Enrichr MCP Server

Enrich MCP服务器

模型上下文协议（MCP）服务器，使用 Enrichr API此服务器支持Enrich的所有可用基因集库，并仅返回统计上显著的结果（更正后为-$p$\ File -> Settings`，然后将文件拖放到“设置”窗口中。

光标/VS代码

使用以下按钮以默认设置进行安装：

  

克劳德代码

claude mcp add enrichr-mcp-server -- npx -y enrichr-mcp-server

或者安装为Claude Code插件：

/plugin install enrichr-mcp-server

铁匠铺

npx -y @smithery/cli install enrichr-mcp-server --client claude

手动配置

添加到您的MCP客户端配置中（例如。， .cursor/mcp.json):

{
  "mcpServers": {
    "enrichr-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "enrichr-mcp-server"]
    }
  }
}

特性

• 两个工具: enrichr_analysis 为了运行富集， suggest_libraries 用于发现相关库
• 图书馆目录：通过MCP资源按类别浏览200多个库
• 引导式工作流程: enrichment_analysis 带解释的端到端分析提示
• 22个图书馆类别：所有库的程序分类映射（途径、癌症、激酶等）
• 并行库查询：并行查询所有库以进行快速多数据库分析
• 结构化输出：返回人类可读的文本和结构化JSON以供编程使用
• 可配置的输出格式：管理令牌使用的详细、紧凑或最小化
• TSV导出：将完整结果保存到TSV文件

工具

suggest_libraries

发现与研究问题最相关的Enrich库。以前用这个 enrichr_analysis 为您的特定主题选择最佳库。 无需网络呼叫 --在本地搜索所有库名称和描述。

参数：

• query （必需）：研究背景（如“DNA修复”、“癌症耐药性”）
• category （可选）：按类别过滤（例如。， cancer, pathways, kinases)
• maxResults （可选）：要返回的最大结果（默认值：10，最大值：50）

退货：

• 按相关性得分、类别和描述对图书馆进行排名
• 带建议数组的结构化JSON

enrichr_analysis

并行跨多个Enrich库执行富集分析。

参数：

• genes （必填）：基因符号阵列（例如。， ["TP53", "BRCA1", "EGFR"])--最少2个
• libraries （可选）：要查询的Enrich库名称数组（默认为已配置的库）
• description （可选）：基因列表的描述
• maxTerms （可选）：每个库的最大术语数（默认值：50）
• format （可选）：输出格式： detailed, compact, minimal
• outputFile （可选）：将完整结果保存为TSV文件的路径

退货：

• 带有格式化重要术语（姓名、p值、比值比、综合得分、重叠基因）的文本内容
• 具有完整结果数据的结构化JSON输出

资源

提示

enrichment_analysis

指导基因集富集分析的工作流程。接受基因列表和可选的研究背景，然后浏览库选择、分析和解释。

论据：

• genes （必填）：基因符号，逗号或换行符分隔
• context （可选）：库选择的研究背景（触发器 suggest_libraries 步骤）

图书馆类别

所有200多个图书馆分为22个类别：

使用 suggest_libraries 在所有类别中搜索，或阅读 enrichr://libraries/{category} 查看任何类别的完整列表。

配置

命令行选项

格式选项

• detailed：完整详细信息，包括p值、比值比和基因列表（默认）
• compact：术语名称+p值+基因计数（节省约50%的标记）
• minimal：仅术语名称+p值（节省约80%的令牌）

环境变量

备注：CLI参数优先于环境变量。

多个服务器实例

为不同的研究背景设置不同的实例：

{
  "mcpServers": {
    "enrichr-pathways": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "enrichr-mcp-server", "-l", "GO_Biological_Process_2025,KEGG_2021_Human,Reactome_2022"]
    },
    "enrichr-disease": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "enrichr-mcp-server", "-l", "Human_Phenotype_Ontology,OMIM_Disease,ClinVar_2019"]
    }
  }
}

常用库（默认）

使用默认值时 -l pop 配置：

API详细信息

此服务器使用Enrichr API：

• 添加列表端点: https://maayanlab.cloud/Enrichr/addList
• 富集端点: https://maayanlab.cloud/Enrichr/enrich
• 支持的库：所有图书馆均可通过 Enrich网页界面

发展

npm run build          # Build TypeScript
npm test               # Run tests (unit + integration + MCP protocol)
npm run test:watch     # Run tests in watch mode
npm run watch          # Auto-rebuild on file changes
npm run inspector      # Debug with MCP inspector

需求

• Node.js 18+
• Enrichr API访问的互联网连接

许可证

麻省理工学院

参考文献

• 陈勇，谭CM，寇Y，段Q，王Z，Meirelles GV，克拉克NR，马艳艳A.Enricher：交互式协作HTML5基因列表富集分析工具。BMC生物信息学。 2013; 128(14).

• Kuleshov MV，Jones MR，Rouillard AD，Fernandez NF，Duan Q，Wang Z，Koplev S，Jenkins SL，Jagodnik KM，Lachmann A，McDermott MG，Monteiro CD，Gundersen GW，Ma’ayan A.Enrich：一个全面的基因集富集分析网络服务器2016更新。核酸研究。 2016;gkw377。

• 谢Z，贝利A，库列绍夫MV，克拉克DJB。Evangelista JE、Jenkins SL、Lachmann A、Wojciechowicz ML、Kropiwnicki E、Jagodnik KM、Jeon M和Ma'ayan A.使用Enrich进行基因集知识发现。当前协议，1，e90。 2021.doi:10.1002/cpz1.90

• Enrichr

• 模型上下文协议

• MCP TypeScript SDK