出色的科学人工智能工具 
人工智能驱动的工具、MCP服务器和代理技能，用于科学研究的日常工作流程——从文献检索到手稿提交。
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此列表侧重于研究人员使用的工具 *在他们的工作流程中* --检索文献、阅读论文、撰写手稿、分析数据、生成数据、提交期刊、申请资助。每个条目都必须是一个工具、服务器或代理技能（而不是论文、数据集或基础模型检查点），必须得到积极维护，并且必须提供免费级别或在学术界广泛使用。此列表中有两个部分是唯一的： MCP研究服务器 （模型上下文协议连接到科学数据库）和 AI代理技能和插件 （Claude Code、Cursor和其他编码代理的技能）。各部分按照典型的研究项目进行排序：发现→ read → 写→ 分析→ 计算→ 自动化→ 发布→ fund → 合作。
目录
- MCP研究服务器
- AI代理技能和插件
- 文献检索与发现
- 引文管理
- 研究性阅读与理解
- 写作与编辑
- 数据分析与可视化
- 科学计算
- 图形和图表生成
- 实验和实验室工具
- 药物发现与化学
- 生物信息学与基因组学
- 临床试验和医学
- 研究工作流自动化
- 预印本和出版工具
- 拨款撰写与资助
- 协作与项目管理
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MCP研究服务器
MCP（模型上下文协议）服务器扩展了人工智能代理对科学数据库的实时访问。
- PubMed MCP -在PubMed和NCBI电子实用程序API上搜索生物医学文献，包括文章元数据、全文、引用和MeSH术语。
- arXiv MCP -通过PDF到Markdown的转换，搜索和获取物理、数学、计算机科学和生物学领域的arXiv预印本。
- 语义学者MCP -访问语义学者API以获取论文搜索、作者详细信息、引用和参考文献。
- ChEMBL MCP -从ChEMBL查询生物活性数据、化合物信息、靶相互作用和作用机制。
- 临床试验MCP -在ClinicalTrials.gov v2 API上搜索试验、研究详细信息、结果和患者资格匹配。
- bioRxiv MCP -搜索和访问bioRxiv预印本进行生物学研究。
- 交叉引用MCP -通过Crossref API查找DOI、引文、期刊和资助者信息的元数据。
- 谷歌学者MCP -在谷歌学术搜索中搜索学术论文、引文和作者简介。
AI代理技能和插件
为研究工作流程扩展AI编码代理（Claude Code、Cursor、Codex）的技能和插件。
- 专业Word文档生成器 -从JSON生成发布就绪.docx。LaTeX方程式，200多种科学符号，自动引用。
- 多代理编排器 -具有自适应复杂性、并行代理和质量门的6相流水线。
- AI会话记录器 -持久会话内存——跨对话跟踪文件、决策和进度。
- 科学代理技能 -Claude Code和其他人工智能编码代理在多个研究领域的科学技能的开放集合。
- 很棒的克劳德代码 -整理克劳德代码扩展、技能和资源列表。
文献检索与发现
- 共识 -基于人工智能的学术搜索引擎，从同行评审的论文中提取研究结果。使用LLM综合科学文献中的是/否答案。
- 语义学者 -艾伦研究所提供的免费人工智能研究工具。涵盖2亿多篇论文，包括引文背景、TLDR摘要和影响力评分。
- 引出 -人工智能研究助理，负责查找相关论文，提取关键主张，并综合研究结果。
- 相关论文 -用于探索学术论文联系的可视化工具。从任何种子论文构建相关论文的图表。
- 研究兔 -用于发现和可视化研究论文网络的免费工具。监控新相关论文的收集情况。
- 你知道的。ai -智能引文分析显示论文是如何被引用的——支持、对比或提及。
- Litmaps -文献发现的动态引文图。追踪研究谱系并找出差距。
- 开放亚历克斯 -全球研究系统的免费开放目录。250M+使用丰富的元数据和API访问。
- 煽动性 -免费工具，用于构建学术论文网络和分析引文模式。
引文管理
- 佐特罗 -免费的开源参考管理器，具有浏览器集成、PDF管理和Word/Google Docs插件。
- 纸张 -具有Google Docs/Word集成和人工智能元数据提取功能的现代参考管理器。
- 门德利 -具有社交网络功能、PDF注释和协作工具的参考资料管理器。
- 尾注 -具有期刊式数据库和Word写作时引用的行业标准参考管理器。
- ReadCube论文 -人工智能增强的参考管理器，具有智能推荐和增强的PDF阅读器。
研究性阅读与理解
- SciSpace -用于阅读论文的AI副驾驶。用通俗易懂的语言解释文本、数学和表格。
- 解释文件 -上传一篇论文，突出显示令人困惑的文本，获取人工智能解释。
- 聊天PDF -与任何PDF文档聊天。特别适用于长篇研究论文和报告。
- 奖学金 -AI总结器，创建关键发现、方法和贡献的闪卡。
- 最火搭档 -用于理解复杂文档的AI助手。从论文中生成知识图。
写作与编辑
- 珍妮艾 -AI写作助手，专门用于学术写作，具有引文支持和释义功能。
- 论文伙伴 -人工智能语法和语言检查器对数百万篇已发表论文进行了培训。仙人掌通讯。
- 写满 -基于已发表期刊文章的人工智能写作工具。融入背叶。
- Trinka -AI语法检查器，用于学术和技术写作，并提供风格和语调建议。
- 奎尔博特 -带有语法检查器和引文生成器的人工智能释义和总结工具。
- Overleaf -在线LaTeX编辑器，具有实时协作、模板和Writefull AI集成功能。
- 类型 -现代基于标记的排版系统。编译速度比LaTeX快，错误消息更好。
数据分析与可视化
- 朱利叶斯·艾 -AI数据分析师，解释数据，创建可视化，并从自然语言运行统计测试。
- 哈尔9 -基于自然语言查询的人工智能数据分析和仪表板创建。
- 显然AI -用于预测、分类和时间序列分析的无代码机器学习平台。
- 贾斯普 -免费、开源的统计软件，具有频率分析和贝叶斯分析功能。UI是R/SPSS的替代品。
- 数据包装器 -无需编码即可创建可发布的图表、地图和表格。
- Plotly -用于Python、R和JavaScript的交互式图形库，带有仪表板的Dash框架。
- 可观察对象 -具有反应式笔记本和D3.js集成的协作数据可视化平台。
科学计算
- 知识引擎 -数学、物理、化学和工程计算的计算知识引擎。
- COMSOL -使用AI增强的网格划分和求解器选择的多物理场模拟。
- MATLAB -具有AI/ML工具箱、Simulink和特定领域软件包的数值计算环境。
- 谷歌Colab -免费的Jupyter笔记本环境，支持GPU/TPU访问，用于机器学习和科学计算。
- 权重和偏差 -ML实验跟踪、超参数调优和模型版本控制。
- DVC -ML项目的开源版本控制。跟踪数据、模型和实验以及代码。
图形和图表生成
- 生物渲染 -带有50K以上生物、化学和医学图形图标的科学插图工具。
- 美人鱼 -Markdown中基于文本的图表。流程图、序列图、甘特图——所有这些都来自代码。
- draw.io/diagrams.net -带有科学形状库的免费开源绘图工具。
- 墨景 -免费开源矢量图形编辑器。出版物质量SVG图形。
- Matplotlib -Python 2D绘图库生成出版物质量图。Python中科学可视化的基础。
- 海伯恩 -基于Matplotlib构建的统计可视化库。出版物数字的默认值很漂亮。
- PlotNeuralNet -用于绘制神经网络架构图的LaTeX代码。
- 艾克斯卡利德罗 -手绘风格白板工具。非常适合概念图和头脑风暴。
实验和实验室工具
- 卧铺 -生命科学研发云平台——分子生物学、CRISPR设计、库存管理。
- 实验室档案 -具有版本控制、协作和机构合规性的电子实验室笔记本。
- 议定书.io -开放获取平台，用于共享具有版本跟踪功能的可重复研究协议。
- Hive基准 -人工智能驱动的实验室工作流程优化和设备基准测试。
药物发现与化学
- 阿尔法折叠 -DeepMind的蛋白质结构预测。数据库中预测了200M+的结构。
- AlphaFold 服务器 -用于运行AlphaFold 3预测蛋白质、DNA、RNA、配体及其相互作用的Web服务器。免费用于非商业用途。
- RDKit -用于分子分析、指纹识别和描述符计算的开源化学信息学工具包。
- 深度化学 -用于药物发现、材料科学和量子化学以及深度学习的开源库。
- 中国 -开放大规模生物活性数据库，包含2M+化合物和20M+活性测量值。
- 锌 -用于虚拟筛选的市售化合物免费数据库。230M+分子。
- 薛定谔 -基于物理的药物发现和材料科学计算平台。
- 打开巴别塔 -用于分子文件格式转换和指纹识别的开源化学工具箱。
- PubChem -开放式化学数据库，包含100M+化合物、生物测定和文献参考。
生物信息学与基因组学
- 银河 -开源网络平台，用于可访问、可重复的生物信息学分析。
- 生物色素 -用于计算分子生物学的Python工具——序列分析、结构、系统发育。
- 爆破 -用于比较核苷酸或蛋白质序列的基本局部比对搜索工具。
- Nextflow -工作流引擎，用于跨计算环境的可扩展、可重复的生物信息学管道。
- DESeq2 -R软件包，用于根据RNA-seq计数数据进行差异基因表达分析。
- 扫描 -用于单细胞基因表达分析的Python工具包，具有可扩展的性能。
- IGV -集成基因组学查看器，用于基因组数据的交互式可视化。
临床试验和医学
- ClinicalTrials.gov -美国临床研究注册处。500K以上的研究，可按条件、干预和赞助商进行搜索。
- PubMed -生物医学文献的免费搜索引擎。来自MEDLINE和生命科学期刊的3600多万次引用。
- 欧洲PMC -通过全文搜索、引用网络和API访问，开放访问生物医学文献。
- 科克伦图书馆 -循证医学的金标准系统评价和荟萃分析。
- OHDSI/OMOP -使用通用数据模型进行观察性健康数据分析的开源工具。
研究工作流自动化
- 蛇形制造 -基于Python的工作流管理，用于可重复和可扩展的数据分析。
- 阿帕奇气流 -用于以编程方式编写、安排和监视数据工作流的平台。
- 完美 -数据工程和机器学习管道的现代工作流编排。
- 凯德罗 -用于创建可复制、可维护和模块化数据科学代码的开源Python框架。
- 中国女子联赛 -通用工作流语言，用于可移植地描述分析工具和工作流。
- 造纸厂 -将Jupyter Notebook参数化并作为工作流执行。
预印本和出版工具
- arXiv -物理、数学、计算机科学、生物学等领域的开放式预印本服务器。200多万篇论文。
- bioRxiv -生物预印本服务器。快速发布，免费访问。
- medRxiv -健康科学预印本服务器。
- ChemRxiv -化学预印本服务器。
- Authorea -具有内置数据可视化和期刊提交功能的协作写作平台。
- Curvenote -具有Jupyter集成和交互式图形的科学写作平台。
拨款撰写与资助
- 授予.ai -人工智能支持的拨款写作助手，具有提案优化功能。
- GrantForward -涵盖14K+赞助商的融资机会搜索引擎。
- 枢轴RP -具有研究人员档案和协作匹配的综合资金发现工具。
- 维度 -链接研究数据平台，连接资助、出版物、专利和临床试验。
- NIH记者 -搜索NIH资助的研究项目、出版物和专利。
协作与项目管理
脚注
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