plmc MCP

plmcp

基于Docker的PLMC进化耦合模型训练

用于进化耦合分析的MCP（模型上下文协议）服务器，具有2个核心工具：

• 将A3M格式的蛋白质序列比对转换为A2M格式
• 从序列比对中训练PLMC进化耦合模型

Docker快速入门

方法1：从GitHub中提取预构建映像

最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。

# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/plmc_mcp:latest

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add plmc -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/plmc_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。

要求：

• 码头工人
• 已安装克劳德代码

就是这样！PLMC MCP服务器现在可以在Claude Code中使用。

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方法2：在本地构建Docker镜像

自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。

# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/plmc_mcp.git
cd plmc_mcp

# Build the Docker image
docker build -t plmc_mcp:latest .

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add plmc -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` plmc_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。

要求：

• 码头工人
• 已安装克劳德代码
• Git（克隆存储库）

关于Docker标志：

• -i --Claude Code的交互模式
• --rm --退出后自动移除容器
• ` --user id -u:id -g ` --以当前用户身份运行容器，因此输出文件归您所有（不是root）
• -v --装载您的项目目录，以便容器可以访问您的数据

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验证安装

添加MCP服务器后，您可以验证它是否正常工作：

# List registered MCP servers
claude mcp list

# You should see 'plmc' in the output

在Claude Code中，您现在可以使用所有2个PLMC工具：

• plmc_convert_a3m_to_a2m
• plmc_generate_model

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后续步骤

• 详细文件：参见 detail.md 有关以下内容的全面指南：

- 可用的MCP工具和参数 - 本地Python环境设置（Docker的替代方案） - 示例工作流和用例 - 故障排除

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使用示例

注册后，您可以直接在Claude Code中使用PLMC工具。以下是一些常见的工作流程：

示例1：构建进化耦合模型

I have created an A3M file for subtilisin BPN' at /path/to/subtilisin.a3m. Can you help build an EV model using the plmc MCP and create it in /path/to/plmc/ directory? The wild-type sequence is at /path/to/wt.fasta.

示例2：将A3M转换为A2M格式

I have an A3M alignment file at /path/to/protein.a3m from MMseqs2. Can you convert it to A2M format and remove query gaps using plmc_convert_a3m_to_a2m, saving to /path/to/protein.a2m?

示例3：完整的EV模型工作流

I have an MSA in A3M format at /path/to/protein.a3m and wild-type sequence at /path/to/wt.fasta.
1. First convert the A3M to A2M format using plmc_convert_a3m_to_a2m
2. Then train a PLMC model using plmc_generate_model, saving parameters to /path/to/plmc/

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故障排除

找不到Docker？

docker --version  # Install Docker if missing

未找到克劳德代码？

# Install Claude Code
npm install -g @anthropic-ai/claude-code

模型训练失败？

• 确保A2M对齐文件的格式正确（无查询间隙）
• 验证野生型序列与比对焦点序列匹配
• 检查比对是否具有足够的序列多样性

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许可证

麻省理工学院——基于 PLMC 黛比·马克斯实验室。