Biotite MCP

黑云母mcp

MCP服务器，封装了用于结构生物信息学的黑云母库的核心特征。

特性

该MCP服务器提供对关键黑云母功能的访问，包括：

结构分析

• 加载/保存结构：支持PDB、mmCIF和MMTF格式
• 结构信息：获取有关蛋白质结构的详细信息
• 距离计算：计算原子之间的距离
• RMSD计算：使用RMSD比较结构
• 拉马钱德兰阴谋：生成主干二面角分析

序列分析

• 加载/保存序列：支持FASTA和其他序列格式
• 配对比较：使用可自定义参数执行序列比对
• 多重对齐：支持多种序列比对工具

数据库集成

• RCSB-PDB：直接从蛋白质数据库获取结构
• BLAST搜索：执行序列相似性搜索（需要BLAST+安装）
• 输入集成：访问NCBI数据库

安装

此项目使用 紫外线 用于依赖性管理。

git clone https://github.com/antonkulaga/biotite-mcp.git
cd biotite-mcp
uv sync

用法

作为MCP服务器

配置您的MCP客户端以使用此服务器：

{
  "mcpServers": {
    "biotite-mcp": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "biotite-mcp"]
    }
  }
}

发展

在stdio模式下运行服务器进行测试：

uv run stdio

运行测试：

# Run fast tests only
uv run pytest test/ -m "not slow and not integration"

# Run all tests
uv run pytest test/

# Run integration tests (requires network)
uv run pytest test/ -m "integration"

可用工具

服务器提供以下MCP工具（均以前缀 biotite_):

• biotite_load_structure -从文件加载蛋白质结构
• biotite_get_structure_info -获取详细的结构信息
• biotite_calculate_distances -计算原子距离
• biotite_calculate_rmsd -计算结构之间的RMSD
• biotite_pairwise_alignment -执行序列比对
• biotite_fetch_from_rcsb -从PDB下载结构
• biotite_ramachandran_plot -生成Ramachandran图
• biotite_blast_search -BLAST序列搜索
• biotite_load_sequences -从文件加载序列

需求

• Python 3.10+
• 黑云母
• FastMCP
• 特定特征的其他依赖关系（例如，BLAST+用于序列搜索）

开发状态

⚠️ 进行中 -该项目正在积极开发中。

许可证

该项目的许可条款与黑云母库相同。

贡献

欢迎投稿！请随时提交拉取请求。