FINAL (Nanogenomic)

PyMOL-Claude集成-部署

此目录包含部署PyMOL-Claude集成所需的所有内容。

安装

1.安装PyMOL插件

复制 claude_plugin 目录到PyMOL插件目录：

cp -r claude_plugin ~/.pymol/plugins/claude_integration

2.配置克劳德桌面

1. 找到您的Claude Desktop配置文件：

   ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json

1. 添加MCP服务器配置：

   {
     "mcpServers": {
       "pymol": {
         "command": "python3",
         "args": [
           "/path/to/pymol_mcp.py"
         ]
       }
     }
   }

替换 /path/to/pymol_mcp.py 带有您放置的完整路径 pymol_mcp.py 文件。

3.开始集成

1. 启动PyMOL
2. Claude插件应在PyMOL中自动启动
3. 启动克劳德桌面

测试集成

要测试集成是否正常工作，请执行以下操作：

1. 在Claude中，向PyMOL发送命令：

   fetch 1cbs
   show cartoon
   color spectrum

1. 您应该看到PyMOL通过获取和显示结构来响应。

故障排除

如果集成不起作用：

1. 检查PyMOL是否在插件处于活动状态时运行
2. 验证Claude Desktop是否配置正确
3. 检查终端输出是否有错误消息
4. 尝试重新启动PyMOL和Claude Desktop

文件描述

• pymol_mcp.py -处理Claude和PyMOL之间通信的MCP服务器脚本
• claude_plugin/ -PyMOL插件，可与Claude直接通信

- __init__.py -插件初始化 - pymol_claude.py -主要插件实现