非官方KEGG MCP服务器
模型上下文协议（MCP）服务器，通过其REST API提供对KEGG（京都基因和基因组百科全书）数据库的全面访问。
由开发 增强自然
概述
该MCP服务器能够与KEGG广泛的生物数据库无缝集成，为通路分析、基因研究、化合物研究和跨数据库链接提供工具。它是为生物信息学、系统生物学、药物发现和相关领域的研究人员设计的。
特性
数据库覆盖
- 路径：KEGG通路图和生物体特异性通路
- 基因：5000多种生物体的基因信息
- 化合物：化合物及其性质
- 反应：生化反应和酶
- 疾病：人类疾病和相关基因
- 药物：药物信息和相互作用
- 交叉引用：KEGG与外部数据库之间的链接
工具类别
数据库信息与统计（2个工具）
get_database_info：获取发布信息和统计数据list_organisms：获取所有带有代码和名称的KEGG生物
路径分析（3个工具）
search_pathways：按关键字或名称搜索路径get_pathway_info：获取详细的路径信息get_pathway_genes：让基因参与特定的途径
基因分析（2个工具）
search_genes：按名称、符号或关键字搜索基因get_gene_info：使用可选序列获取详细的基因信息
化合物分析（2个工具）
search_compounds：按名称、式或结构搜索化合物get_compound_info：获取详细的化合物信息
反应和酶分析（4个工具）
search_reactions：按关键字搜索生化反应get_reaction_info：获取详细的反应信息search_enzymes：按EC编号或名称搜索酶get_enzyme_info：获取详细的酶信息
疾病与药物分析（5个工具）
search_diseases：按名称或关键字搜索人类疾病get_disease_info：获取详细的疾病信息search_drugs：按名称、目标或适应症搜索药物get_drug_info：获取详细的药物信息get_drug_interactions：查找不良药物相互作用
模块和矫形器分析（4个工具）
search_modules：按名称或功能搜索KEGG模块get_module_info：获取详细的模块信息search_ko_entries：搜索KEGG矫形器条目get_ko_info：获取详细的KO信息
聚糖分析（2个工具）
search_glycans：按名称或组成搜索聚糖结构get_glycan_info：获取详细的聚糖信息
BRITE层次分析（2个工具）
search_brite：搜索BRITE功能层次结构get_brite_info：获取详细的BRITE参赛信息
高级分析工具（4个工具）
get_pathway_compounds：让所有化合物都进入一个通道get_pathway_reactions：获取通路中的所有反应get_compound_reactions：获取涉及化合物的所有反应get_gene_orthologs：在生物体中寻找直系同源基因batch_entry_lookup：高效处理多个KEGG条目
交叉引用和集成（2个工具）
convert_identifiers：在KEGG和外部数据库ID之间进行转换find_related_entries：在数据库中查找相关条目
资源模板（8个模板）
kegg://pathway/{pathway_id}：路径信息kegg://gene/{org}:{gene_id}：基因详细信息kegg://compound/{compound_id}：化合物信息kegg://reaction/{reaction_id}：反应详情kegg://disease/{disease_id}：疾病信息kegg://drug/{drug_id}：药品信息kegg://organism/{org_code}：生物体详细信息kegg://search/{database}/{query}：搜索结果
安装
- 将此服务器克隆或下载到本地计算机
- 安装依赖项：
cd kegg-server
npm install- 构建服务器：
npm run build使用示例
通路分析
# Search for glycolysis pathways
search_pathways(query="glycolysis")
# Get human glycolysis pathway
get_pathway_info(pathway_id="hsa00010")
# Get genes in human glycolysis pathway
get_pathway_genes(pathway_id="hsa00010")基因研究
# Search for insulin genes
search_genes(query="insulin", organism_code="hsa")
# Get detailed information for human insulin gene
get_gene_info(gene_id="hsa:3630", include_sequences=true)复合调查
# Search for glucose compounds
search_compounds(query="glucose")
# Get glucose compound information
get_compound_info(compound_id="C00031")
# Search by molecular formula
search_compounds(query="C6H12O6", search_type="formula")跨数据库集成
# Convert KEGG gene IDs to NCBI Gene IDs
convert_identifiers(source_db="hsa", target_db="ncbi-geneid")
# Find pathways related to specific genes
find_related_entries(source_db="genes", target_db="pathway", source_entries=["hsa:3630"])API覆盖范围
此服务器实现核心KEGG REST API操作：
- 信息：数据库发布信息
- 列表：参赛名单和生物目录
- 发现：基于关键字和结构的搜索
- 获取：详细条目检索
- 对话：数据库之间的标识符转换
- 链接：交叉引用发现
支持的生物体
服务器支持KEGG中的所有生物体，包括：
- 人 （hsa）：智人
- 老鼠 （mmu）：小肌肉
- 老鼠 （rno）：褐家鼠
- 大肠杆菌 （生态）：大肠杆菌
- 酵母 （sce）：酿酒酵母
- 5000+其他生物
数据类型
路径
- 参考路径（地图）
- 生物体特异性途径
- KEGG矫形路径（ko）
- 酶分类途径（ec）
基因
- 蛋白质编码基因
- RNA基因
- 假基因
- 基因序列（氨基酸和核苷酸）
化合物
- 小分子
- 代谢物
- 化学结构
- 分子特性
错误处理
服务器包括全面的错误处理：
- 所有参数的输入验证
- 优雅地处理API超时
- 调试的详细错误消息
- 可选数据的回退机制
性能注意事项
- 速率限制：尊重API使用并适当延迟
- 批处理：高效处理多个条目
- 缓存：对频繁访问的数据进行可选缓存
- 超时：API请求超时30秒
用例
研究应用
- 系统生物学：路径分析和网络重建
- 药物发现：目标识别和化合物筛选
- 比较基因组学：跨物种基因分析
- 代谢组学：代谢途径研究
- 疾病研究：基因疾病关联研究
教育应用
- 生物化学教学：路径可视化和探索
- 生物信息学培训：数据库集成练习
- 分子生物学：基因功能和调控研究
贡献
此服务器是使用模型上下文协议SDK构建的。贡献：
- 分叉存储库
- 进行更改
- 使用各种KEGG查询进行彻底测试
- 提交拉取请求
许可证
MIT许可证-有关详细信息，请参阅许可证文件。
支持
关于以下问题：
- 服务器功能：检查错误日志并验证输入参数
- KEGG API：请参阅官方KEGG REST API文档
- MCP协议：请参阅模型上下文协议文档
版本历史记录
- v1.0.0：首次发布，全面覆盖KEGG API
- 涵盖所有主要KEGG数据库的30个工具 - 8个用于动态数据访问的资源模板 - 全面支持通路、基因、化合物、反应、酶、疾病、药物、模块、聚糖和BRITE层次结构 - 用于跨数据库集成的高级分析工具 - 批处理能力 - 强大的错误处理和输入验证
致谢
- KEGG数据库：Kanehisa实验室
- 模型上下文协议：拟人
- TypeScript和Node.js社区