Evo2 MCP Server

evo2-mcp

  

evo2-mcp服务器公开 这里 2 作为提供基因组序列分析工具的模型上下文协议（MCP）服务器。任何兼容MCP的客户端都可以使用这些工具来评分、嵌入和生成DNA序列。

特性

• 序列评分：计算DNA序列的对数概率
• 序列嵌入：从中间模型层提取学习到的表示
• 序列生成：通过受控采样生成新的DNA序列
• 变异效应预测：对SNP突变进行评分，以确定变异的优先级
• 多个模型检查点：支持7B、40B和1B参数模型

入门指南

先决条件：Python 3.12

1. 安装Evo2依赖项：参见 安装指南 了解详情。

   conda install -c nvidia cuda-nvcc cuda-cudart-dev
   conda install -c conda-forge transformer-engine-torch=2.3.0
   pip install flash-attn==2.8.0.post2 --no-build-isolation
   pip install evo2

1. 安装evo2-mcp:

   pip install evo2-mcp

1. 激活MCP服务器:

将以下内容添加到您的 mcp.json 配置：

   {
   "mcpServers": {
      "evo2-mcp": {
         "command": "python",
         "args": ["-m", "evo2_mcp.main"]
      }
   }
   }

有关详细的安装说明，请参阅 安装指南.

用法

安装后，任何兼容MCP的客户端都可以访问服务器。有关可用的工具和使用示例，请参阅 工具文档.

可用工具

• score_sequence -评估DNA序列的可能性
• embed_sequence -提取特征表示
• generate_sequence -生成新的DNA序列
• score_snp -预测变异效应
• get_embedding_layers -列出可用的嵌入层
• list_available_checkpoints -显示支持的模型检查点

请参阅 工具文档 详细的API参考和示例。

文档

• 安装指南 -详细的安装说明
• 工具参考 -完整的API文档和使用示例
• 开发指南 -贡献和测试信息
• 更新日志 -版本历史和更新

您还可以在上找到此项目 BioContextAI，生物医学MCP服务器的社区中心。

引用

如果您在研究中使用evo2-mcp，请引用：

@software{evo2_mcp,
  author = {Kreuer, Jules},
  title = {evo2-mcp: MCP server for Evo 2 genomic sequence operations},
  year = {2025},
  url = {https://github.com/not-a-feature/evo2-mcp},
  version = {0.2.3}
}

对于基础Evo 2车型，请同时引用原始Evo 2出版物。

许可和归属