MedixHub MCP

MedixHub模型上下文协议（MCP）服务器

模型上下文协议（MCP）服务器，可通过MedixHub访问集成医疗和保健API。

特性

• 纯JavaScript实现
• 使用标准化的MCP元数据公开功能
• 执行带有参数验证的函数
• 与Ollama等LLM无缝集成
• 通过身份验证确保API端点安全
• 支持流式响应

已实现的功能

服务器包括这些函数的JavaScript实现：

1. 执行OpenTargetQuery -针对OpenTarget API执行GraphQL查询
2. FDADrugLabelSearch -从FDA数据库检索药物信息
3. get_drug_generic_name -仿制药和品牌药品名称之间的映射
4. 君主搜索 -在Monarch数据库中搜索基因、疾病或表型
5. 多种表型的君主病 -发现与多种表型相匹配的疾病

OpenTarget函数

• 疾病信息查询
• 药物详细信息和关联
• 靶标（基因/蛋白质）信息
• 疾病靶点关联
• 药物与疾病的关系

FDA药品标签功能

• 药品信息检索
• 通用和品牌名称映射
• 不良反应查找
• 药物相互作用搜索

Monarch数据库函数

• 生物医学实体搜索
• 疾病表型关联
• 基因表型关系
• 多表型疾病发现者

入门指南

先决条件

• Node.js 14或更高版本
• npm或纱线

安装

1. 克隆存储库

git clone https://github.com/yourusername/medixhub-mcp-server.git
cd medixhub-mcp-server

1. 安装依赖项

npm install

1. 配置环境变量

cp .env.example .env
# Edit .env with your settings

1. 启动服务器

npm start

对于自动重新加载的开发：

npm run dev

用法

执行API

使用 /execute 运行任何已注册MedixHub功能的端点：

POST /execute
Content-Type: application/json

{
  "name": "queryFDADrugLabel",
  "parameters": {
    "searchFields": {
      "drug_name": ["openfda.brand_name", "openfda.generic_name"]
    },
    "returnFields": ["openfda.generic_name", "warnings"],
    "arguments": {
      "drug_name": "ibuprofen",
      "limit": 1
    }
  }
}

API直接MedixHub

使用 /medixhub API直接访问的端点：

• /medixhub/opentargets
• /medixhub/opentargets-genetics
• /medixhub/drug-by-name
• /medixhub/fda-drug-label
• /medixhub/drug-generic-name
• /medixhub/monarch
• /medixhub/diseases-for-phenotypes

函数元数据

获取有关可用功能的信息：

• /functions -所有可用功能
• /functions/medixhub -MedixHub特定功能
• /functions/category/:category -按类别划分的功能

API文档

API完整文档可在 /functions/medixhub

发展

项目结构

medixhub-mcp-server/
├── server.js                   # Main server file
├── src/
│   ├── medixhub/               # MedixHub integration
│   ├── middleware/             # Middleware
│   ├── routes/                 # Route handlers
│   └── services/               # Services
├── examples/                   # Usage examples
└── tests/                      # Test suite

添加新功能

要向注册表添加新功能，请执行以下操作：

const { registerFunction } = require('./src/services/functionRegistry');

registerFunction('myNewFunction', {
  name: 'myNewFunction',
  description: 'Description of what this function does',
  parameters: {
    // Parameter schema
  },
  function: async (params) => {
    // Implementation
    return result;
  }
});

运行测试

npm test

认证

服务器支持两种身份验证方法：

1. API密钥：简单的基于密钥的身份验证
2. JWT代币：更精细的访问控制

在生产模式下，除函数发现外，所有端点都需要身份验证。

环境变量

通过以下环境变量配置服务器：

• PORT：服务器端口（默认值：3000）
• NODE_ENV：环境（“开发”或“生产”）
• OLLAMA_API_URL：Ollama API的URL
• API_KEYS：以逗号分隔的有效API密钥列表
• FDA_API_KEY：FDA药物数据库的API密钥

看 .env.example 所有可用选项。

性能注意事项

• 服务器对所有API调用使用异步处理
• 启用速率限制以防止滥用
• 超时处理可防止挂起请求
• 通过高效处理流来优化内存使用

许可证

此项目根据MIT许可证获得许可-有关详细信息，请参阅许可证文件。