快速接入

先看主来源和安装命令，再打开仓库或文档；下面只保留这个条目的关键接入事实。

命令预览

python3 -m venv venv

详细介绍

基因组资源联盟MCP服务器

🧬 基因组资源组织联盟MCP服务器实现

一个全面的模型上下文协议（MCP）服务器，提供对基因组资源联盟基因组数据、生物信息学工具和比较基因组学研究能力的编程访问。

📁 项目结构

agr-mcp-server/
├── 🚀 src/                     # Core source code
│   ├── agr_server_enhanced.py  # Enhanced MCP server (30+ tools)
│   ├── agr_server_basic.py     # Basic MCP server (10 tools)
│   └── utils.py               # Utilities and configuration
│
├── 📚 examples/               # Usage examples and tutorials
│   ├── basic_examples.py      # Basic usage patterns
│   └── advanced_examples.py   # Advanced genomics workflows
│
├── 🧪 tests/                  # Test suite
│   └── test_agr_server.py     # Comprehensive tests
│
├── ⚙️ config/                # Configuration files
│   ├── development.yaml       # Development environment
│   ├── staging.yaml          # Staging environment
│   ├── production.yaml       # Production environment
│   └── mcp_client_config.json # MCP client configuration
│
├── 🛠️ scripts/               # Utility scripts
│   ├── agr_cli.py            # Command line interface
│   ├── health_check.py       # System health checker
│   ├── quick_start_demo.py   # Interactive demonstration
│   └── deploy.sh             # Deployment automation
│
├── 🐳 docker/               # Docker and deployment files
│   ├── Dockerfile            # Container configuration
│   └── docker-compose.yml    # Multi-service deployment
│
├── 📄 Documentation & Setup
│   ├── README.md             # Comprehensive documentation
│   ├── PROJECT_OVERVIEW.md   # Project summary
│   ├── requirements.txt      # Production dependencies
│   ├── requirements-dev.txt  # Development dependencies
│   ├── setup.py             # Package configuration
│   ├── Makefile             # Development automation
│   ├── .env.example         # Environment template
│   ├── .gitignore           # Git ignore patterns
│   └── LICENSE              # MIT License
│
└── 🔧 .github/              # CI/CD and automation
    └── workflows/
        └── ci.yml           # GitHub Actions pipeline

🚀 快速开始

导航到项目

cd /Users/nuin/Projects/alliance/agr-mcp-server

基本设置

# Create virtual environment
python3 -m venv venv
source venv/bin/activate

# Install dependencies
pip install -r requirements.txt

# Run interactive demo
python scripts/quick_start_demo.py

尝试增强型服务器

# Start enhanced server (30+ tools)
python src/agr_server_enhanced.py

# Or use the CLI
python scripts/agr_cli.py search BRCA1
python scripts/agr_cli.py gene-info HGNC:1100

健康检查

python scripts/health_check.py

使用Makefile进行开发

# Show all available commands
make help

# Complete development setup
make dev-setup

# Run tests
make test

# Run examples
make examples

# Deploy to development
make deploy-dev

⭐ 主要特点

🔬 核心基因组学功能（30+工具）

基因搜索与发现 跨越8+模式生物
跨物种矫形学 比较分析
疾病关联 和临床相关性数据
表情分析 具有可视化就绪数据
分子与遗传相互作用
等位基因和变异信息
功能注释 （GO术语，途径）
文献检索 与Textpresso集成
BLAST序列分析
JBrowse基因组浏览器 整合

🌍 支持的模式生物

智人（人类）-HGNC标识符
家鼠（鼠标）-MGI标识符
褐家鼠 （大鼠）-RGD标识符
斑马鱼 （斑马鱼）-ZFIN标识符
黑腹果蝇 （果蝇）-FlyBase标识符
秀丽隐杆线虫 （蛔虫）-WormBase标识符
酿酒酵母 （面包酵母）-SGD标识符
非洲爪蟾 （青蛙种类）-Xenbase标识符

🔧 高性能

联盟矿山 数据挖掘和复杂查询
表情带 用于可视化
转基因模型 并构建数据
实验条件 和治疗
通路分析 生物网络
文献挖掘 引文管理

💻 使用示例

命令行接口

# Search for genes
python scripts/agr_cli.py search BRCA1 --limit 10

# Get comprehensive gene information  
python scripts/agr_cli.py gene-info HGNC:1100

# Find orthologs across species
python scripts/agr_cli.py orthologs HGNC:1100

# Get disease associations
python scripts/agr_cli.py diseases HGNC:1100

# Search literature
python scripts/agr_cli.py literature "BRCA1 mutations"

# BLAST sequence search
python scripts/agr_cli.py blast ATCGATCGATCG --program blastn

Python API用法

from src.agr_server_enhanced import EnhancedAGRClient

client = EnhancedAGRClient()

# Search for genes
results = await client.search_genes("BRCA1")

# Get gene information
gene_info = await client.get_gene_info("HGNC:1100")

# Find orthologs
orthologs = await client.find_orthologs("HGNC:1100")

🧪 测试与质量

# Run comprehensive tests
python -m pytest tests/test_agr_server.py -v

# Check code quality
make lint

# Run security scan
make security

# Performance test
make test-cov

🐳 Docker部署

# Build and run with Docker
cd docker/
docker build -t agr-mcp-server .
docker run -p 8000:8000 agr-mcp-server

# Or use docker-compose
docker-compose up -d

📊 监测与健康

# System health check
python scripts/health_check.py

# Monitor logs (if running with Docker)
docker logs agr-mcp-server

# Check system status
make health-check

⚙️ 配置

环境变量

# Copy and edit environment template
cp .env.example .env

# Key settings
AGR_BASE_URL=https://www.alliancegenome.org/api
AGR_TIMEOUT=30
LOG_LEVEL=INFO

环境特定配置

发展: config/development.yaml
暂存: config/staging.yaml
生产: config/production.yaml

🤖 克劳德集成

Claude代码集成

通过更新配置文件将AGR MCP服务器添加到Claude Code中：

配置位置：

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Linux: ~/.config/claude/claude_desktop_config.json
视窗: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

配置：

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics-enhanced": {
      "command": "python3",
      "args": ["/Users/nuin/Projects/alliance/agr-mcp-server/src/agr_server_enhanced.py"],
      "cwd": "/Users/nuin/Projects/alliance/agr-mcp-server",
      "env": {
        "VIRTUAL_ENV": "/Users/nuin/Projects/alliance/agr-mcp-server/venv"
      }
    }
  }
}

Claude代码的使用示例：

# Natural language queries Claude can now handle:
"Search for BRCA1 genes across all species"
"Find disease associations for TP53"
"Get orthology information for HGNC:1100"
"BLAST this DNA sequence: ATCGATCGATCG"
"Show me expression data for the CFTR gene"

Claude桌面集成

使用与上述Claude Code相同的配置。更新配置文件后，重新启动Claude Desktop以加载MCP服务器。

可用工具： 30多种基因组学工具，包括基因搜索、疾病关联、正构分析、BLAST搜索和8种模式生物的表达数据。

🌐 联盟整合

此MCP服务器与整个联盟生态系统集成：

主门户: https://www.alliancegenome.org/
API文档: https://www.alliancegenome.org/swagger-ui/
JBrowse基因组浏览器: https://jbrowse.alliancegenome.org/
AllianceMine数据挖掘: https://www.alliancegenome.org/alliancemine/
BLAST序列搜索: https://blast.alliancegenome.org/

🎯 用例

研究应用

比较基因组学：跨物种基因功能分析
疾病研究：基因疾病关联研究
药物发现：目标识别和验证
系统生物学：路径和网络分析

AI/ML集成

培训数据：大规模基因组学数据集
特征工程：基因注释和功能数据
知识图谱：结构化生物学知识
预测模型：基因功能和疾病预测

📞 支持和资源

项目地点: /Users/nuin/Projects/alliance/agr-mcp-server/
文档：参见 README.md 获取全面指南
例子：检查 examples/ 使用模式目录
CLI帮助：运行 python scripts/agr_cli.py --help
健康检查：运行 python scripts/health_check.py
AGR支持：联系方式help@alliancegenome.org

🏗️ 发展

入门指南

# Clone/navigate to project
cd /Users/nuin/Projects/alliance/agr-mcp-server

# Setup development environment
make dev-setup

# Run examples
make examples

# Start development server
make server-enhanced

开发命令

make help            # Show all available commands
make test            # Run tests
make lint            # Code quality checks
make format          # Format code
make docs            # Build documentation
make clean           # Clean build artifacts

📈 生产特点

高性能异步/等待架构，连接池
可靠性：全面的错误处理、健康监测
安全：输入验证、速率限制、安全扫描
可扩展性：多实例部署，负载均衡
监控：健康检查、日志记录、指标

🎉 状态：准备使用！

✅ 全面实施和组织

配备30多种基因组学工具的完整MCP服务器
可维护性组织项目结构
生产就绪部署选项
全面的测试和质量保证
完整的文档和示例
多环境配置
CI/CD流水线和自动化

可立即用于基因组学研究、AI/ML应用和临床生物信息学工作流程！ 🧬

目录标签

PythonClaude搜索基因组学本地部署生物信息学比较基因组学基因搜索疾病关联

支持客户端

Claude DesktopClaude

接入字段

传输方式（transport，传输协议）

stdio

鉴权方式（authType，认证方式）

none

运行时（runtime，运行环境）

Python

工具数量（toolCount，工具数）

10

资源数量（resourceCount，资源数）

0

提示词数量（promptCount，提示词数）

0

权限和风险

stdionone部署方式未说明

接入前请确认传输方式、认证方式和部署位置，并根据实际工具能力限制访问范围。

安装前确认

不要直接授予不必要的文件、网络或账号权限；先核对安装命令和配置内容。

来源信息

MCP World

mcpworld.com

/detail/ed9448fecdada34ef32a1950a141cc45

一个提供对联盟基因组资源数据的程序化访问、生物信息学工具和比较基因组学研究能力的模型上下文协议（MCP）服务器。

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