 克劳德桌面集成平台
• ChatMol/分子mcp -PyMOL MCP桥的实现
• 特别感谢Kevin（GitHub：skblnw）在本项目开发过程中给予的宝贵支持和指导。

📞 支持

如果您遇到任何问题或有疑问，请：

1. 检查 故障排除指南
2. 在GitHub上打开一个问题
3. 请参阅 docs/ 目录

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