Datons MCP

与医疗数据MCP服务器的AI聊天

学习通过模型上下文协议（MCP）服务器使用真实世界的医疗和制药数据与人工智能助手进行交互。

](https://codespaces.new/datons/CC)

你将学到什么

1. 在VSCode中与AI聊天互动 -使用带有专用MCP服务器的GitHub Copilot Chat
2. 查询PubMed -使用自然语言搜索和分析医学文献
3. 访问FDA数据 -查询药品信息、不良事件、召回和医疗器械数据

快速开始

1.在代码空间中启动

点击上面的“在GitHub代码空间中打开”按钮或：

1. 分叉此存储库
2. 点击绿色的“代码”按钮
3. 选择“在main上创建代码空间”

环境将自动设置为：

• Python 3.11
• Node.js 20
• GitHub Copilot扩展
• MCP服务器（PubMed和OpenFDA）

2.添加MCP服务器

Codespace启动后，通过VS Code添加MCP服务器：

1. 打开命令选项板： 按 Ctrl+Shift+P （Windows/Linux）或 Cmd+Shift+P （macOS）

1. 运行添加MCP服务器： 类型 MCP: Add MCP Server 并选择命令

1. 选择连接类型： 选择 stdio

1. 添加PubMed服务器：

- 命令： bash - Args： -c "source /workspaces/CC/mcp-servers/pubmearch/.venv/bin/activate && python -m pubmearch.server" - 目标： 工作区

1. 添加OpenFDA服务器：

- 命令： bash - Args： -c "node /workspaces/CC/mcp-servers/OpenFDA-MCP-Server/build/index.js" - 目标： 工作区

3.配置API密钥

创建一个 .env 模板中的文件：

cp .env.example .env

编辑 .env 并添加您的API密钥：

# PubMed API (Required)
export NCBI_USER_EMAIL="your_email@example.com"
export NCBI_USER_API_KEY="your_api_key"

# FDA API (Optional - increases rate limit)
export FDA_API_KEY="your_fda_key"

获取API密钥

PubMed API密钥 （必填）：

1. 首选 NCBI帐户设置
2. 登录或创建帐户
3. 滚动至“API密钥”部分
4. 单击“创建API密钥”

FDA API密钥 （可选-将速率限制从每小时1000个请求增加到120000个请求）：

1. 访问 openFDA认证
2. 注册API密钥

4.开始使用AI聊天

打开GitHub Copilot Chat（Ctrl+Shift+I或Cmd+Shift+I）并尝试这些示例提示。

提示： 使用 #pubmed 或 #openfda 在消息开头告诉AI要使用哪个MCP服务器。

PubMed研究实例

#pubmed Find recent studies about diabetes treatment

#pubmed What are the latest papers on Alzheimer's disease?

#pubmed Show me research trends for COVID-19 vaccines

#pubmed Search for studies about heart disease prevention published in the last year

#pubmed Find papers about cancer immunotherapy from 2024

#pubmed What's the latest research on obesity and mental health?

#pubmed Search for studies comparing different diabetes medications

#pubmed Find research about sleep disorders and their treatments

美国食品药品监督管理局药品和器械示例

#openfda Find side effects reported for ibuprofen

#openfda What adverse events have been reported for insulin?

#openfda Show me recent drug recalls

#openfda Find all FDA-approved medications for high blood pressure

#openfda What drugs were recalled due to contamination?

#openfda Search for adverse events related to pacemakers

#openfda Find information about diabetes medications made by Novo Nordisk

#openfda What are the reported side effects of aspirin?

#openfda Show me drug shortages for antibiotics

#openfda Find recalls of medical devices in the last 6 months

包括MCP服务器

1.PubMed MCP服务器

查询和分析PubMed的医学文献。

特征：

• 使用高级语法进行文献检索
• 研究热点分析
• 随时间变化的趋势跟踪
• 出版物计数统计
• 综合报告

可用工具：

• search_pubmed -搜索PubMed数据库
• analyze_research_keywords -确定研究热点
• analyze_publication_count -跟踪出版物趋势
• generate_comprehensive_analysis -完整的分析报告

2.OpenFDA MCP服务器

访问美国食品药品监督管理局的药品和医疗器械数据库。

特征：

• 药物不良事件报告（FAERS）
• 药品标签信息
• 药品召回和短缺
• 美国食品药品监督管理局批准的药物数据库
• 医疗器械数据（510k，分类，不良事件）

可用工具：

• search_drug_adverse_events -FAERS数据
• search_drug_labels -产品标签
• search_drug_ndc -国家药品代码目录
• search_drug_recalls -召回执行
• search_drugs_fda -美国食品药品监督管理局批准的药物
• search_drug_shortages -当前短缺
• search_device_510k -设备间隙
• search_device_adverse_events -器械不良事件

项目结构

.
├── .devcontainer/          # Codespaces configuration
│   ├── devcontainer.json   # Container settings
│   └── post-create.sh      # Setup script
├── .vscode/
│   └── mcp.json            # MCP server configuration
├── .env.example            # API keys template
├── .env                    # Your API keys (create from template)
├── mcp-servers/            # MCP server installations (auto-generated)
│   ├── pubmearch/          # PubMed MCP server
│   └── OpenFDA-MCP-Server/ # FDA MCP server
└── README.md               # This file

高级用法

使用PubMed高级搜索语法

PubMed支持高级搜索查询：

# Search in specific fields
diabetes[Title/Abstract]

# Combine terms
(prostat*[Title/Abstract]) AND (cancer[Title/Abstract]) AND (immuno*[Title/Abstract])

# Date ranges
cancer[Title] AND ("2023/01/01"[PDAT] : "2023/12/31"[PDAT])

过滤FDA查询

FDA查询支持详细过滤：

Find drug adverse events for:
- Drug: aspirin
- Country: United States
- Date range: 2023-01-01 to 2023-12-31
- Serious events only: true

生成报告

两台MCP服务器都可以生成全面的分析报告：

Generate a comprehensive analysis of COVID-19 vaccine research from the past 6 months

故障排除

API关键问题

问题： “身份验证失败”或“超出速率限制”

解决方案：

1. 验证 .env 文件存在并且包含正确的API密钥
2. 对于PubMed，确保两者 NCBI_USER_EMAIL 和 NCBI_USER_API_KEY 已设置
3. 保存文件-更改立即生效

MCP服务器没有响应

问题： 聊天无法识别PubMed/FDA查询

解决方案：

1. 检查 .env 文件与您的API密钥一起存在
2. 验证MCP服务器是否已安装：

   ls -la mcp-servers/

1. 尝试使用 #pubmed 或 #openfda 邮件中的前缀

学习资源

• 模型上下文协议文档
• PubMed搜索提示
• OpenFDA API文档

鸣谢

• PubMed MCP服务器： 深色烘焙机/pubmearch
• OpenFDA MCP服务器： 增强自然/OpenFDA MCP服务器

许可证

本教育项目按原样提供，用于学习目的。

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注： 该工具提供对公共医疗数据集的访问。始终咨询医疗保健专业人员以获取医疗决策和药物信息。