pgx-mcp
   
一个开源的MCP服务器，使克劳德能够实时访问药物基因组学数据库，将遗传变异查找和药物相互作用检查从45分钟的手动工作流程转变为一次对话。
特性
- 克林瓦尔：变异的临床意义和致病性
- PharmGKB：药物基因相互作用、临床注释、CPIC/DPWG剂量指南
- gnomAD：不同祖先的人群等位基因频率
- 开放目标：药物靶向疾病关联、药物基因组学证据
- ClinicalTrials.gov：临床试验检索（美国和国际）
安装
pip install pgx-mcp或者使用uvx：
uvx pgx-mcpClaude桌面配置
添加到您的Claude桌面配置(~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json):
{
"mcpServers": {
"pgx-mcp": {
"command": "uvx",
"args": ["pgx-mcp"]
}
}
}对于当地发展：
{
"mcpServers": {
"pgx-mcp": {
"command": "uv",
"args": ["--directory", "/path/to/mcp-pharmacogenomics", "run", "pgx-mcp"]
}
}
}可用工具
| 工具 | 来源 | 描述 |
|---|---|---|
lookup_variant_clinvar | ClinVar | 变异临床意义 |
search_gene_variants_clinvar | ClinVar | 列出基因中的变异 |
get_drug_gene_interactions | PharmGKB | 药物基因对的临床注释 |
get_drug_info | PharmGKB | 药物详细信息和交叉引用 |
get_dosing_guideline | PharmaGKB | CPIC/DPWG剂量建议 |
search_drug_targets | 开放靶点 | 药物机制、适应症、PGx证据 |
get_variant_frequency | gnomAD | 群体等位基因频率 |
search_clinical_trials | ClinicalTrials.gov | 使用过滤器进行试验搜索 |
get_trial_details | ClinicalTrials.gov | 完整的试验细节 |
pgx_consultation | 全部 | PGx综合咨询报告 |
示例用法
问克劳德：
“我的患者是CYP2D6代谢不良者（\*4/\*4），需要疼痛管理。我应该开什么药？”
“氯吡格雷和CYP2C19的CPIC指南是什么？”
“德国有招募药物基因组学临床试验吗？”
配置
所有设置都是可选的，可以通过环境变量（或 .env 文件）：
| 变量 | 默认值 | 描述 |
|---|---|---|
PGX_MCP_NCBI_API_KEY | 无 | NCBI API键用于更高的ClinVar速率限制（3/s→ 9/s) |
PGX_MCP_CACHE_TTL_SECONDS | 3600 | 缓存持续时间（秒） |
发展
git clone https://github.com/Julius-Schmidt/mcp-pharmacogenomics.git
cd mcp-pharmacogenomics
pip install -e ".[dev]"
pytest路线图
- \[\]README中的演示视频/GIF
- \[\]欧盟临床试验注册整合（目前没有公开的API-欧洲试验通过ClinicalTrials.gov注册涵盖）
- \[\]PharmVar星形等位基因命名查找
- \[\]美国食品药品监督管理局药物基因组生物标志物表整合
许可证
麻省理工学院