Biosciences MCP

生物科学mcp

用于生命科学API的FastMCP包装，使LLM试剂能够查询生物数据库以进行药物发现和重新利用。部分 开放生物科学 平台。

状态

活动--第2波（平台）迁移完成。 12台FastMCP服务器，697+个测试（399个单元+294个集成+4个e2e），为FastMCP云部署准备好的统一网关。

此回购包含哪些内容

• 12个FastMCP服务器实现 涵盖HGNC、UniProt、ChEMBL、开放靶点、STRING、BioGRID、Ensembl、Entrez、PubChem、IUPHAR/GtoPdb、WikiPathways和ClinicalTrials.gov
• 13个异步客户端库 用于对所有服务器进行编程访问（基于httpx）
• Pydantic v2型号 包括响应信封、交叉引用模式和域实体
• 统一网关服务器 将所有12台服务器聚合到一个端点后面(src/biosciences_mcp/servers/gateway.py)
• 697+次测试 按pytest标记组织（单元、集成、e2e）

所有服务器都实现了模糊到事实协议（ADR-001§3）：自然语言发现，然后是严格的基于CURIE的查找。

快速开始

# Install dependencies (including dev extras)
uv sync --extra dev

# Run unit tests (no network required)
uv run pytest -m unit -v

服务器层

按服务器实现的工具

模糊到事实协议

所有服务器都执行两阶段工作流程（ADR-001§3）：

1. 第一阶段——模糊发现：工具接受自然语言，返回排名靠前的CURIE考生
2. 第二阶段——严格查找：工具只接受已解析的CURIE（例如。， HGNC:1100, UniProtKB:P38398)
3. 故障模式：将原始字符串传递给严格工具返回 UNRESOLVED_ENTITY 错误

# Example: fuzzy search -> CURIE resolution -> strict lookup
result = await client.call_tool("search_genes", {"query": "BRCA1"})
curie = result["items"][0]["id"]  # "HGNC:1100"
gene = await client.call_tool("get_gene", {"hgnc_id": curie})

FastMCP云

部署通过Prefect Horizon web UI进行管理，网址为 horizon.prefect.io — 没有 fastmcp deploy FastMCP 2.x中的CLI命令。请参阅 CLAUDE.md 获取分步说明。

部署后，网关端点为：

https://biosciences-mcp.fastmcp.app/mcp

认证

FastMCP Cloud需要Bearer API密钥。集 BIOSCIENCES_API_KEY 在您的环境中 （从Prefect Horizon控制台获取）。不要提交此密钥。

通过克劳德代码（.mcp.json）连接

{
  "mcpServers": {
    "biosciences-mcp": {
      "type": "http",
      "url": "https://biosciences-mcp.fastmcp.app/mcp",
      "headers": {
        "Authorization": "Bearer ${BIOSCIENCES_API_KEY}"
      }
    }
  }
}

所需的环境变量

创建部署时在Horizon控制台中设置这些：

大多数生命科学API（HGNC、UniProt、ChEMBL、Open Targets、STRING、Ensembl、PubChem、IUPHAR/GtoPdb、WikiPathways、ClinicalTrials.gov）都是完全公开的，不需要API密钥。

本地开发

# Run the gateway in interactive dev mode (MCP Inspector UI)
fastmcp dev src/biosciences_mcp/servers/gateway.py

# Run a specific server
uv run fastmcp run src/biosciences_mcp/servers/hgnc.py
uv run fastmcp dev src/biosciences_mcp/servers/.py

测试命令

# By tier
uv run pytest -m unit -v                              # 399 unit tests — no network
uv run pytest -m integration -v                       # 294 integration tests — live APIs
uv run pytest -m e2e -v                               # 4 e2e tests — requires live gateway
uv run pytest -m "not integration" -v                 # Fast local dev (unit only)

# By API
uv run pytest -m "unit and hgnc" -v
uv run pytest -m "unit and clinicaltrials" -v
uv run pytest -m "integration and chembl" -v

# E2e against the deployed cloud endpoint
FASTMCP_CLOUD_ENDPOINT=https://biosciences-mcp.fastmcp.app/mcp \
  uv run pytest -m e2e -v

封装结构

src/biosciences_mcp/
├── clients/          # Async HTTP clients (httpx-based)
│   ├── base.py       # LifeSciencesClient base class
│   ├── hgnc.py
│   ├── uniprot.py
│   └── ...           # 13 clients total
├── models/           # Pydantic v2 models
│   ├── envelopes.py  # PaginationEnvelope, ErrorEnvelope
│   ├── cross_references.py
│   └── ...           # Domain entity models
└── servers/          # FastMCP server definitions
    ├── gateway.py    # Unified gateway (mounts all 12 servers)
    ├── hgnc.py
    └── ...           # 12 servers

代理人所有权

由维护 MCP平台工程师 代理人（代理人3）。看 代理商.md 了解完整的团队定义。

依赖项

相关存储库

• 生物科学计划 --ADR和模式
• 生物科学深度试剂 --LangGraph多智能体系统
• 生物科学时间 --临时持久工作流程
• 生物科学研究 --研究工作流程

许可证

麻省理工学院