生物原料药MCP服务器

](https://pypi.org/project/medical-mcps/) ![Python 3.12+](https://www.python.org/downloads/) ![License: MIT](https://opensource.org/licenses/MIT) ![Release](https://github.com/pascalwhoop/medical-mcps/actions/workflows/release.yml)

MCP服务器，集成了多个生物和医学数据库用于研究目的。

快速开始

连接到生产服务器

使用此MCP服务器的最简单方法是连接到生产部署。所有API都是可通过a 统一端点 这使您可以在一个地方访问所有工具。

生产URL： https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/unified/mcp

在Cursor（或其他MCP客户端）中配置

将此添加到您的 .cursor/mcp.json （或等效的MCP客户端配置）：

{
    "mcpServers": {
        "medical-apis": {
            "url": "https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/unified/mcp"
        }
    }
}

所得

连接后，您将可以访问 100+工具 涵盖14种生物和医疗原料药：

路径：Reactome、KEGG、Pathway Commons
基因和蛋白质：UniProt、MyGene.info、节点规范化
目标与关联：OpenTargets平台
变体：MyVariant.info，GWAS目录
疾病：OMIM、MyDisease.info
药物：ChEMBL、MyChem.info、OpenFDA
文学：PubMed/PubTator3
试验：ClinicalTrials.gov，NCI临床试验
知识图谱：每个治愈矩阵知识图

示例：搜索基因

{
    "jsonrpc": "2.0",
    "method": "tools/call",
    "params": {
        "name": "mygene_get_gene",
        "arguments": {
            "gene_id_or_symbol": "TP53"
        }
    }
}

单个API终点

如果您更喜欢单独使用单个API，则每个API都有自己的端点：

/tools/reactome/mcp -仅限Reactome
/tools/pubmed/mcp -仅限PubMed
/tools/chembl/mcp -仅限中国
…（参见可用端点完整列表）

本地开发

要在本地运行自己的实例，您可以：

使用Docker Compose（建议用于快速设置）-请参阅

直接使用Python/uv运行-请参阅运行服务器在......下面

集成API

✅ 已实现的API

API反应器 -通路信息、基因/蛋白质查询、疾病关联
API KEGG公司 -通路图、基因注释、疾病和药物信息
UniProt API -蛋白质序列、功能注释、疾病关联
API公司 -遗传疾病信息，基因-疾病关联（需要API密钥）
GWAS目录API -遗传关联、变异信息、研究元数据
Pathway Commons API -综合通路数据、通路相互作用、基因/蛋白质网络
节点规范化API -CURIE规范化，跨数据库的标识符映射
中国API -药物-靶点相互作用、生物活性数据、作用机制、药物

适应症

ClinicalTrials.gov API -临床试验搜索、研究元数据、试验状态
PubMed/PubTator3 API -生物医学文献检索、文章检索、预印本检索
OpenFDA API -美国食品药品监督管理局不良事件报告、药品标签、器械事件、药品批准
OpenTargets平台API -目标/疾病搜索、关联、证据
MyVariant.info API -遗传变异注释、人群频率、临床

意义

BioThings套件API -MyGene.info（基因注释）、MyDisease.info（疾病信息），

MyChem.info（药物/化学数据）

NCI临床试验API -癌症临床试验搜索和元数据（需要API密钥）

![](./agent-usage.png)

安装

选项1：从PyPI安装

从PyPI安装软件包：

pip install medical-mcps

然后运行服务器：

medical-mcps

服务器将在以下时间可用http://localhost:8000.

选项2：使用Docker运行

拉取并运行预构建的Docker镜像：

# Pull latest image
docker pull pascalwhoop/medical-mcps:latest

# Run server
docker run -p 8000:8000 pascalwhoop/medical-mcps:latest

服务器将在以下时间可用http://localhost:8000.

对于特定版本：

docker pull pascalwhoop/medical-mcps:v0.1.0

选项3:Docker Compose（推荐用于开发）

运行MCP后端的最简单方法：

# Start all services with auto-rebuild
make docker-watch

# Or start in background
make docker-up

# View logs
make docker-logs

# Stop services
make docker-down

服务将在以下地点提供：

MCP后端: http://localhost:8000

选项4：本地Python安装

# Install dependencies using uv
cd /path/to/medical-mcps
uv sync

运行服务器

服务器使用 可流式传输的HTTP 运输（按 MCP规范) 用于通过HTTP进行远程托管。

运行后 uv sync，您可以运行服务器：

使用Makefile（推荐用于开发）

# Start server with uvicorn and livereload (auto-reload on code changes)
make server

直接使用uv

# Run HTTP server
uv run mcp-server

# Or with custom host/port
MCP_HOST=0.0.0.0 MCP_PORT=8000 uv run mcp-server

直接使用uvicorn

# Run with uvicorn and livereload
uv run uvicorn medical_mcps.http_server:app --reload --host 0.0.0.0 --port 8000

HTTP服务器将在 http://localhost:8000 （或您配置的主机/端口）。

服务器使用MCP SDK的Streamable HTTP传输，该传输作为ASGI应用程序安装在FastAPI上。MCP 端点位于 /mcp 并且支持POST（用于发送JSON-RPC消息）和GET（用于可选的SSE流）。

连接到生产

MCP服务器已部署并可在以下位置使用：

生产基地URL: https://mcp.cloud.curiloo.com

统一端点（推荐）

使用统一的端点在一个地方访问所有API：

{
    "url": "https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/unified/mcp"
}

这使您可以通过一个连接从所有API访问所有100多个工具。

单个API终点

如果您更喜欢单独使用单个API，则每个API都有自己的端点：

生产：

{
    "url": "https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/reactome/mcp"
}

地方发展：

{
    "url": "http://localhost:8000/tools/reactome/mcp"
}

可用端点

所有端点在生产和本地URL上都可用：

/tools/unified/mcp -统一服务器（所有API结合在一起）
/tools/reactome/mcp -API反应器
/tools/kegg/mcp -API KEGG公司
/tools/uniprot/mcp -UniProt API
/tools/omim/mcp -OMIM API（需要API密钥）
/tools/gwas/mcp -GWAS目录API
/tools/pathwaycommons/mcp -Pathway Commons API
/tools/nodenorm/mcp -节点规范化API
/tools/chembl/mcp -中国API
/tools/opentargets/mcp -OpenTargets平台API
/tools/ctg/mcp -ClinicalTrials.gov API
/tools/pubmed/mcp -PubMed/PubTator3 API
/tools/openfda/mcp -OpenFDA API
/tools/myvariant/mcp -MyVariant.info API
/tools/biothings/mcp -BioThings套件API（MyGene、MyDisease、MyChem）
/tools/nci/mcp -NCI临床试验API（需要API密钥）
/tools/everycure-kg/mcp -每个治愈矩阵知识图API

示例：在Cursor中配置多个API

选项1：使用统一端点（推荐）

通过一个连接访问所有API：

{
    "mcpServers": {
        "medical-apis": {
            "url": "https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/unified/mcp"
        }
    }
}

选项2：使用单个端点

如果您喜欢为每个API单独连接：

{
    "mcpServers": {
        "reactome": {
            "url": "https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/reactome/mcp"
        },
        "chembl": {
            "url": "https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/chembl/mcp"
        },
        "pubmed": {
            "url": "https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/pubmed/mcp"
        }
    }
}

测试连接

您可以通过发出一个简单的HTTP请求来测试生产服务器是否可访问：

# Test unified endpoint (recommended)
curl https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/unified/mcp \
  -X POST \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"jsonrpc": "2.0", "method": "initialize", "params": {}, "id": 1}'

# Or test individual API endpoint
curl https://mcp.cloud.curiloo.com/tools/reactome/mcp \
  -X POST \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"jsonrpc": "2.0", "method": "initialize", "params": {}, "id": 1}'

成功响应表示服务器正在运行且可访问。

HTTP缓存

所有API客户端都使用 hishel （符合RFC 9111的HTTP缓存）透明地缓存响应磁盘。这减少了冗余的API调用并提高了性能。

缓存配置

缓存位置: ~/.cache/medical-mcps/api_cache/
缓存持续时间：30天（默认TTL）
缓存刷新：访问缓存条目时重置TTL(refresh_ttl_on_access=True)
Per-API缓存文件：每个API都有自己的SQLite缓存文件（例如。， reactome.db, kegg.db)

缓存行为

自动：默认情况下，所有基于HTTP的API都启用缓存
透明：响应将根据URL、参数和标头自动缓存
符合RFC 9111：尊重HTTP缓存语义和缓存控制标头
缓存可见性：提供缓存响应时，日志显示“（来自缓存）”

禁用缓存

要禁用特定客户端的缓存，请传递 enable_cache=False 初始化时：

client = ReactomeClient(enable_cache=False)

清除缓存

要清除缓存，请删除缓存目录：

rm -rf ~/.cache/medical-mcps/api_cache/

或者删除单个API缓存文件：

rm ~/.cache/medical-mcps/api_cache/reactome.db

支持的API

所有基于HTTP的API都支持缓存：

Reactome（httpx）
KEGG（httpx）
UniProt（httpx）
OMIM（httpx）
GWAS目录（httpx）
路径共享（httpx）
ClinicalTrials.gov（请求）
PubMed（httpx）
OpenFDA（httpx）
MyVariant.info（httpx）
BioThings套件（httpx）
NCI临床试验（httpx）

备注：ChEMBL使用库客户端（不是HTTP），因此缓存是在库级别处理的。

哨兵监控

服务器包括可选哨兵用于错误跟踪和性能监控。Sentry自动检测MCP工具执行、提示请求和资源访问。

设置

从获取您的哨兵DSN sentry.io
设置 SENTRY_DSN 环境变量：

export SENTRY_DSN="https://your-dsn@sentry.io/project-id"

配置

哨兵可以通过环境变量进行配置：

SENTRY_DSN -您的哨兵DSN（启用哨兵所需）
SENTRY_TRACES_SAMPLE_RATE -性能跟踪的采样率（默认值： 1.0 = 100%)
SENTRY_SEND_DEFAULT_PII -在Sentry中包含工具输入/输出（默认值： true)
SENTRY_ENABLE_LOGS -启用向Sentry发送日志（默认值： true)
SENTRY_PROFILE_SESSION_SAMPLE_RATE -分析会话的采样率（默认值： 1.0 =

100%)

SENTRY_PROFILE_LIFECYCLE -探查器生命周期模式（默认值： trace -自动运行时

交易活跃）

ENVIRONMENT -环境名称（默认值： local)

性能监控：

追踪：默认情况下捕获100%的交易(traces_sample_rate=1.0)
分析：默认情况下配置100%的会话(profile_session_sample_rate=1.0)
日志：默认启用(enable_logs=True)

什么被跟踪

哨兵自动收集：

MCP集成：

工具执行：工具名称、参数、结果和执行错误
快速请求：提示名称、参数和内容
资源访问：资源URI和访问模式
请求上下文：请求ID、会话ID和传输类型
执行跨度：所有处理程序调用的定时信息

Starlette集成：

HTTP请求：方法、URL、标头、表单数据、JSON有效载荷
错误：所有导致内部服务器错误的异常（5xx状态代码）
演出：请求时间和交易数据
请求数据：附于所有事件（不包括PII，除非 send_default_pii=True)

HTTPX集成：

发送HTTP请求：API客户端（Reactome、KEGG、UniProt、，

等等）

请求跨度：为每个传出的HTTP请求创建跨度
跟踪传播：确保跟踪正确传播到下游服务

异步集成：

异步操作：跟踪异步上下文和操作
异步错误：捕获异步函数和任务中的错误

隐私

默认情况下，Sentry会这样做不包括工具输入/输出或提示内容（被视为PII）。至包含此数据，设置 SENTRY_SEND_DEFAULT_PII=true.

请参阅哨兵MCP集成文档了解更多详情。

API密钥处理

重要提示： MCP服务器是 无状态代理.它不存储API密钥。

需要客户端提供API密钥的API

对于需要身份验证的API（目前 在线人类孟德尔遗传)，MCP客户端必须提供API密钥作为每次工具调用的参数：

{
    "jsonrpc": "2.0",
    "method": "tools/call",
    "params": {
        "name": "get_entry",
        "arguments": {
            "mim_number": "104300",
            "api_key": "your-omim-api-key-here"
        }
    }
}

需要API密钥的API：

在线人类孟德尔遗传 -所有工具都需要 api_key 参数（从https://omim.org/api)
NCI临床试验 -可选 api_key 参数（从

https://clinicaltrialsapi.cancer.gov/)

OpenFDA -可选 api_key 更高速率限制的参数（从获取

https://open.fda.gov/apis/)

不需要API密钥的API：

Reactome、KEGG、UniProt、GWAS目录、通路共用、节点规范化、ChEMBL、，

ClinicalTrials.gov、PubMed、MyVariant.info、BioThings Suite（MyGene、MyDisease、MyChem）

未来API的模式

如果新的API需要身份验证，请遵循以下模式：

添加 api_key: str 作为 必需参数 所有工具
在进行API调用之前验证API密钥是否存在
如果密钥丢失，则返回明确的错误消息：

"Error: API key is required. Get your API key from "

使用提供的密钥为每个请求创建客户端实例： client = APIClient(api_key=api_key)
不要将API密钥存储在服务器设置或环境变量中

例子：

@api_mcp.tool()
async def some_tool(param: str, api_key: str) -> str:
    """Tool description.

    Args:
        param: Required parameter
        api_key: API key (REQUIRED - get from https://api-provider.com)
    """
    if not api_key:
        return "Error: API key is required. Get your API key from https://api-provider.com"

    try:
        client = APIClient(api_key=api_key)
        return await client.some_method(param)
    except Exception as e:
        return f"Error calling API: {str(e)}"

可用工具

所有工具都以API名称为前缀（例如。， reactome_*)明确API是使用。

Reactome工具

reactome_get_pathway -获取详细的路径信息
reactome_query_pathways -按关键字或基因/蛋白质名称查询通路
reactome_get_pathway_participants -让所有参与者参与一个路径
reactome_get_disease_pathways -获取与疾病相关的途径

KEGG工具

kegg_get_pathway_info -通过路径ID获取路径信息
kegg_list_pathways -列出途径（可选按生物体过滤）
kegg_find_pathways -查找与查询关键字匹配的路径
kegg_get_gene -通过基因ID获取基因信息
kegg_find_genes -查找与查询关键字匹配的基因
kegg_get_disease -按疾病ID获取疾病信息
kegg_find_diseases -查找与查询关键字匹配的疾病
kegg_link_pathway_genes -获得与通路相关的基因

UniProt工具

uniprot_get_protein -通过登录获取蛋白质信息
uniprot_search_proteins -在UniProtKB中搜索蛋白质
uniprot_get_protein_sequence -获取FASTA格式的蛋白质序列
uniprot_get_disease_associations -获取蛋白质的疾病关联
uniprot_map_ids -在数据库之间映射标识符

OMIM工具

omim_get_entry -通过MIM编号获取入场信息
omim_search_entries -在OMIM中搜索条目
omim_get_gene -通过基因符号获取基因信息
omim_search_genes -在OMIM中搜索基因
omim_get_phenotype -通过MIM编号获取表型信息
omim_search_phenotypes -OMIM中的搜索表型

注：所有OMIM工具都需要 api_key 参数。从获取API密钥https://omim.org/api

GWAS目录工具

gwas_get_association -通过关联ID获取关联信息
gwas_search_associations -搜索与各种过滤器的关联
gwas_get_variant -通过rsId获取SNP信息
gwas_search_variants -按rsId搜索SNP/变体
gwas_get_study -通过研究ID获取研究信息
gwas_search_studies -使用各种过滤器搜索研究
gwas_get_trait -通过性状ID获取性状信息
gwas_search_traits -搜索特征

Pathway共享工具

pathwaycommons_search -寻找途径、蛋白质或其他生物实体
pathwaycommons_get_pathway_by_uri -通过URI获取路径信息
pathwaycommons_top_pathways -获取顶级途径（可选择按基因或

数据源）

pathwaycommons_graph -获取路径图/网络（邻域、路径等）
pathwaycommons_traverse -使用图形路径表达式遍历路径数据

节点规范化工具

nodenorm_get_semantic_types -获取所有支持的BioLink语义类型
nodenorm_get_curie_prefixes -获取所有支持的CURIE前缀
nodenorm_get_normalized_nodes -规范化一个或多个CURIE以获得等效标识符
nodenorm_get_allowed_conflations -获取可用的合并类型

ChEMBL工具

chembl_get_molecule -通过ChEMBL ID获取分子（药物/化合物）信息
chembl_search_molecules -按名称或同义词搜索分子
chembl_get_target -通过ChEMBL ID获取目标（蛋白质）信息
chembl_search_targets -按名称或同义词搜索目标
chembl_get_activities -获取生物活性数据（按目标或分子过滤）
chembl_get_mechanism -获取分子的作用机制
chembl_find_drugs_by_target -查找针对特定蛋白质的所有药物
chembl_find_drugs_by_indication -查找针对某一疾病/适应症的所有药物
chembl_get_drug_indications -获取特定药物的所有适应症

OpenTargets工具

opentargets_search -在OpenTargets平台上搜索目标、疾病和药物
opentargets_get_associations -检索目标疾病关联
opentargets_get_evidence -获取将目标与疾病联系起来的证据

此服务器遵循相同的FastMCP+ med_mcp_server 在整个代码库中使用的模式，而不是复制外部实现，其客户端调用官方的OpenTargets平台v4 GraphQL API 使用适当的GraphQL查询进行搜索、关联和证据检索。

ClinicalTrials.gov工具

ctg_search_studies -使用各种过滤器搜索临床试验
ctg_get_study -通过NCT ID获取单项研究
ctg_search_by_condition -按病情/疾病搜索试验
ctg_search_by_intervention -按干预/治疗搜索试验
ctg_get_study_metadata -获取数据模型元数据（可用字段）

PubMed/PubTator3工具

pubmed_search_articles -从PubMed/PubTator3中搜索生物医学文章，

化学品、关键字或变体

pubmed_get_article -通过PMID或DOI获取详细的文章信息（支持全文

检索）

pubmed_search_preprints -通过欧洲PMC搜索bioRxiv/medRxiv的预印本文章

OpenFDA工具

openfda_search_adverse_events -按药物、反应或

严重性

openfda_get_adverse_event -通过安全报告ID获取详细的不良事件报告
openfda_search_drug_labels -按药物名称、适应症或

章节

openfda_get_drug_label -通过设置ID获取完整的药品标签（可选部分过滤）
openfda_search_device_events -按设备搜索FDA设备不良事件报告（MAUDE），

制造商或问题

注： OpenFDA工具支持可选 api_key 用于更高速率限制的参数。获取API 密钥来自https://open.fda.gov/apis/

MyVariant.info工具

myvariant_search_variants -按基因、HGVS符号、rsID、临床搜索遗传变异

显著性、频率或CADD评分

myvariant_get_variant -通过变体ID（HGVS、rsID或

我的变量ID）

BioThings套件工具

mygene_get_gene -通过ID或符号从MyGene.info获取基因信息
mydisease_get_disease -通过ID或姓名从MyDisease.info获取疾病信息
mychem_get_drug -通过ID或姓名从MyChem.info获取药物/化学信息

NCI临床试验工具

nci_search_trials -检索NCI临床试验癌症研究的条件，干预，

阶段或状态

nci_get_trial -通过试验ID获取NCI试验详细信息

注： NCI工具支持可选 api_key 参数。从获取API密钥 https://clinicaltrialsapi.cancer.gov/

发展

服务器的结构如下：

medical_mcps/
├── __init__.py
├── http_server.py         # HTTP MCP server (Starlette)
├── med_mcp_server.py      # Unified MCP server and tool decorator
├── settings.py            # Server configuration
├── sentry_config.py       # Sentry error tracking configuration
├── api_clients/           # API client implementations
│   ├── __init__.py
│   ├── base_client.py
│   ├── reactome_client.py
│   ├── kegg_client.py
│   ├── uniprot_client.py
│   ├── omim_client.py
│   ├── gwas_client.py
│   ├── pathwaycommons_client.py
│   ├── nodenorm_client.py
│   ├── chembl_client.py
│   ├── ctg_client.py
│   ├── pubmed_client.py
│   ├── openfda_client.py
│   ├── opentargets_client.py
│   ├── myvariant_client.py
│   ├── mygene_client.py
│   ├── mydisease_client.py
│   ├── mychem_client.py
│   └── nci_client.py
└── servers/               # Individual MCP servers per API
    ├── __init__.py
    ├── reactome_server.py
    ├── kegg_server.py
    ├── uniprot_server.py
    ├── omim_server.py
    ├── gwas_server.py
    ├── pathwaycommons_server.py
    ├── nodenorm_server.py
    ├── chembl_server.py
    ├── opentargets_server.py
    ├── ctg_server.py
    ├── pubmed_server.py
    ├── openfda_server.py
    ├── myvariant_server.py
    ├── biothings_server.py
    └── nci_server.py

添加新的API：

在中创建新客户端 api_clients/ （例如。， newapi_client.py)
在中创建新服务器 servers/ （例如。， newapi_server.py)
使用 @medmcps_tool 装饰师来自 med_mcp_server 将工具同时注册到

独立服务器和统一服务器

在中注册服务器 http_server.py （导入、装载和寿命）
遵循命名约定： {api_name}_{tool_name} 用于工具

例子：

from ..med_mcp_server import unified_mcp, tool as medmcps_tool

@medmcps_tool(name="newapi_tool_name", servers=[newapi_mcp, unified_mcp])
async def tool_function(...):
    ...

测试

通过连接MCP客户端并调用工具来测试服务器。每个工具响应包括输出中的API源。

Medical Mcps

快速接入

详细介绍

生物原料药MCP服务器

快速开始

连接到生产服务器

在Cursor（或其他MCP客户端）中配置

所得

示例：搜索基因

单个API终点

本地开发

集成API

✅ 已实现的API

安装

选项1：从PyPI安装

选项2：使用Docker运行

选项3:Docker Compose（推荐用于开发）

选项4：本地Python安装

运行服务器

使用Makefile（推荐用于开发）

直接使用uv

直接使用uvicorn

连接到生产

统一端点（推荐）

单个API终点

可用端点

示例：在Cursor中配置多个API

测试连接

HTTP缓存

缓存配置

缓存行为

禁用缓存

清除缓存

支持的API

哨兵监控

设置

配置

什么被跟踪

隐私

API密钥处理

需要客户端提供API密钥的API

未来API的模式

可用工具

Reactome工具

KEGG工具

UniProt工具

OMIM工具

GWAS目录工具

Pathway共享工具

节点规范化工具

ChEMBL工具

OpenTargets工具

ClinicalTrials.gov工具

PubMed/PubTator3工具

OpenFDA工具

MyVariant.info工具

BioThings套件工具

NCI临床试验工具

发展

测试

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