非官方DB MCP服务器
模型上下文协议（MCP）服务器，提供对综合数据库药物数据库（17430+种药物）的访问。
特性
- 单一统一工具 16种方法
- 高性能SQLite后端：查询时间\<10ms，内存使用量~50-100MB
- 访问17430份药物记录（13166个小分子+4264个生物技术）
- 全面的制药数据包括：
- 药品名称、描述、分类 - 临床适应症和作用机制 - 化学结构（SMILES，InChI） - 药物相互作用和禁忌症 - 靶蛋白、酶、载体、转运蛋白 - 代谢途径 - 市场产品和监管信息 - 药代动力学（半衰期搜索）和毒性数据 - 盐形态和外部数据库标识符 - 药物相似性搜索
安装
# Clone and install dependencies
cd drugbank-mcp-server
npm install获取数据库:
- 从您的数据库帐户下载完整的数据库ZIP
- 提取XML并将其放置在
data/full database.xml
# Build the SQLite database and copy source files
npm run build用法
{
"mcpServers": {
"db-mcp-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/db-mcp-server/build/index.js"]
}
}
}工具
单一统一工具，可通过多种方法访问 method 参数。
方法
1.搜索\_ \_名称
按名称搜索药物（支持部分匹配）。
备注：DB使用化学名称作为主要标识符。搜索“乙酰水杨酸”可以找到阿司匹林、“布洛芬”而不是“Advil”等。
{
"method": "search_by_name",
"query": "Acetylsalicylic",
"limit": 20
}2.获取详细信息
通过DB ID获取完整的药物信息。
{
"method": "get_drug_details",
"drugbank_id": "EXPT00475"
}返回完整的药物记录，包括：
- 所有标识符（DB ID、CAS、UNII）
- 临床信息（适应症、机制、毒性）
- 药代动力学（吸收、代谢、半衰期）
- 化学性质
- 相互作用（药物、食物）
- 靶标和酶
3.搜索_指示
根据医学指征寻找药物。
{
"method": "search_by_indication",
"query": "pain",
"limit": 20
}4.搜索_目标
通过靶蛋白/酶找到药物。
{
"method": "search_by_target",
"target": "COX-2",
"limit": 20
}5.get_drug_interactions
获取特定药物的所有药物相互作用。
{
"method": "get_drug_interactions",
"drugbank_id": "DB00945"
}6.搜索\_ atc_代码
按ATC（解剖治疗化学）分类代码搜索。
{
"method": "search_by_atc_code",
"code": "N02BA",
"limit": 20
}7.get_pathways
获取药物的代谢途径。
{
"method": "get_pathways",
"drugbank_id": "DB00945"
}8.搜索_结构
按化学结构搜索（SMILES或InChI）。
{
"method": "search_by_structure",
"smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
"limit": 20
}9.产品
获取药物的市场产品（品牌名称、制造商）。
{
"method": "get_products",
"drugbank_id": "DB00945",
"country": "US"
}10.搜索\_ \_类别
按治疗类别搜索药物。
{
"method": "search_by_category",
"category": "Anti-inflammatory",
"limit": 20
}11.获取外部标识符
获取跨数据库标识符（PubChem、ChEMBL、KEGG、RxCUI等）和结构标识符。
{
"method": "get_external_identifiers",
"drugbank_id": "DB02351"
}12.搜索_半衰期
按消除半衰期范围（以小时为单位）查找药物。可用于剂量考虑。
{
"method": "search_by_halflife",
"min_hours": 12,
"max_hours": 48,
"limit": 20
}13.获取类似药物
根据共享靶点、类别和ATC代码查找与参考药物相似的药物。使用Jaccard相似性评分。
{
"method": "get_similar_drugs",
"drugbank_id": "APRD00003",
"limit": 20
}返回相似性得分，并按以下方式细分：
- 目标相似性：共享蛋白质/酶靶标（50%重量）
- 类别_相似性：共享治疗类别（30%权重）
- atc相似性：共享ATC分类代码（20%权重）
14.搜索_承运人
通过载体蛋白（在体内运输药物的蛋白质，如白蛋白）寻找药物。
{
"method": "search_by_carrier",
"carrier": "Albumin",
"limit": 20
}15.搜索_运输车
通过转运蛋白（使药物穿过细胞膜的膜蛋白）寻找药物。
{
"method": "search_by_transporter",
"transporter": "P-glycoprotein",
"limit": 20
}16.get_salts
获取药物的盐形式（不同的化学形式，如盐酸盐、硫酸盐）。
{
"method": "get_salts",
"drugbank_id": "DB00007"
}Claude查询示例
配置后，您可以询问Claude：
- “使用DB查找乙酰水杨酸的信息”（阿司匹林的化学名称）
- “在数据库中搜索含有布洛芬的药物”
- “哪些药物与华法林相互作用？”
- “给我看看所有针对COX-2的药物”
- “寻找用于治疗高血压的药物”
- “乙酰水杨酸的代谢途径是什么？”
- “寻找与Nelfinavir（HIV蛋白酶抑制剂）类似的药物”
- “比伐卢定的外部标识符是什么？”
- “寻找半衰期在12至24小时之间的药物”
- “白蛋白携带哪些药物？”
- “寻找由P-糖蛋白运输的药物”
- “亮丙瑞林有哪些盐的形式？”
备注：使用化学/通用名称（乙酰水杨酸、布洛芬、对乙酰氨基酚）而不是品牌名称（阿司匹林、Advil、泰诺）可获得最佳效果。
演出
SQLite模式（默认）
- 所有查询：\<10ms
- 内存使用：~50-100MB
- 数据库大小：31.1MB（比1.5GB XML减少98%）
- FTS5全文搜索：快速查找名称/指示
XML回退模式
- 第一个查询：约30-60秒（将整个1.5GB XML加载到内存中）
- 后续查询：\<500ms（缓存在内存中）
- 内存使用：加载数据库时约2-3GB
数据源
- 数据库：DB（完整数据库）
- 记录：17430种药物（13166种小分子+4264种生物技术）
许可证
麻省理工学院