Hox生物MCP服务器
V1：发现→ 策划→ 批准→ Load
MCP服务器，供ML生物研究人员查找公共测序数据并将其加载到Hox中。
工具（共7个）
| 工具 | 目的 |
|---|---|
get_study_info | 获取GEO/SRA研究的元数据 |
list_runs | 列出研究中的所有跑步记录 |
create_manifest | 捆绑申请以供批准 |
list_manifests | 查看待处理/已批准的清单 |
approve_manifest | 标记清单已准备好导入 |
import_to_hox | 将批准的数据加载到仓库中 |
get_import_status | 检查导入作业进度 |
工作流程
1. DISCOVER
get_study_info("GSE123456") # Found accession in paper/GEO
list_runs("GSE123456") # See all samples
2. CURATE
create_manifest(
name="mdd_rnaseq",
description="DLPFC RNA-seq from MDD patients",
accessions="SRR123,SRR124,SRR125",
tags="disease=MDD,tissue=DLPFC"
)
3. APPROVE
list_manifests("mdd_rnaseq") # Review details
approve_manifest("mdd_rnaseq") # Mark approved
4. LOAD
import_to_hox("mdd_rnaseq") # Import to warehouse
get_import_status() # Monitor progress快速开始
# Install
python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt
# Run
./start.sh支持的访问
- 地理位置： GSE（系列）、GSM（示例）
- SRA： SRP（项目）、SRR/ERR/DRR（运行）
- 生物项目： PRJNA
需求
- Python 3.10+
hoxCLI（用于导入功能）- NCBI/ENA API的网络访问