遗传学MCP服务器
用于遗传学数据工具的模型上下文协议（MCP）服务器和LLM聊天服务。
此存储库提供：
- 独立MCP服务器 -将任何MCP客户端连接到遗传学数据工具
- LLM聊天API -与Anthropic集成的聊天服务
这是作为FinnGenie AI助手的一部分部署的（参见 ).
快速开始
安装要求
uv pip install --system .环境变量
所有环境变量都是可选的，但每种功能都需要。
| 变量 | 描述 | 默认值 |
|---|---|---|
GENETICS_API_URL | 的基本URL 遗传学结果api 服务器 | http://0.0.0.0:2000/api |
BIGQUERY_API_URL | 的基本URL 遗传学结果db 服务器 | - |
ANTHROPIC_API_KEY | Anthropic API密钥（用于聊天） | - |
OPENAI_API_KEY | OpenAI API密钥（用于聊天） | - |
TAVILY_API_KEY | Tavilly API密钥（用于网络搜索） | - |
EXTERNAL_MCP_SERVERS | 要代理的外部MCP服务器的逗号分隔URL（例如gnomAD、Open Targets） | - |
RAG_MCP_SERVER | URL 遗传学杂志服务 服务器 | - |
MCP服务器
cd src
export GENETICS_API_URL=https://.../api
# stdio transport
python -m genetics_mcp_server.mcp_server
# streamable http
python -m genetics_mcp_server.mcp_server --transport streamable-http --port 8080 --host 0.0.0.0聊天API服务器
cd src
export ANTHROPIC_API_KEY=sk-ant-...
export GENETICS_API_URL=https://.../api
uvicorn genetics_mcp_server.chat_api:app --port 8000发展
git clone https://github.com/fulltiltgenomics/genetics-mcp-server.git
cd genetics-mcp-server
uv sync --extra dev
# tests
uv run pytest
# lint
uv run ruff check src/许可证
麻省理工学院