Fiji MCP Bridge

斐济MCP大桥

⚠️ 此存储库已存档。 Claude和GPT可以充分描述ImageJ宏，所以很多工具 run_macro 一个可以代替。 此外，还存在许多工具定义压迫上下文窗口的问题。 出于这些原因，我们转向了更简单的设计后继项目： 库苏莫托克/斐济大桥

用于从Claude Desktop使用自然语言操作ImageJ/Fiji的桥接系统。

体系结构

Claude Desktop (stdio)
    │
    ▼
Python MCP Server (fiji_mcp_server.py)
    │ TCP localhost:5048
    ▼
Java Plugin (FijiMCPBridge.java)
    │
    ▼
Fiji / ImageJ API

项目结构

fiji-mcp-bridge/
├── plugin/                        # Java プラグイン
│   ├── src/main/java/fiji/mcp/
│   │   └── FijiMCPBridge.java     # プラグイン本体
│   ├── pom.xml                    # Maven 設定
│   ├── build.bat                  # Maven ビルド
│   └── build_manual.bat           # 手動ビルド（Maven 不要）
├── fiji_mcp_server.py             # Python MCP サーバー
├── requirements.txt               # Python 依存パッケージ
├── .env                           # 環境変数（Git 除外）
├── .env.example                   # 環境変数テンプレート
├── README.md
└── .gitignore

安装，安装

1.Python软件包安装

pip install -r requirements.txt

2.Java插件构建

# plugin/ ディレクトリで実行
cd plugin
build.bat          # Maven を使う場合
build_manual.bat   # Maven なしの場合

对于Mac/Linux： cd plugin && mvn clean package

构建成功后plugin/target/fiji-mcp-bridge-1.0.0.jar 来定义自定义外观。

3.在Fiji上安装插件

copy plugin\target\fiji-mcp-bridge-1.0.0.jar "C:\path\to\Fiji.app\plugins\"

已重新启动Fiji。

4.设置环境变量

.env.example 的 .env 复制到，编辑：

FIJI_PATH=C:\path\to\Fiji.app\ImageJ-win64.exe
FIJI_PORT=5048
FIJI_TIMEOUT=600

5.设置Claude Desktop

%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json 添加到：

{
  "mcpServers": {
    "fiji": {
      "command": "python",
      "args": ["C:/path/to/fiji-mcp-bridge/fiji_mcp_server.py"]
    }
  }
}

使用conda环境时：

{
  "mcpServers": {
    "fiji": {
      "command": "conda",
      "args": [
        "run", "-n", "fiji-mcp", "--no-capture-output",
        "python", "C:/path/to/fiji-mcp-bridge/fiji_mcp_server.py"
      ]
    }
  }
}

6.启动Fiji MCP Bridge

方法A:Claude自动启动（推荐） 重新启动Claude Desktop后，通过聊天 launch_fiji 调用工具后，Fiji的启动和MCP Bridge插件的启动自动进行。在步骤4中 FIJI_PATH 的规格化距离的幂函数。

方法B:手动起动 启动Fiji，从菜单中 Plugins > MCP > Fiji MCP Bridge 执行。 在Fiji的Log窗口中 Started on port 5048 显示的话启动完成。

可用工具

分类工具 |---------|--------| | 画像操作 | open_image, save_image, close_image, get_image_info, list_open_images, select_image | | 画像処理 | duplicate_image, get_pixel_statistics, set_threshold, z_project, analyze_particles, split_channels, merge_channels, adjust_display | 屏幕快照 get_screenshot, get_window_screenshot | 窗口操作 get_window_list, get_window_content, close_window | 日志 get_log | |xyzct| get_position, set_position, get_stack_info | \[宏脚本\] run_macro, run_script | |投资回报率| roi_add, roi_delete, roi_select, roi_count, roi_save, roi_open, roi_measure, get_roi_info | |结果表| get_results, clear_results, save_results | 系统 check_connection, launch_fiji |

故障排除

无法连接时

1. 确认Fiji是否启动
2. Plugins > MCP > Fiji MCP Bridge 确认是否执行
3. 在Fiji日志窗口中 Started on port 5048 确认
4. check_connection 使用工具确认连接状态

菜单中未显示插件

1. 如果JAR文件 Fiji.app/plugins/ 确认是否在
2. 重新启动Fiji

执行宏时出现对话框不响应 自动检测并关闭错误对话框，返回错误内容。 如果对话框未关闭，请在Fiji侧手动关闭，然后重试。

注意事项（安全性）

• 项目名称 在本地环境中使用中所述修改相应参数的值。TCP端口（默认值： 5048），模板名称将采用不同的格式。
• Fiji/MimageJ主机不包含在本存储库中。需要单独安装。

许可证

MIT许可证