pubmed cinii MCP server

PubMed+CiNii MCP服务器

日本语 | 英语

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日本语

PubMed（英语文献）和CiNii Research（日语文献）两者都能检索的合并MCP (Model Context Protocol) 服务器。

机能一覧

PubMed 工具（英文文献）

工具｜说明｜ |--------|------| | search | PubMed搜索（MeSH支持，1-200件） | fetch 单一PMID的抽象检索 | fetch_batch 多个PMID的抽象批量获取 | get_full_text | PMCID的全文取得 | count ｜检索结果件数的取得｜ | find_similar_articles 类似论文的检索 | export_to_ris | RIS格式导出 | get_citation_counts | iCite API中被引用数取得｜ | download_pdfs | PDF下载

CiNii 工具（日文文献）

工具｜说明｜ |--------|------| | search_japanese | CiNii Research搜索（包括摘录）｜ | export_to_ris_japanese 日语论文RIS格式导出

API 获取密钥的方法

NCBI API密钥（PubMed用）

1. NCBI 帐户设置 访问
2. NCBI 登录帐户（如果没有）
3. 「API Key Management」在本节中，单击创建an API密钥
4. 复制生成的密钥 .env 设置为文件

※ API 没有键时为3req/s、如果有的话req/s 汇率限制

CiNii APP ID（日本語文献用）

1. CiNii API 使用登记页 访问
2. 「API使用注册“中新注册
3. 输入必要事项，记载使用目的并申请
4. 注册完成后，通过邮件发送应用程序ID 将显示

※以学术研究为目的的利用为前提

安装和启动

# リポジトリをクローン
git clone https://github.com/your-username/pubmed_cinii_mcp_server.git
cd pubmed_cinii_mcp_server

# 依存関係をインストール
pip install -r requirements.txt

# 環境変数を設定
cp .env.example .env
# .env ファイルを編集して API キーを設定

# サーバーを起動
python pubmed_mcp_server.py

Koyeb 部署到

1. GitHub 打开存储库Koyeb 连接
2. 设置以下环境变量：

- NCBI_API_KEY - NCBI_EMAIL - CINII_APP_ID - PORT=8000

1. 构建命令： pip install -r requirements.txt
2. 执行命令： python pubmed_mcp_server.py

OpenAI/Claude 中的设置

服务器 https://your-app.koyeb.app 中描述的场景，使用以下步骤创建明细表，以便在概念设计中分析体量的体积

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-cinii": {
      "url": "https://your-app.koyeb.app/sse"
    }
  }
}

使用例

# PubMed検索
「machine learning in medicine」で論文を検索して

# CiNii検索
「機械学習」に関する日本語論文を検索して

# 日本語論文のRISエクスポート
検索結果をRIS形式でエクスポートして

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英语

一个集成的MCP（模型上下文协议）服务器，可以搜索PubMed（英文文献）和CiNii Research（日文文献）。

特性

PubMed工具（英语文学）

瓷瓷工具（日本文学）

如何获取API密钥

NCBI API密钥（用于PubMed）

1. 访问 NCBI帐户设置
2. 使用您的NCBI帐户登录（必要时创建一个）
3. 单击API密钥管理部分中的“创建API密钥”
4. 将生成的密钥复制到您的 .env 文件

※速率限制：无API密钥时为3 req/s，有API密钥时为10 req/s

CiNii APP ID（日本文学）

1. 访问 CiNii API开发者注册
2. Click "API利用登録“（API Registration）
3. 填写所需信息并描述您的使用目的
4. 注册后，您将通过电子邮件收到您的APP ID

※使用仅限于学术研究目的

安装和运行

# Clone repository
git clone https://github.com/your-username/pubmed_cinii_mcp_server.git
cd pubmed_cinii_mcp_server

# Install dependencies
pip install -r requirements.txt

# Configure environment variables
cp .env.example .env
# Edit .env file with your API keys

# Start server
python pubmed_mcp_server.py

部署到Koyeb

1. 将您的GitHub存储库连接到Koyeb
2. 设置环境变量：

- NCBI_API_KEY - NCBI_EMAIL - CINII_APP_ID - PORT=8000

1. 构建命令： pip install -r requirements.txt
2. 运行命令： python pubmed_mcp_server.py

OpenAI/Claude的配置

如果您的服务器正在运行 https://your-app.koyeb.app:

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-cinii": {
      "url": "https://your-app.koyeb.app/sse"
    }
  }
}

使用示例

# PubMed search
Search for papers on "machine learning in medicine"

# CiNii search (Japanese)
Search for Japanese papers on "機械学習"

# Export to RIS
Export search results to RIS format

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许可证

麻省理工学院

鸣谢

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