Augmented Nature Opentargets MCP Server

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非官方开放目标MCP服务器🧬

非官方模型上下文协议服务器，用于访问开放目标平台数据，用于基因药物疾病关联研究。


由开发 增强自然

✅ 已验证功能

使用实时开放目标API数据的所有6个工具：

• 🎯 目标搜索 -基因符号、名称、描述（BRCA1、TP53等）
• 🦠 疾病搜索 -名称、同义词、描述（癌症、糖尿病等）
• 🔗 目标疾病协会 -来自20多个数据库的证据评分
• 📊 疾病目标总结 -优先治疗目标
• 🧬 目标详细信息 -全面的基因/蛋白质信息
• 🎭 疾病详情 -用本体论完成疾病概况

🚀 快速开始

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 MCP客户端配置

克劳德桌面

{
  "mcpServers": {
    "opentargets-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他MCP客户端

node /path/to/opentargets-server/build/index.js

🛠️ 可用工具

🎯 search_targets

按基因符号、名称或描述搜索治疗靶点

{
  "name": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "BRCA1", // Gene symbol, name, or description
    "size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
  }
}

示例结果：

• Kick1 （ENSG00000012048）-BRCA1 DNA修复相关
• Kick2 （ENSG00000139618）-BRCA2 DNA修复相关
• BRIP1 （ENSG00000136492）-BRCA1相互作用DNA解旋酶1

🦠 search_diseases

按名称、同义词或描述搜索疾病

{
  "name": "search_diseases",
  "arguments": {
    "query": "breast cancer", // Disease name, synonym, or description
    "size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
  }
}

🔗 get_target_disease_associations

通过证据评分获取目标疾病关联

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "targetId": "ENSG00000012048", // Target Ensembl ID
    "size": 10 // Optional: 1-500 results
  }
}

或

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID
    "size": 10 // Optional: 1-500 results
  }
}

📊 get_disease_targets_summary

获得与疾病相关的优先目标

{
  "name": "get_disease_targets_summary",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID (required)
    "size": 20 // Optional: 1-500 targets (default: 50)
  }
}

🧬 get_target_details

获取全面的目标信息

{
  "name": "get_target_details",
  "arguments": {
    "id": "ENSG00000012048" // Target Ensembl gene ID
  }
}

🎭 get_disease_details

获取全面的疾病信息

{
  "name": "get_disease_details",
  "arguments": {
    "id": "EFO_0000305" // Disease EFO ID
  }
}

📚 资源模板

通过标准化的URI访问开放目标数据：

• opentargets://target/{ensemblId} -完整的目标信息
• opentargets://disease/{efoId} -完整的疾病信息
• opentargets://drug/{chemblId} -药品信息
• opentargets://association/{targetId}/{diseaseId} -关联证据
• opentargets://search/{query} -搜索结果

🧪 真实世界的例子

癌症研究工作流程

# 1. Search for cancer-related targets
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}

# 2. Get detailed info for specific target
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}

# 3. Find all diseases associated with BRCA1
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}

# 4. Get top targets for breast cancer
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}

药物研发管道

# 1. Search for Alzheimer's disease
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}

# 2. Get disease details
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}

# 3. Find prioritized therapeutic targets
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}

🔬 数据来源和标准

Open Targets集成了20多个数据库：

• 中国 -药物和化合物数据
• 组合 -基因和蛋白质注释
• EFO -实验因素本体论
• 克林瓦尔 -临床变异数据
• GWAS 目录 -全基因组关联研究
• UniProt -蛋白质序列和功能
• 反应组 -生物途径
• 还有更多。..

标准化标识符：

• 目标：Ensembl基因ID（例如ENSG00000012048）
• 疾病EFO ID（例如 EFO_0000305）
• 药物：ChEMBL ID（例如CHEMBL1234）

🏗️ 建筑

• TypeScript 具有强大类型安全性的实施
• 图查询语言 高效数据检索的查询
• MCP协议 兼容JSON-RPC通信
• 错误处理 经过全面验证
• 生产就绪 具有30秒超时和适当的日志记录

📊 api信息

• 基本URL: https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
• 版本：开放目标v25.0.1
• 速率限制：用于研究用途
• 认证：无需
• 格式：GraphQL查询，JSON响应

🤝 贡献

此服务器由开发和维护 增强自然。有关增强功能：

1. 分叉存储库
2. 进行更改
3. 提交拉取请求

支持

对于以下问题：

• MCP服务器：检查服务器日志和错误输出
• 开放目标API：参观 platform.opentargets.org
• GraphQL查询：使用 打开目标GraphQL浏览器

引用

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按如下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}