MMseqs2 MCP
通过Docker使用MMseqs2进行超快速蛋白质序列搜索和MSA生成
使用核心工具进行序列分析的MCP（模型上下文协议）服务器：
- 在大型数据库（UniRef100等）中搜索蛋白质序列
- 生成A3M格式的多序列比对（MSA）
- GPU加速搜索高吞吐量工作流
- 序列聚类和数据库管理
Docker快速入门
方法1：从GitHub中提取预构建映像
最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。
# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/mmseqs2_mcp:latest
# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add mmseqs2 -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/mmseqs2_mcp:latest注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。
要求：
- 码头工人
- 已安装克劳德代码
就是这样！MMseqs2 MCP服务器现在可以在Claude Code中使用。
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方法2：在本地构建Docker镜像
自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。
# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/mmseqs2_mcp.git
cd mmseqs2_mcp
# Build the Docker image
docker build -t mmseqs2_mcp:latest .
# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add mmseqs2 -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` mmseqs2_mcp:latest注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。
要求：
- 码头工人
- 已安装克劳德代码
- Git（克隆存储库）
关于Docker标志：
-i--Claude Code的交互模式--rm--退出后自动移除容器- `
--userid -u:id -g -v--装载您的项目目录，以便容器可以访问您的数据
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验证安装
添加MCP服务器后，您可以验证它是否正常工作：
# List registered MCP servers
claude mcp list
# You should see 'mmseqs2' in the output______________________________________________________________________
后续步骤
- 详细文件：参见 detail.md 有关以下内容的全面指南：
- 可用的MCP工具和参数 - 本地Python环境设置（Docker的替代方案） - 数据库设置（UniRef100等） - 示例工作流和用例 - 故障排除
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使用示例
注册后，您可以直接在Claude Code中使用MMseqs2工具。以下是一些常见的工作流程：
示例1：为蛋白质序列生成MSA
Can you create an MSA for the DHFR protein sequence using the mmseqs2 MCP? The sequence is: MISLIAALAVDRVIGMENAMPWNLPADLAWFKRNTLNKPVIMGRHTWESIGRPLPGRKNIILSSQPGTDDRVTWVKSVDEAIAACGDVPEIMVIGGGRVYEQFLPKAQKLYLTHIDAEVEGDTHFPDYEPDDWESVFSEFHDADAQNSHSYCFEILERR. Save the output A3M file to /path/to/output/DHFR.a3m.示例2：序列相似性搜索
I have a FASTA file at /path/to/query.fasta. Can you search it against the UniRef100 database using MMseqs2 and save the alignment results to /path/to/results/? Use sensitivity 7.5 for high-quality hits.示例3：批量MSA生成
I have multiple protein sequences in /path/to/sequences.fasta that I need MSAs for. Can you run MMseqs2 search for each sequence and generate A3M files in /path/to/msas/ directory?______________________________________________________________________
故障排除
找不到Docker？
docker --version # Install Docker if missing未找到克劳德代码？
# Install Claude Code
npm install -g @anthropic-ai/claude-code找不到数据库？
- 设置
MMSEQS2_DB_PATH指向数据库的环境变量 - 添加
-e MMSEQS2_DB_PATH=/path/to/db转到docker run命令
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许可证
GPL——基于 嗯2 Söding Lab。