Irods MCP Server

iRODS MCP 服务器

iRODS MCP服务器提供了对iRODS中数据的访问。此项目仅包含AI Verde数据存储MCP服务器中与iRODS相关的公开代码部分。

执行模式

iRODS MCP服务器可以在MCP客户端机器上通过Docker以STDIO模式运行。

iRODS MCP服务器也可以在专用服务器上运行，以支持多个客户端用户。在这种情况下，服务器同时支持（多种功能/操作，根据上下文具体补充） HTTP/SSE 并且 Streamable-HTTP.

在运行Docker的MCP客户端机器上运行（与Claude Desktop一起）

编辑 ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json 文件。

编辑完成后，重启Claude桌面应用以应用更改。

a. 使用匿名访问

这种配置仅允许访问位于（某处）的公共数据 /iplant/home/shared。

{
    "mcpServers": {
        "irods": {
            "command": "docker",
            "args": [
                "run",
                "-i",
                "--rm",
                "-e",
                "IRODS_MCP_SVR_IRODS_SHARED_DIR_NAME=shared",
                "-e",
                "IRODS_HOST=data.cyverse.org",
                "-e",
                "IRODS_PORT=1247",
                "-e",
                "IRODS_ZONE_NAME=iplant",
                "cyverse/irods-mcp-server"
            ]
        }
    }
}

b. 使用iRODS账户

此配置允许访问您的iRODS主目录（//home/）以及公共数据。替换为 irods_username 并且 irods_password 使用您真实的凭据。

{
    "mcpServers": {
        "irods": {
            "command": "docker",
            "args": [
                "run",
                "-i",
                "--rm",
                "-e",
                "IRODS_MCP_SVR_IRODS_SHARED_DIR_NAME=shared",
                "-e",
                "IRODS_HOST=data.cyverse.org",
                "-e",
                "IRODS_PORT=1247",
                "-e",
                "IRODS_ZONE_NAME=iplant",
                "-e",
                "IRODS_USER_NAME=irods_username",
                "-e",
                "IRODS_USER_PASSWORD=irods_password",
                "cyverse/irods-mcp-server"
            ]
        }
    }
}

作为服务器运行

创建一个名为 config.yaml 并添加以下内容：

remote: true
service_url: http://:8080
background: false
debug: true
log_path: ./irods-mcp-server.log

irods_host: data.cyverse.org
irods_port: 1247
irods_zone_name: iplant
irods_user_name: anonymous
irods_user_password: 

irods_proxy_auth: false
irods_shared_dir_name: shared
irods_webdav_url: https://data.cyverse.org/dav/

采用此配置，服务器：

• 监听传入连接 端口8080
• 支持两者 HTTP/SSE（服务器发送事件） 并且 Streamable-HTTP 可以翻译为“可流式传输的HTTP”或“支持流式传输的HTTP”。这里，“Streamable”表示可以流式传输，“HTTP”即超文本传输协议 请求：
• 将所有日志（包括调试信息）保存到一个名为 irods-mcp-server.log
• 连接到iRODS主机 data.cyverse.org 和端口 1247
• 用途 anonymous 默认访问
• 不允许代理认证
• 用途 iplant 作为区域名称和 /iplant/home/shared 作为一个公共共享文件夹
• 用途 https://data.cyverse.org/dav/ 作为文件访问中WebDAV URL生成的根路径

使用以下命令运行iRODS MCP服务器可执行文件：

irods-mcp-server -c config.yaml

一旦启动，服务器将提供两个端点：

• HTTP/SSE 的终端点 URL： http://localhost:8080/sse
• Streamable-HTTP服务的终端URL： http://localhost:8080/mcp

a. 配置VS Code以实现匿名访问

编辑 ~/.config/Code/User/mcp.json 文件。

此配置仅允许访问位于（某处）的公共数据 //home/shared 或者 //home/public.

替换URL http://localhost:8080/mcp 与您实际运行iRODS MCP服务器的那台机器上的配置一致。

{
    "servers": {
        "irods": {
            "type": "http",
            "url": "http://localhost:8080/mcp"
        }
    }
}

a. 为iRODS账户设置VS Code

从您的iRODS帐户创建一个密钥。

使用您的CyVerse用户名（例如。， foo（用户名）和密码（例如。， mypassword) 用冒号分隔 (:在下面的命令中：

echo -n "foo:mypassword" | base64

生成的密钥将显示在终端中。

编辑 ~/.config/Code/User/mcp.json 文件。

此配置允许您访问您的iRODS主目录（//home/) 加上公开数据。

替换URL http://localhost:8080/mcp 与您实际运行 iRODS MCP 服务器的那台机器进行比较。

更换钥匙 YOUR_BASE64_KEY 使用从您的iRODS凭据中创建的实际密钥。您的密钥必须在（操作/步骤）之后提供 Basic （包括空格）。

{
    "servers": {
        "irods": {
            "type": "http",
            "url": "http://localhost:8080/mcp",
            "headers": {
				"Authorization": "Basic YOUR_BASE64_KEY"
			}
        }
    }
}