Aind Data MCP

AIND数据MCP服务器

 

MCP（模型上下文协议）服务器，通过一套全面的工具和资源提供对AIND（艾伦神经动力学研究所）元数据和数据资产的访问。此服务器的目标是 V2 aind数据模式 格式。

安装

每个IDE/客户端都有自己的配置方法，有关MCP配置/设置的说明，请参阅其文档。

您可以使用以下命令 uvx aind-data-mcp 启动服务器，或在本地安装 uv tool install aind-data-mcp 然后用just启动它 aind-data-mcp.

用于Code Ocean

• 请参阅 代码海洋MCP服务器 获得额外支持

特性

此MCP服务器提供以下工具：

数据检索与查询

• get_records --使用过滤器和投影查询MongoDB集合
• aggregation_retrieval --执行复杂的MongoDB聚合管道
• count_records --统计与筛选器匹配的文档
• flatten_records --检索记录并将其展平为点符号，以便于检查
• get_project_names --列出数据库中的所有项目名称
• get_summary --为特定数据资产生成基于AI的摘要

架构导航

• get_top_level_nodes --探索V2元数据模式的顶级字段
• get_additional_schema_help --V2聚合的查询编写指南
• get_modality_types --列出所有可用的数据模态名称和缩写

模式示例 （每种文档类型一个工具）

• get_acquisition_example, get_data_description_example, get_instrument_example, get_procedures_example, get_subject_example, get_processing_example, get_model_example, get_quality_control_example

NWB文件访问

• identify_nwb_contents_in_code_ocean --从以下位置加载NWB文件 /data Code Ocean胶囊中的目录
• identify_nwb_contents_with_s3_link --从S3路径加载NWB文件

资源 （可通过MCP协议访问）

• resource://aind_api -AIND数据访问API的上下文和使用模式
• resource://load_nwbfile --加载NWB文件的参考脚本

发展

要开发代码，请运行

uv sync --extra dev

要运行测试，请执行以下操作：

uv run coverage run -m unittest discover && uv run coverage report

要运行linting：

uv run flake8 . && uv run interrogate --verbose .