快速接入

先看主来源和安装命令，再打开仓库或文档；下面只保留这个条目的关键接入事实。

详细介绍

MCP基因实验室服务器

![License: BSD-3-Clause](https://opensource.org/licenses/BSD-3-Clause) ![Python 3.10+](https://www.python.org/downloads/) ![Model Context Protocol](https://modelcontextprotocol.io/) ](https://pypi.org/project/mcp-genelab/)

基于美国国家航空航天局数据的基因实验室知识图谱 GeneLab数据存储库，美国国家航空航天局的一部分开放科学数据库（OSDR），可以与生物医学知识相结合辐条（可扩展的精准医学开放知识引擎）知识图。这种整合将航天实验结果与全面的生物学背景联系起来，包括基因、蛋白质、解剖结构、通路和疾病。

SPOKE基因实验室知识的构建与查询

视频

演示

特性

自然语言查询：用简单的英语提问-无需编写复杂的图形查询
美国国家航空航天局基因实验室查询：在美国国家航空航天局基因实验室知识图谱中询问有关航天实验的问题
差异基因表达分析：与地面对照组相比，寻找在太空飞行条件下上调或下调的基因
DNA甲基化数据：访问航天实验中观察到的表观遗传变化
多组织支持：查询多种模型生物的数据，包括小鼠、大鼠和其他用于太空研究的物种
组织特异性分析：按特定器官、组织或细胞类型过滤结果
生物医学背景整合：将航天基因表达变化与SPOKE的途径、疾病和其他生物学知识联系起来
联合查询：将GeneLab的数据与其他Neo4j知识图相结合，进行全面的生物医学分析
多种访问方法：通过Claude Desktop、GitHub Copilot的VS Code或通过MCP协议以编程方式使用
预配置端点：可随时访问包含GeneLab知识图的本地和远程Neo4j数据库

先决条件

安装MCP服务器之前，请确保：

操作系统：macOS、Linux或Windows
客户端应用程序：以下之一：

- 带Pro或Max订阅的Claude Desktop - 订阅GitHub Copilot的VS代码内部人员

Neo4j知识图谱:

- 有关GeneLab KG的本地安装，请参阅设置 - 用于远程访问GeneLab和SPOKE KG 请求凭证

安装

Claude Desktop和VS Code Insider的安装说明

快速开始

配置后，您可以通过Claude Desktop或VS Code聊天界面中的自然语言提示开始查询知识图。

选择和配置MCP工具（Claude Desktop）

从顶部菜单栏：

1. Select: Claude->Settings->Connectors
2. Click: Configure for the MCP endpoints you want to use
3. Select Tool permissions: Always allow

在提示对话框中，单击 + 按钮：

1. Turn off Web search
2. Toggle MCP services on/off as needed

使用@kg_name在聊天中引用特定的知识图（例如@speak genelab）。

要创建聊天记录（见下面的示例），请使用以下提示： Create a chat transcript. 然后可以下载.md或.pdf格式的成绩单。

查询示例

知识图谱概述和类图

下面的每个链接都指向一个聊天记录，该记录演示了如何为给定的Neo4j知识图生成知识图概述和类图。

说话基因实验室

奥说

______________________________________________________________________

发展

地方发展指南

构建和发布（仅限维护人员）

在PyPI上构建、测试和发布mcp-genelab包的说明

api参考

mcp-genelab服务器API

故障排除

常见问题

MCP服务器未出现在Claude Desktop中：

确保您已完全退出并重新启动Claude Desktop（而不仅仅是关闭窗口）
检查JSON配置是否有效（将配置文件附加到聊天中，并要求它修复任何错误）
验证 uvx 已安装并可在PATH中访问

连接错误：

验证Neo4j端点URL是否正确且可访问
某些端点可能有速率限制或临时停机时间

性能问题：

复杂的Cypher查询可能需要时间来执行
考虑将复杂的查询分解为更小的部分
检查端点的文档以了解查询最佳实践

许可证

此项目根据BSD 3条款许可证获得许可。请参阅许可证文件以获取详细信息。

引用

如果您在研究中使用MCP GeneLab，请引用以下作品：

@software{rose2025mcp-genelab,
  title={MCP GeneLab Server},
  author={Rose, P.W. and Saravia-Butler, A.M. and Nelson, C.A. and Shi, Y. and Baranzini, S.E.},
  year={2025},
  url={https://github.com/sbl-sdsc/mcp-proto-okn}
}

@software{rose2025spoke-genelab,
  title={NASA SPOKE-GeneLab Knowledge Graph},
  author={Rose, P.W. and Nelson, C.A. and Saravia-Butler, A.M. and Gebre, S.G. and Soman, K. and Grigorev, K.A. and Sanders, L.M. and Costes, S.V. and Baranzini, S.E.},
  year={2025},
  url={https://github.com/BaranziniLab/spoke_genelab}
}

致谢

资金

这项工作部分得到了以下方面的支持：

国家科学基金会 奖项 #2333819“Proto OKN主题1：通过SPOKE知识图谱连接地球和太空的生物医学信息”

目录标签

自然语言查询PythonClaude本地部署生物医学分析知识图谱空间生物学NASAGeneLab

支持客户端

Claude DesktopClaudeVS Code

接入字段

传输方式（transport，传输协议）

未说明

鉴权方式（authType，认证方式）

none

工具数量（toolCount，工具数）

0

资源数量（resourceCount，资源数）

0

提示词数量（promptCount，提示词数）

0

权限和风险

未说明none部署方式未说明

接入前请确认传输方式、认证方式和部署位置，并根据实际工具能力限制访问范围。

安装前确认

不要直接授予不必要的文件、网络或账号权限；先核对安装命令和配置内容。

仍需确认：installCommand

来源信息

MCP World

mcpworld.com

/detail/72542db2d03e38cd8d99c9fd1133d31e

MCP GeneLab Server是一个将自然语言查询转换为Cypher查询并执行的服务，专门用于查询NASA GeneLab知识图谱，支持空间飞行实验数据的生物医学分析。

继续浏览同类 MCP

更多数据服务 MCP（6,870）返回 MCP 目录

上一个 MCP

MCP Genealogy Memory

一个生产就绪、自包含的家谱研究记忆服务器，作为LLM代理的MCP工具，用于存储结构化家谱数据并提供自动化研究代理的API。

下一个 MCP

MCP Geographic Data

U.S. demographics, housing, mortgage, migration, and employment data from the Census Bureau, HUD, HMDA, and LEHD. 23 tools across 7 categories — query geographic data from any MCP client.

MCP Genelab