Pbm Cpedia MCP

PBMCpedia MCP

此子存储库包含一个基于 打字MCP SDK，一个开源项目。 通过Anthropic。

它包含一个Typescript文件，表示相应Web服务器的MCP接口，以及 package.json 包含依赖关系。 依赖关系管理需要。

依赖项

可以通过运行以下命令为用户全局安装服务器的依赖项

npm install

在服务器目录中，或通过运行以下命令仅用于服务器目录

npm install -D

在同一个目录中。

跑步

然后，可以使用以下命令运行服务器

npm tsx server.ts

或

npm start

在服务器目录中。这将在中运行本地服务器 TSX，一个包装 它支持TypeScript。默认情况下，服务器绑定到默认端口，但可以通过设置 PORT 将环境变量转换为所需的端口号。通过传递以下命令，服务器也可以在stdIO模式下运行 --transport stdio.

添加MCP服务器

以下说明假设服务器应显示为“server_NAME”，在端口“port”（用于HTTP传输）上运行，克隆存储库的完整文件路径为“server_path”（用于stdIO传输）。将这些占位符替换为您的实际值（例如“PBMCpedia”和“3002”）。

如果您只希望服务器在客户端中始终可用，建议使用stdIO传输配置服务器。如果你想对正在运行的服务器进行更多的控制，HTTP传输是更好的选择。当您想使用服务器时，需要通过命令从外部启动服务器。

这种方法适用于提供JSON配置文件来配置MCP服务器的客户端，包括Gemini CLI（“settings.JSON”）和LM Studio（“MCP.JSON”）。 您应该能够通过以下方式添加此服务器

"SERVER_NAME": {
    "command": "npm",
    "args": ["start", "--", "--transport", "stdio"],
    "cwd": "SERVER_PATH"
}

（用于stdIO传输）或

    "SERVER_NAME": {
      "url": "http://localhost:PORT/mcp"
    }

（用于HTTP传输）到您的MCP服务器配置列表，该列表可能位于

{
   "mcpServers":  {
    HERE
  }
}

对于Claude Desktop和stdIO传输，上述stdIO传输说明也适用。为了访问JSON配置文件， 您可以按照以下说明进行操作： https://modelcontextprotocol.io/docs/develop/connect-local-servers

对于Claude Desktop和HTTP传输，您可以按照以下说明进行操作： https://modelcontextprotocol.io/docs/develop/connect-remote-servers 将名称设置为“SERVER_name”，连接器地址设置为“http://localhost:PORT/mcp"

对于Claude Code，运行以下命令

claude mcp add --transport stdio SERVER_NAME -- npm start -- --transport stdio

并编辑添加的服务器的JSON条目以包含 "cwd": "SERVER_PATH" （参见 本文档 供参考） （标准IO传输）

或者干脆跑

claude mcp add --transport http SERVER_NAME http://localhost:PORT/mcp

（HTTP传输）

备注

此服务器使用公共可用的API，不需要API密钥。Web服务器施加的标准速率限制将适用，如果调用过于频繁，可能会导致工具调用失败。

PBMCpedia信息：

• 网址：https://web.ccb.uni-saarland.de/pbmcpedia/
• 出版物DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1245