医疗-MCP工具包

已准备好投入生产 MCP风格 提供临床工具的服务器 IBM Watsonx Orchestrate 代理。

它是什么： 一个干净的MCP服务器，提供暴露（或“对外开放”）服务 12种医疗工具 通过两者： - 一 HTTP API (FastAPI) 用于快速测试和服务集成。 - MCP运输 (SSE/STDIO) 用于大型语言模型（LLM）多智能体协同调度。

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✨ 特点

12个工具耐心（此处可能指对患者要有耐心，但直译为“耐心”在语境中略显生硬，实际应用中可根据上下文调整）、生命体征、病历资料、临床计算器、药物信息/药物相互作用/禁忌症/替代药物、症状分诊、知识库搜索、预约管理、患者360度视图。
FastAPI HTTP 端点: /health， /schema， /tools， /invoke。
承载令牌认证 （设置 BEARER_TOKEN)。
由UV管理 Python环境（uv sync， .venv）。
集装箱化 (Dockerfile)。将结构化日志输出到标准输出。
邮递员 一键测试集合。
美人鱼建筑风格 （保持与以下提供内容完全一致）。

PostgreSQL 后端 具有与JSON Schema对齐的生产就绪模式，并附带预填充的演示数据， Dockerfile.db，和 Makefile 数据库助手（db-up， db-down， db-logs， db-reset）。

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🧠 系统上下文

graph TD
    %% === STYLES ===
    classDef agent fill:#eefaf0,stroke:#1a7f37,stroke-width:2px
    classDef tool fill:#f3e8fd,stroke:#8e44ad,stroke-width:1px
    classDef external fill:#f8f9fa,stroke:#666,stroke-width:1px,stroke-dasharray: 5 5

    %% === ORCHESTRATION AGENTS ===
    subgraph WXO[IBM watsonx Orchestrate]
        direction TB
        Coordinator[Medical Coordinator Agent]:::agent
        Triage[Emergency Triage Agent]:::agent
        GenMed[General Medicine Agent]:::agent

        subgraph Specialists
            direction LR
            Cardiology[Cardiology]:::agent
            Pediatrics[Pediatrics]:::agent
            Oncology[Oncology]:::agent
            Endocrinology[Endocrinology]:::agent
        end

        %% Agent Handoffs
        Coordinator -->|delegates| Triage
        Coordinator -->|routes| GenMed
        GenMed -->|refers| Specialists
    end

    %% === BACKEND SERVICES & TOOLS ===
    subgraph BackendServices [Backend Services]
        direction TB
        subgraph MCPToolkit[Medical MCP Toolkit]
            direction TB
            T1[getPatient]:::tool
            T2[getPatientVitals]:::tool
            T3[getPatientMedicalProfile]:::tool
            T4[calcClinicalScores]:::tool
            T5[getDrugInfo]:::tool
            T6[triageSymptoms]:::tool
            T7[searchMedicalKB]:::tool
            T8[scheduleAppointment]:::tool
        end

        subgraph ExternalRuntimes [External Runtimes]
            MCPServer[Medical MCP Server
FastMCP/SSE]:::external
            WatsonxAI[watsonx.ai Foundation Models]:::external
        end
        
        MCPToolkit -.->|runtime API calls| MCPServer
        MCPServer -.->|LLM calls| WatsonxAI
    end

    %% === CONNECTIONS ===
    WXO -->|All agents use| MCPToolkit

伴侣多智能体仓库（Orchestrate） 这个仓库：

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🚀 快速入门（uv）

# 1) Clone and enter the repo
git clone https://github.com/ruslanmv/medical-mcp-toolkit
cd medical-mcp-toolkit

# 2) Create your environment file
cp .env.example .env
# Edit .env and set BEARER_TOKEN, and (optionally) DATABASE_URL

# 3) (Optional) Start Postgres DB with schema + seed data
make db-up
# Verify: make db-logs   or   docker ps

# 4) Create venv and install deps (uv-managed)
make install   # or: make uv-install

# 5) Run the HTTP server (FastAPI on port 9090)
make run-api   # (equivalent to: uv run uvicorn server:app --host 0.0.0.0 --port 9090)

典型的启动日志（示例）：

2025-10-15 12:16:46,272 INFO [mcp_server] [registry] 12 tools registered: calcClinicalScores, getDrugAlternatives, getDrugContraindications, getDrugInfo, getDrugInteractions, getPatient, getPatient360, getPatientMedicalProfile, getPatientVitals, scheduleAppointment, searchMedicalKB, triageSymptoms
INFO:     Started server process [23217]
INFO:     Waiting for application startup.
INFO:     Application startup complete.
INFO:     Uvicorn running on http://0.0.0.0:9090 (Press CTRL+C to quit)

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✅ 吸烟测试（bash）

健康是 纯文本 (ok)，所以使用 jq -R .：

curl -sS http://localhost:9090/health | jq -R .
# "ok"

调用一个工具：

curl -sS -X POST "http://localhost:9090/invoke" \
  -H 'Authorization: Bearer dev-token' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{
    "tool": "triageSymptoms",
    "args": {
      "age": 45,
      "sex": "male",
      "symptoms": ["chest pain","sweating"],
      "duration_text": "2 hours"
    }
  }' | jq

示例结果：

{
  "ok": true,
  "tool": "triageSymptoms",
  "result": {
    "acuity": "urgent",
    "advice": "call emergency services",
    "rulesMatched": ["chest pain", "diaphoresis"],
    "nextSteps": ["ECG", "troponin", "aspirin if not contraindicated"]
  }
}

如果你看到 jq 解析错误，你可能是在传递非JSON数据。 /health 是文本/纯文本类型； /invoke 是JSON。添加 -i 到 curl 查看HTTP状态码/头部信息。

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🔌 HTTP API

GET /health → 好的 (纯文本)

- JSON视图技巧： curl -sS /health | jq -R -r . → ok

GET /schema (auth) → 组件 JSON 架构（来自 schemas/components.schema.json）

GET /tools (auth) → {"tools": ["..."]}

POST /invoke (认证) → {"ok": true, "tool": "", "result": ...}

认证： 设置 BEARER_TOKEN 在服务器环境中。如果未设置，则禁用认证（开发模式）。发送： Authorization: Bearer for /schema， /tools， /invoke.

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🧰 可用工具（12个）

患者： getPatient， getPatientVitals， getPatientMedicalProfile
计算器： calcClinicalScores (体重指数，体表面积，肌酐清除率，估算肾小球滤过率)
药物： getDrugInfo， getDrugInteractions， getDrugContraindications， getDrugAlternatives
分类与知识库（Triage & KB） triageSymptoms， searchMedicalKB
调度与P360： scheduleAppointment， getPatient360

使用 GET /tools 列出名字，并且 GET /schema 用于类型化输入/输出。

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🧪 更多示例

列出工具：

curl -sS "http://localhost:9090/tools" \
  -H 'Authorization: Bearer dev-token' | jq

获取模式：

curl -sS "http://localhost:9090/schema" \
  -H 'Authorization: Bearer dev-token' | jq

药品信息：

curl -sS -X POST "http://localhost:9090/invoke" \
  -H 'Authorization: Bearer dev-token' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"tool":"getDrugInfo","args":{"drug":"lisinopril"}}' | jq

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🧵 MCP 传输（SSE / STDIO）

对于LLM（大型语言模型）代理，相同的工具也通过MCP（可能是指某种中间件或控制平台）暴露出来。

SSE传输（端口9090）：

uv run python -c "import asyncio; \
from medical_mcp_toolkit.mcp_server import run_mcp_async; \
asyncio.run(run_mcp_async('sse', host='0.0.0.0', port=9090))"

STDIO传输：

uv run python -c "import asyncio; \
from medical_mcp_toolkit.mcp_server import run_mcp_async; \
asyncio.run(run_mcp_async('stdio'))"

注：该 HTTP API 由……提供服务/由……负责 uvicorn server:app. 那个 SSE/STDIO MCP 运行器是独立的（与……分开的） mcp_server.py）。选择您需要的模式。

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🗄️ 数据库（基于Docker的PostgreSQL）

你将获得：

Dockerfile.db — 生产级Postgres镜像构建器。
db/10_init.sql — 完整架构（患者信息、生命体征、病情、过敏史、药物；药品、相互作用；预约；审核）。
db/20_seed.sql — 演示数据（患者 demo-001， demo-002以及基本药物KB。
Makefile 辅助工具： db-up， db-down， db-logs， db-reset。

启动数据库：

make db-up
# or direct script:
scripts/create_db.sh

管理数据库：

make db-logs    # tail logs
make db-down    # stop & remove container
make db-reset   # recreate fresh DB (drops data)

默认DSN（匹配 .env.example):

postgresql://mcp_user:mcp_password@localhost:5432/medical_db

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🔧 脚本

scripts/mcp_curl_demo.sh — 跨平台演示版用于两者 HTTP 和 SSE JSON-RPC。

示例：

# HTTP mode (health, tools, invoke)
MODE=http TOKEN=dev-token ./scripts/mcp_curl_demo.sh

# SSE JSON-RPC mode (initialize, tools/list, tools/call triage)
MODE=sse TOKEN=dev-token CALL_TOOL=triageSymptoms ./scripts/mcp_curl_demo.sh

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🛠️ 开发

环境（由uv管理）：

make install       # or: make uv-install
make fmt           # ruff format + black
make lint          # ruff check
make test          # pytest

运行HTTP API（开发版）：

export BEARER_TOKEN=dev-token
make run-api
# (equivalent to: uv run uvicorn server:app --host 0.0.0.0 --port 9090)

运行MCP SSE（开发版）：

uv run python -c "import asyncio; from medical_mcp_toolkit.mcp_server import run_mcp_async; asyncio.run(run_mcp_async('sse', host='0.0.0.0', port=9090))"

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🐳 Docker（注：Docker是一个用于开发、交付和运行应用程序的开源平台）

构建并运行：

make docker-build
BEARER_TOKEN=prod-secret make docker-run
# Server will listen on container port 9090 and be mapped to localhost:9090

日志与停止：

make docker-logs
make docker-stop

直接构建数据库镜像（可选）：

docker build -t medical-db -f Dockerfile.db .
docker run -d --name medical-db-container \
  -e POSTGRES_USER=mcp_user \
  -e POSTGRES_PASSWORD=mcp_password \
  -e POSTGRES_DB=medical_db \
  -p 5432:5432 \
  medical-db

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⚙️ 配置（环境）

BEARER_TOKEN — 在非开发环境中进行身份验证所需。

DATABASE_URL — PostgreSQL 数据源名称 (DSN)（可选；如果未设置，演示将使用内存中的数据）。

- 默认（参见 .env.example): postgresql://mcp_user:mcp_password@localhost:5432/medical_db

MCP_LOG_LEVEL — MCP部件的日志级别（INFO， DEBUG，……）。

UVICORN_LOG_LEVEL — Uvicorn 的日志级别（info， debug，……）。

（适配器，在你连接实际系统时）

- DRUG_API_BASE， DRUG_API_KEY - KB_BASE - SCHED_BASE

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📬 信使

进口 postman/medical-mcp-toolkit.postman_collection.json。设置变量：

baseUrl → http://localhost:9090
token → 您的承载令牌（例如。， dev-token)

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🧩 你可以用这个仓库做什么

即插即用的医疗工具 对于多智能体系统（如watsonx Orchestrate等）。
通过HTTP调用工具 用于快速原型制作、仪表板开发或RPA粘合工具。
运行MCP传输 因此，大型语言模型（LLM）代理可以原生地调用相同的函数。
交换演示适配器 在实际的电子健康记录（EHR）/药品数据库（Drug-DB）/知识库（KB）/调度系统中使用，同时保持类型化的合同（Pydantic模型 + JSON Schema）。
“Ship to prod”可以翻译为“发运至生产环境”或“部署到生产环境”，具体取决于上下文，但通常指的是将软件、系统或产品从开发或测试环境转移到实际生产或运行环境中采用Docker并具有轻量级的运行开销。

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🧯 故障排除

jq: parse error ... on /health那条路线返回 纯文本（text/plain）用途：

  curl -sS http://localhost:9090/health | jq -R -r .

401 Unauthorized 在 /invoke使用以下命令启动服务器： BEARER_TOKEN 并且将同样的（信息/内容）传递进去 Authorization: Bearer ...。

你开始了 SSE MCP 运行器 但它们正在调用HTTP端点：SSE模式不适用 /invoke使用 uvicorn server:app 用于HTTP API。

检查端口绑定：

  ss -ltnp | grep 9090   # or: sudo lsof -i :9090

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📜 许可证

Apache 2.0 —— 请参阅 LICENSE。

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🤝 致谢

以❤️倾心打造，满足生产级别的临床AI原型开发需求。针对……优化 IBM Watsonx Orchestrate 多智能体系统和兼容的大型语言模型（LLM）运行时环境。

Medical MCP Toolkit

快速接入

详细介绍

医疗-MCP工具包

✨ 特点

🧠 系统上下文

🚀 快速入门（uv）

✅ 吸烟测试（bash）

🔌 HTTP API

🧰 可用工具（12个）

🧪 更多示例

🧵 MCP 传输（SSE / STDIO）

🗄️ 数据库（基于Docker的PostgreSQL）

🔧 脚本

🛠️ 开发

🐳 Docker（注：Docker是一个用于开发、交付和运行应用程序的开源平台）

⚙️ 配置（环境）

📬 信使

🧩 你可以用这个仓库做什么

🧯 故障排除

📜 许可证

🤝 致谢

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