Literature MCP

📚 文献MCP

](https://modelcontextprotocol.io) ](https://www.python.org/) 

一个专业 模型上下文协议（MCP） 用于生物和临床证据检索的服务器。此服务器为 欧洲PMC 数据库，使LLM能够收集、排名和综合已发表的研究。

为 Agent 4目标 生态系统，它专注于治疗靶点和疾病关联的高置信度证据收集。

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🏗️ 架构和工作流程

服务器执行语义和基于关键字的检索，将来自欧洲PMC的原始XML/JSON响应转换为干净、机器可读的证据模型。

graph LR
    User([User / LLM Client]) |MCP Protocol| Server[Literature MCP Server]
    
    subgraph "Internal Processing"
        Server --> Router{Tool Router}
        Router --> T1[collect_target_evidence]
        Router --> T2[search_articles]
        Router --> T3[get_article_by_pmid]
        
        T1 & T2 & T3 --> Client[EuropePMCClient]
        Client --> EPMC_API[[Europe PMC REST API]]
    end
    
    subgraph "Ranking Logic"
        Client --> Ranker[Citation & Recency Weighted Ranking]
        Ranker --> Pydantic[Pydantic Result Models]
        Pydantic --> Server
    end

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🚀 快速开始

1.安装

pip install literature-mcp

2.运行服务器

服务器非常灵活，支持两者 标准 （Claude Desktop的标准配置）以及 HTTP SSE 运输。

# Run over stdio (Standard)
literature-mcp --transport stdio

# Run as local HTTP server (SSE)
literature-mcp --port 8002

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🛠️ 工具文档

collect_literature_target_evidence

Agent4Target工作流的主要工具。它对基因和疾病背景进行多策略搜索，返回被引用最多和最相关的证据记录。

• 输入:

- gene_symbol （必填，例如“BRAF”） - disease_id （可选，例如“EFO_0000311”） - limit （最大记录数，默认值：15）

search_literature_articles

一种灵活的搜索工具，接受原始的欧洲PMC查询字符串（例如。， AUTHOR:"Vogelstein B" AND GENE:"KRAS").

• 输入: query （字符串）

get_literature_article_by_pmid

检索特定文章的完整结构化元数据。

• 输入: pmid （字符串）

get_literature_service_metadata

返回有关基础欧洲PMC客户端、API速率限制和运行状况的信息。

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⚙️ 配置

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🖥️ 在Claude Desktop中的使用

将此添加到您的 claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "literature-mcp": {
      "command": "literature-mcp",
      "args": ["--transport", "stdio"],
      "env": {
        "LITERATURE_MCP_LOG_LEVEL": "DEBUG"
      }
    }
  }
}

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🧪 发展

该项目使用 uv 用于现代、快速的依赖关系管理。

# Clone and setup
git clone https://github.com/your-org/literature-mcp
cd literature-mcp
uv sync

# Run tests
uv run pytest

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📄 许可证

麻省理工学院©2026文献MCP贡献者。部分 Agent 4目标 生态系统。