Gbif MCP Server

GBIF BigQuery MCP服务器

一种模型上下文协议（MCP）服务器，为AI代理提供特定领域的查询工具 GBIF （全球生物多样性信息设施）通过BigQuery获取物种发生数据。该MCP服务器负责查询制定；它依赖于 BigQuery MCP服务器 用于查询执行。

它做什么

此MCP服务器充当AI代理和GBIF之间的桥梁，提供三个关键功能：

• 发生次数 按分类群和地理位置
• 检索事件记录 包含完整的细节和坐标
• 列出物种 在更高的分类群中

服务器根据以下知识生成优化的BigQuery SQL：

• GBIF模式和字段名称
• 常见的查询模式和最佳实践
• 分类过滤
• 按ISO国家代码进行地理过滤

建筑

AI Agent → GBIF MCP Server → BigQuery MCP Server → Google BigQuery

MCP生成特定于域的SQL，BigQuery MCP执行它，代理获得具有完整GBIF上下文的结果。

先决条件

• Python 3.8+
• BigQuery MCP服务器

安装

创建环境

mamba create -n gbif-mcp-server python=3.12 -2
mamba activate gbif-mcp-server

再进行

pip install -r requirements.txt

试验装置

python gbif_mcp_server.py

服务器应启动并等待输入（按Ctrl+C退出）。

配置

配置因您的host agent环境而异，但相关的.json配置如下：

{
  "mcpServers": {
    "gbif-mcp-server": {
      "command": "/path/to/your/gbif-mcp-server/bin/python",
      "args": ["/path/to/your/gbif_mcp_server.py"],
      "env": {}
    },
    "bigquery": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@google-cloud/mcp-server-bigquery"],
      "env": {
        "GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS": "/path/to/your/service-account-key.json"
      }
    }
  }
}

使用示例

计数记录

"Count mosquito occurrences in Uganda with coordinates"

→ 使用生成SQL family = 'Culicidae', country_code = 'UG', require_coordinates = True

获取物种列表

"List butterfly species found in Kenya"

→ 使用生成SQL order = 'Lepidoptera', country_code = 'KE'

获取事件记录

"Get recent bird observations from Brazil, limit 50 records"

→ 使用生成SQL class = 'Aves', country_code = 'BR', limit = 50

可用工具

count_occurrences_by_taxon

按分类群和位置统计GBIF发生记录。

参数：

• kingdom, phylum, class_name, order, family, genus, species：分类过滤器
• country_code：两个字母的ISO国家代码（例如“UG”、“KE”）
• require_coordinates：仅计算具有有效坐标的记录
• min_year, max_year：时间过滤器

get_occurrence_records

检索具有完整详细信息的实际发生记录。

参数： 与上述相同，另外：

• limit：要返回的最大记录数（默认值100，最大值10000）

get_species_in_taxon

列出更高分类群中的不同物种。

参数： 与计数工具相同，减去物种级别过滤

• limit：返回的最大物种数（默认值1000）

资源

服务器还提供参考资源：

• gbif://schema：GBIF BigQuery架构引用
• gbif://country-codes：通用ISO国家代码

SQL输出示例

输入： *“用坐标统计乌干达的蚊子记录”*

生成的SQL：

SELECT COUNT(*) as occurrence_count
FROM `bigquery-public-data.gbif.occurrences`
WHERE occurrencestatus = 'PRESENT' 
  AND UPPER(family) = UPPER('Culicidae') 
  AND countrycode = 'UG' 
  AND decimallatitude IS NOT NULL 
  AND decimallongitude IS NOT NULL;

数据源

此服务器为生成查询 GBIF BigQuery数据集，其中包含全球生物多样性信息设施的20多亿个物种发生记录。

许可证

MIT许可证